На вооружении в/ч 641 состоят оставленные Азербайджану сверхмалые подводные лодки (групповые носители боевых пловцов) типа «Тритон-1М» и «Тритон-2», а также индивидуальные подводные средства движения водолазов-разведчиков — торпедообразные носители типа «Сирена» и другие. Ныне эстафету в подготовке спецназа ВМС Азербайджана у бывших советских офицеров приняли инструкторы из стран НАТО, в частности «морские котики» диверсионно-разведывательных подразделений SEAL ВМС США и инструкторы частной американской компании Blackwater.
Организационно-штатная структура (на 1996 г.):
— 3 разведывательные группы;
— 2 горные группы;
— 1 водолазная группа.
Очевидный недостаток ВМС Азербайджана — отсутствие у них собственной морской авиации. Доставшиеся в свое время Баку несколько вертолетов Ка-27ПС и три гидросамолета-амфибии Бе-12 уже исчерпали свой ресурс. Впрочем, для поддержки и воздушного прикрытия флота Азербайджан может задействовать боевые самолеты и вертолеты ВВС (например, фронтовые бомбардировщики Су-24М, штурмовики Су-25, учебно-боевые самолеты L-39, фронтовые истребители МиГ-29, вертолеты Ми-8 и Ми-24). Мобилизационный резерв морской авиации — вертолеты Ми-8, «Сикорский» Տ-76, «Еврокоптер Супер Пума» и «Дофэн» гражданской авиакомпании «Азалгеликоптер», которая активно использует их для снабжения каспийских нефтяных платформ. В интересах ВМС может использоваться и приобретенный недавно в России новейший спасательный гидросамолет-амфибия Бе-200ЧС Министерства по чрезвычайным ситуациям Азербайджана.
Действующим резервом ВМС Азербайджана является береговая охрана морских частей пограничных войск страны. Помимо трех сторожевых катеров (по советской классификации — пограничные сторожевые корабли 3-го ранга, в ВМФ — артиллерийские катера) проекта 205П (ныне Տ-005, Տ-006 и Տ-007), доставшихся от Каспийской флотилии и 17-й отдельной бригады сторожевых кораблей Пограничных войск СССР, а также упомянутого выше бывшего ракетного катера Տ-008 проекта 205У, в ее состав входит списанный береговой охраной США патрульный катер Տ-201 постройки 1969 года (бывший Point Brower типа «Пойнт» серии D).
Кроме того, от США получены два малых патрульных катера типа «Силвер Шип 48-футовый» (Տ-11 и Տ-12) и более мелкие плавсредства, в том числе надувные моторные катера с жестким каркасом Տ-09 и Տ-10 типа RIB-36.
В состав береговой охраны Азербайджана приняты крупные океанские буксиры и суда-снабженцы, ранее принадлежавшие Каспнефтефлоту. Это четыре судна польской постройки: типа «Вихрь» (проект В-99) — Տ-703 и типа «Нефтегаз» (проект В-92) — Տ-701, Տ-002 и Տ-003. Особенность судна-снабженца морских нефтяных платформ типа «Нефтегаз» — возможность применения его в качестве вспомогательного десантного транспорта. На палубе «Нефтегаза» можно разместить 13 плавающих бронетранспортеров БТР-60/70/80, при этом не исключено десантирование подобной бронетехники сходом в воду с кормы. Один из «Нефтегазов» береговой охраны имеет вертолетную площадку под вертолет Ми-8, другой оборудован мощной антенной системой, что позволяет сделать предположение о выполнении им функций корабля радио- и радиотехнической разведки и управления.
В настоящее время часть доставшихся Азербайджану советских кораблей по своему техническому состоянию уже не имеет боевой ценности.
Азербайджан располагает собственной производственной базой и профессиональными кадрами для постройки малых боевых кораблей и вспомогательных судов, а также их ремонта. Основу этой базы составляет комплекс из четырех СРЗ бывшего ПО «Каспсудоремонт», а также военный СРЗ (бывший CP3-23 ВМФ СССР) в Баку. Здесь возможна постройка или сборка из импортных узлов и секций патрульных и десантных катеров, тральщиков и судов обеспечения.
Украина и Грузия также довольно активно помогают в модернизации определенных видов азербайджанской военной техники. В частности, на Тбилисском авиационном заводе ремонтировались штурмовики Су-25 азербайджанских ВВС, а на 142-м танкоремонтном заводе, который достался Грузии после начала вывода оттуда российских войск, ремонтируются азербайджанские танки и БМП. Аналогичный ремонт азербайджанской военной техники производится на предприятиях военно-промышленного комплекса Украины. В последние годы активизировалось также ВТС с Белоруссией. В частности, там осуществляются закупки значительного количества танков Т-72, а также ведутся работы по созданию с участием белорусской стороны танкоремонтного завода в Азербайджане.
Определенное влияние на общую милитаризацию Азербайджана может оказать также создание в конце 2005 года отдельного Министерства оборонной промышленности. В то же время некоторые азербайджанские эксперты утверждают, что ввиду сложности производства современных видов вооружения и технологической неразвитости азербайджанской экономики данное министерство в реальности будет заниматься не производством в самом Азербайджане ВВТ, а координировать его закупки в других странах.