Галилея приговорили к пожизненному тюремному заключению, но, приняв во внимание возраст и состояние здоровья, позволили вернуться в Тоскану. Здесь, покровительствуемый новым великим герцогом Фердинандо II, он отбывал свой домашний арест в небольшом поместье Арчетри к югу от Флоренции. Четыре года спустя он начал слепнуть, но чувствовал себя лучше, чем выглядел. Громкое имя привлекало видных визитеров из северной Европы. Так, среди его гостей были английский философ Томас Гоббс и поэт Джон Мильтон. Буквально накануне полной слепоты Галилей наблюдал в телескоп, как, вращаясь вокруг Земли, Луна колеблется на своей оси. Несколько позже он завершил свой классический труд «Беседы и математические доказательства двух новых наук», представляющий собой полное изложение его идей. Рукопись была тайно доставлена в Голландию, отпечатана там и начала циркулировать в ученом мире Европы. Умер Галилей в возрасте семидесяти семи лет, 8 января 1642 года, буквально за несколько месяцев до того, как в Англии родился Исаак Ньютон. А три с половиной столетия спустя Ватикан наконец признал, что в случае Галилея «была допущена ошибка».
«Помилование» означало крупную уступку, ибо даже и по смерти Галилея церковь была вовсе не склонна прощать его «заблуждения», и наиболее непримирим к своему бывшему другу был в этом смысле папа Урбан. Так, он воспротивился решению великого герцога Фердинандо II похоронить Галилея в Санта-Кроче, рядом с такими великими флорентийцами, как Гиберти, Макиавелли и Микеланджело. Лишь через семьдесят пять лет он будет удостоен этой чести.
Великий герцог проявлял острый интерес к исследованиям Галилея, и после того как в 1632 году Фердинандо II достиг совершеннолетия и взошел на престол, в палаццо Питти, где жил ученый, то и дело появлялись курьеры с заданием изготовить для его высочества самоновейший телескоп. Особо гордился Фердинандо «Звездами Медичи», которые любил показывать своим высоким гостям. В 1635 году, после того как папа осудил «Диалог о двух системах мира», Фердинандо приложил немалые усилия к тому, чтобы трактат сохранился и получил распространение. Это он способствовал тому, чтобы его младший брат Маттиас де Медичи тайком переправил экземпляр рукописи в северную Европу, где он был переведен на несколько языков и быстро опубликован. Работа попала на глаза Томасу Гоббсу, о чем он и сообщил во время визита к находящемуся под домашним арестом стареющему ученому.
Так почему же Фердинандо II не защитил Галилея сразу после первоначальной публикации «Диалога» в 1632 году? И почему не воспрепятствовал поездке больного ученого в Рим, хотя на кону стояла его жизнь? Фердинандо II наследовал своему умершему в 1621 году отцу в десятилетнем возрасте, и все годы его несовершеннолетия Тосканой правили властная и суровая вдовствующая великая герцогиня Кристина и ее сноха — жена Козимо II. Когда ему исполнилось семнадцать, Фердинандо отправили в большой тур по европейским столицам для пополнения образования, но даже после обретения в 1632 году полной власти он продолжал оставаться под каблуком вдовствующей великой герцогини — до самой ее смерти, последовавшей в 1636 году. Когда в 1632 году Галилея вызвали в Рим, папа Урбан VIII порекомендовал Фердинандо II не вмешиваться, иначе может возникнуть крупный дипломатический скандал. И это была не просто угроза. При вдовствующей великой герцогине Тоскана полностью попала под влияние папы, в эти годы во Флоренцию буквально хлынул поток священников. Множество почти опустевших в свое время флорентийских монастырей теперь оказались заполнены до предела. При Кристине священники занимали крупные административные посты, что запретил еще, выстраивая новую бюрократическую систему, великий герцог Козимо I.
Фердинандо II был полноватый добродушный юноша с вьющимися волосами и тонкой стрелкой загибающихся вниз усов. Даже на раннем портрете Юстуса Сустерманса он, облаченный в блестящие доспехи, рука покоится на эфесе шпаги, предстает фигурой несколько нелепой — этакий наполовину денди, наполовину воин, впрочем, на воина непохожий. Но за вялыми манерами и неизменно приветливой улыбкой скрывались воля и незаурядные способности. Могло показаться, что к выполнению своих обязанностей Фердинандо относится как к приятному времяпрепровождению, однако же именно при нем Тоскане удавалось сохранять добрые отношения и с Австрией, и с Францией, и с Испанией, и с папой, при всем конфликте интересов последних.
В 1638 году Фердинандо II женился на Виттории делла Ровере, в явном расчете на скорое появление наследника мужского пола — Медичи нуждались в продолжении рода. Но дело с самого начала не заладилось. Женщина не только строгая и властная, но и крупная, хорошего сложения, Виттория тем не менее рожала с трудом. Первенец умер при рождении, та же несчастная судьба постигла и дочь, при появлении которой она сама едва не умерла. Возникли опасения, что наследника не будет вообще, тем более что Фердинандо II как будто предпочитал своей пышнотелой жене компанию смазливых придворных. Все же эти симпатии не помешали ему выполнить свой династический долг, и в 1642 году на свет появился долгожданный наследник мужского пола.