К удивлению двора, свое правление новый государь начал с осуществления финансовой реформы, призванной оживить застойную экономику Тосканы. План был смелый, но выяснилось, что осуществить его труднее, чем казалось поначалу, и Козимо II обратился за советом к своей матери Виттории. Убедившись, что сын постепенно утрачивает интерес к государственным делам, властная Виттория постепенно прибрала вожжи управления Тосканой к своим рукам, и по прошествии недолгого времени даже заседания кабинета министров великого герцогства стали проводиться в ее личных апартаментах.
В 1671 году Маргарита Луиза родила второго сына, которого в честь его французского деда, герцога Орлеанского, назвали Жаном Гастоном. Год спустя Маргарита Луиза писала Козимо: «Заявляю со всей откровенностью, что больше не могу жить с тобой. Я являюсь источником всех твоих несчастий, как и ты моих». В том же письме она извещает мужа, что обратилась к Людовику XIV с просьбой разрешить ей удалиться в один из женских монастырей Парижа.
Взбешенный Козимо III приказал великой герцогине немедленно покинуть Флоренцию. Ей было предписано направиться на виллу Медичи Поджио в Кайано, в двенадцати милях к востоку от города у подножия Монте-Альбано, и оставаться там вплоть до дальнейших повелений. Демонстрируя свое величайшее неудовольствие, Маргарита Луиза взяла с собой на виллу более ста пятидесяти кухарок, грумов и прочую обслугу. По распоряжению Козимо III ей разрешалось покидать виллу исключительно для конных или пеших прогулок, при этом всегда в сопровождении вооруженной охраны.
О происходящем стало известно Людовику XIV, и он написал резкое письмо Козимо III по поводу фактического пленения жены: король не привык, чтобы с его родственниками обращались подобным образом. В конце концов было решено, что Маргариту Луизу беспрепятственно отпустят во Францию, где она удалится в монастырь на Монмартре, на северной окраине Парижа. Такое решение как будто удовлетворяло всех: дети, все трое, остаются с Козимо III, и он сохраняет лицо; у Людовика становится одной заботой меньше; ну а Маргарита Луиза приобщается к монашеской жизни — так, как она ее понимает. Едва достигнув монастыря, она тут же предприняла очередную попытку снестись с Шарлем Лотарингским, но выяснилось, что он уже женат и счастлив в браке. Тогда Маргарита Луиза основала в монастыре танцевальный класс и «игры в помещении», в которых участвовали приставленные к ней охранники. Время от времени, нацепив светлый парик и обильно нарумянившись, она наведывалась в Версаль и наслаждалась азартными играми. Перестав получать от Козимо III регулярное содержание, она потребовала возобновить его, сопроводив послание таким признанием: «Не проходит и дня, и часа, чтобы я не мечтала о том, что тебя повесят». В конце концов аббатисе надоели выходки новой монахини, и она пожаловалась своему начальству. В ответ последовала угроза сжечь монастырь, после чего Людовик XIV перевел племянницу в другое место — Сен-Манде, на восточной окраине города. Здесь Маргарита Луиза — а было ей уже за пятьдесят — с удовлетворением обнаружила, что одна из отдаленных родственниц оставила ей небольшое наследство. В какой-то момент мать-аббатиса Сен-Манде, любившая разгуливать за стенами монастыря в мужском костюме, исчезла, и ее место заняла Маргарита Луиза, управлявшая отныне монастырем по собственному усмотрению. С годами ее буйный темперамент поутих, и в качестве матери-аббатисы она вела тихий домашний образ жизни в окружении одного попа-расстриги и часто менявшихся монашенок. В старости она с удовольствием вспоминала свои славные тосканские годы. Умерла Маргарита Луиза в 1721 году, семидесяти шести лет от роду.
Не успела она в 1675 году начать в Париже свою монашескую жизнь, как Козимо III заскучал по жене. Пусть одиночество его оживляли письма Маргариты Луизы, в которых она от всего сердца желала ему погибели, все равно что-то в глубине души оставляло его безутешным. Козимо III глубже и глубже погружался в тоску, находя отдохновение лишь в застольях, все более и более обильных; и по мере того как эти гастрономические марафоны приобретали все более героические пропорции, все величественнее выглядел их главный участник. Пиры окрашивались в национальные цвета, обслугу всякий раз наряжали в соответствующие национальные костюмы. На восточных пиршествах — в халаты и фески; на застольях в британском стиле — в черные гетры и парики; на мавританских заставляли покрывать лицо черной краской. Точно такое же внимание уделялось блюдам: окорока и жареная дичь, перед тем как украсить стол, взвешивались в присутствии Козимо III и, если что не так, отправлялись назад, на кухню. Мороженое подавалось в форме лебедей или лодок, конфитюр — в форме крепостей с зубчатыми стенами, для «строительства» которых хитроумно использовались такие экзотические фрукты, как ананас. Особое предпочтение Козимо III отдавал засахаренным фруктам; впервые отведав их в Лондоне, он специально отправил туда повара, чтобы тот постиг тайну изготовления этого деликатеса.