Простой склонностью к обжорству такого рода излишества не объяснишь, скорее всего у них была психологическая основа, ведь ни чувственными наслаждениями, ни иными явными проявлениями декаданса они не сопровождались. Совсем наоборот, при всей своей неуклонно увеличивающейся тучности, Козимо был убежденным — хотя на вид и не всегда убедительным — пуританином. Это был человек глубоко верующий и стремящийся к тому, чтобы нравы Тосканы отражали его благочестивое поведение. В этом смысле он оставался верным сыном своей матери Виттории, и в результате столь привычный к развлечениям флорентийский люд, который с таким энтузиазмом праздновал бракосочетание Козимо III, начал чувствовать себя весьма неуютно в стылом моральном климате, который становился чем дальше, тем строже.
Университет Пизы, уступавший по своему авторитету лишь Падуанскому собрату, получил следующее предписание: «Его высочество воспрещает кому бы то ни было... читать или обучать, будь то в аудитории или частным образом, в письменной или устной форме, философию Демокрита, атомарную теорию, а также все, что отклоняется от учения Аристотеля». От этой цензуры было не уйти, ибо тем же самым декретом гражданам Тосканы запрещалось поступать в университеты за ее пределами, а философам и ученым, которые нарушат его, грозили большие штрафы или даже тюремное заключение. Времена, когда Медичи покровительствовали поэтам и ученым, остались позади; Флоренция, некогда один из крупнейших интеллектуальных и культурных центров Европы, ныне стала местом гонений мысли и погрузилась во мрак невежества.
Установления подобного рода укрепляли моральное учение церкви; последующие декреты охраняли ее повседневную деятельность. Ежегодный майский фестиваль был запрещен под предлогом его языческого происхождения, а девушкам запрещалось распевать веселые майские песни под страхом телесного наказания. Запрету подверглась и давняя традиция ухаживания, когда юноши окликали девушек через окно, ибо это ведет к «насилию и абортам». Была даже предпринята — правда, неудачная — попытка возродить давний закон, запрещающий женщинам выступать на сцене. Точно так же не удалось упразднить такое явление, как проституция, хотя отныне оно было взято под строгий контроль. Всем проституткам вменялось в обязанность приобретение лицензии стоимостью 6 флоринов в год (сумма, равная ежемесячному жалованью неквалифицированного рабочего); одновременно они должны были носить на голове желтую ленту и ночью, выходя на улицу, держать в руках фонарь. Нарушительниц раздевали до пояса и ударами кнута гнали по городу. Грех содомии карался смертью, а с годами все шире входили в практику публичные казни. Даже за сравнительно мелкие проступки людей приговаривали к галерам, откуда возвращались немногие, да и те — бледные призраки.
Как это нередко бывает в таких случаях, новые законы вскоре приобрели отчетливо расовый характер. Запрет на проживание во Флоренции евреев действовал уже давно, теперь он стал со всей строгостью применяться на всей территории Тосканы. Антисемитизм был узаконен — евреям не разрешалась вступать в брак с христианами и даже жить под одной крышей. Точно так же евреям запрещалось вступать в связь с проститутками христианского вероисповедания, последние же, в случае нарушения этого правила, подвергались публичной порке и тюремному заключению. Особенно сильно действие этих законов ощущалось в Ливорно, где еврейская колония достигла двадцати двух тысяч человек; многие евреи эмигрировали, что привело к значительному снижению налоговых поступлений от торговли между этим свободным портом и внутренними районами Тосканы. В такой атмосфере, особенно во времена всеобщей нужды и аскезы, расцветают все ксенофобские предрассудки, и неудивительно, что евреи, турки, давно проживающие во Флоренции славяне с Балкан оказались преследуемыми национальными меньшинствами. Просвещенная деспотия прежних великих герцогов сменилась самой откровенной тиранией, и пока Козимо III мрачно отсиживался у себя во дворце, ночные улицы обнищавшей Флоренции все больше погружались во тьму и молчание. В связи с продолжающимся экономическим упадком великого герцогства Козимо III ввел дополнительные налоги, понадобившиеся для поддержания бюрократии, которая правила страной от его имени. Предоставленная сама себе, она могла бы и впрямь стать спасительницей Флоренции, однако же и сама чувствовала тяжелую длань тирании; с повседневными делами администрация справлялась вполне, но была лишена возможности инициировать реформы, потребные для оживления экономики. И лишь церковь процветала; священники и религиозные институты были в большинстве своем освобождены от налогов, и, более, чем когда-либо, Флоренция сделалась городом монахов и монахинь. Количество последних в годы правления Козимо III достигло двенадцать процентов от общего женского населения страны.