Оборачиваясь назад и глядя на конфликт церкви и науки в историческом контексте, следует признать, что он был и неизбежен, и в — интеллектуальном смысле — совершенно не нужен. Корнями своими он уходит в ту роль, которую христианство сыграло в сохранении западной цивилизации. В Темные века, наступившие после распада Римской империи, античное знание существовало только в окраинных христианских общинах. С приходом более стабильных времен, в Средние века, оно получило распространение в Европе, но оставалось достоянием монастыря.
Это привело к относительному застою позднего Средневековья, когда церковь по-прежнему полагала всю философию, все знание, все просвещение своей собственностью: знание и учение церкви — это одно и то же. С оживлением интеллектуальной энергии, чему способствовало наступление Ренессанса, церковь оказалась в трудном положении. Не желая отказываться от монополии на знание, она постановила, что любой прорыв в нем должен сообразовываться с теологическим учением, из чего парадоксальным образом следовало, что открытия науки приемлемы для церкви только в том случае, когда открывается уже известное! Прогрессивная мысль сдерживалась отсталой практикой интеллектуальных институтов, и, по мере того как напряжение между этими полюсами нарастало, все явственнее становилось, что кто-то с неизбежностью должен уступить. Беда Галилея заключалась в том, что он оказался в самом центре этого неуклонно развивающегося процесса.
В 1616 году церковь включила работы Коперника в «Индекс запрещенных книг», а Галилею было официально предписано «отказаться и не защищать» подобного рода идеи, иначе он предстанет перед судом инквизиции. Этот институт был учрежден как часть общего движения Контрреформации, жестоко подавляющей ныне любое выступление против католической церкви. Цель инквизиции состояла в выявлении ереси, с применением в случае необходимости пыток; предполагалось, что таким образом любые побеги протестантизма в католических странах будут быстро выкорчеваны.
Галилей рассылал отчаянные письма кардиналу Барберини, великому герцогу Тосканы, другим влиятельным друзьям. В письме вдовствующей великой герцогине Кристине он осторожно обронил: «По моему мнению, запретить сейчас Коперника значит запретить истину». Но отклика эти обращения не возымели, и Галилею пришлось удалиться на виллу Беллосгвордо, где он и пребывал под защитой великого герцога Козимо II.
Семь лет спустя друг Галилея Маффео Барберини стал папой Урбаном VIII, и Галилей, преисполненный оптимизма, направился в Рим. Новый папа выслушал его более или менее сочувственно и дал соизволение написать книгу «Диалог о двух системах мира». В ней он мог изложить обе точки зрения на строение Вселенной — коперниковскую и церковную, при том, однако, условии, что читателю будет ясно дано понять: правда на стороне церкви. Так увидел свет «Диалог о двух системах мира», в котором воззрения Коперника вложены в уста остроумного интеллектуала Сагредо, а церковь с ее аристотелевскими воззрениями представляет персонаж по имени Симплицио — Простак. К сожалению, Галилей опять увлекся, и Простак получился как-то уж слишком простоватым. Хуже того, многим читателям показалось, что за этим псевдонимом скрывается сам папа. Урбан VIII пришел в ярость, а тут еще приближенные нашептывали, что новые идеи служат лишь тому, чтобы подорвать все движение Контрреформации. В Европе продолжалась Тридцатилетняя война с ее кровопролитными сражениями между католическими и протестантскими армиями, и в этой обстановке галилеевские взгляды казались более опасными, чем «Лютер и Кальвин, вместе взятые».
На беду Галилея, в 1621 году умер его покровитель и бывший ученик великий герцог Козимо И. Беззащитный отныне Галилей в 1633 году был вызван в Рим и предстал перед судом по обвинению в ереси. Всего тридцать лет назад здесь же, в Риме, и за то же судили и приговорили к сожжению на костре философа и естествоиспытателя Джордано Бруно. Чувствуя, что над ним нависла смертельная угроза, старый (ему уже было шестьдесят восемь лет) и больной Галилей направился в Рим, где, избегая пытки, вынужден был быстро капитулировать. Его заставили торжественно отречься от своих «богопротивных» воззрений, хотя легенда гласит, будто в последний момент он все же проговорил вполголоса: «И все-таки она вертится».