Отныне он правил как добросердечный деспот, меж тем как великое герцогство постепенно погружалось в долгий экономический застой, что было вызвано, в частности, упадком мировых цен на шелк и продукты текстильной промышленности. Были, правда, и светлые пятна: Флоренция привлекала все больше туристов. Распространение искусства и идей Ренессанса в Северной Европе привело к оживлению интереса к классическому Риму и итальянскому Ренессансу. Большой тур по Италии сделался частью обучения молодых людей из богатых семей, а Флоренция с ее ренессансным зодчеством, скульптурами, живописью стала непременной остановкой на пути в Рим.
В годы правления Фердинандо II Флоренция оказалась втянута лишь в одну военную кампанию, когда в 1641 году папа Урбан VIII занял крохотное квазинезависимое государство Кастро на южной границе Тосканы. Фердинандо II провел осторожную дипломатическую разведку и выяснил, что в случае контрудара ни Испания, ни Франция в конфликт не вмешаются. Вот он и надел в 1643 году свои блестящие доспехи и во главе многочисленной, хотя и пестрой армии добровольцев и наемников двинулся в сторону Кастро, где папские войска были быстро обращены в бегство. Флоренция ликовала, но радость жителей сильно поумерилась, когда стало ясно, что этот поход практически опустошил казну великого герцогства. Оно уже не могло больше платить проценты по государственным облигациям, что обесценило вклады многих граждан, крупные и мелкие. Возникла реальная угроза банкротства целой страны, но предполагаемая лихорадка продаж государственных облигаций так и не наступила; рост экономики замедлился настолько, что, кроме них, вкладывать было просто не во что. В сельской местности возникший недостаток наличных денег компенсировался при расчетах с работниками бартером, а в городе экономику кое-как удерживал на плаву увеличивающийся наплыв туристов.
К тому времени основные доходы семьи Медичи шли от церкви, и когда настали тяжелые времена, Фердинандо II основал несколько своего рода благотворительных фондов для поддержки безработных. Таким образом, подаяния, поступавшие в церковь от бедных, к ним же и возвращались. При этом уровень семейного благополучия с неизбежностью понижался, ибо он самым тесным образом был связан с благополучием государства. Лоренцо Великолепный мог залезать в городскую казну для удовлетворения своих разнообразных капризов, но Фердинандо II не было никакой нужды покушаться на общественные фонды, ибо казна великого герцогства — это его казна. Отсюда, например, следовало, что продолжающаяся реконструкция палаццо Питти проводилась за счет общественных работ, частные подрядчики к ней не имели никакого отношения. Далеко позади остались времена, когда главным источником преуспеяния семьи Медичи было банковское дело, и именно Фердинандо II полностью положил ему конец: Медичи стали аристократами, они вошли в королевский круг Европы и не имели никакого желания, чтобы им напоминали о коммерческом прошлом.
В отчаянной попытке оживить экономику Фердинандо II запустил несколько общественных проектов, самым крупным из которых было строительство домов в Ливорно, остро нуждавшемся в новом жилье. После того как Козимо I издал декрет о свободе вероисповедания, этот порт начал стремительно превращаться в процветающий многоязычный город, так что в 1634 году здесь открылось английское консульство, а сладкозвучное название Ливорно англичане грубо превратили в Легхорн. Сюда потянулась самая разнообразная публика — крупные негоцианты и мелкие торговцы, моряки, люди, бегущие от церковных преследований, дезертиры и прочие изгои. Торговля здесь не облагалась налогами, но опосредованно приносила великому герцогству немалый доход — в форме мелких ремесленных хозяйств, которыми обрастала городская окраина. С другой стороны, Ливорно заслужил печальную известность крупнейшего центра работорговли в северном Средиземноморье. Посетивший его в 1644 году английский путешественник Джон Ивлин записывал в дневнике: «Количество рабов, турков, мавров, людей иных наций, поражает воображение; кого-то продают, кого-то покупают, кто-то пьет, кто-то играет, иные работают, иные спят, дерутся, поют, рыдают, все раздеты до пояса, все в цепях». В соответствии со своей общей политикой Фердинандо II строил новые дома вдоль каналов, в районе, известном ныне под названием Новой Венеции; нежелательная же публика сгонялась в одно место и высылалась в Алжир.