Столь же аскетический образ жизни вела и Флоренция. Население города уменьшилось наполовину и составляло теперь около сорока двух тысяч жителей. Мостовые в переулках проросли сорняками, дома покосились. Спад экономики задел все слои общества. Нищие липли к туристам, ибо видные люди из местных не выходили из своих опустевших дворцов, заказывая еду в ближайших тавернах. Уволенные повара и слуги болтались у ворот, самим своим видом удостоверяя положение, в котором пребывают их прежние хозяева, а также тот факт, что они свободны для найма. Холодными зимами и во времена сбора скудного урожая у окон палаццо Питти собирались группы людей, жалобно выпрашивая хоть кусок хлеба. Козимо III удалялся в часовню помолиться за этих несчастных, а стража тем временем гнала их прочь. К 1705 году государственная казна Тосканы опустела полностью.
Вскоре о положении дел во Флоренции стало известно за границей. Австрийцы начали посматривать на Италию, явно покушаясь на Парму и Феррару, а вскоре стало ясно, что Иосиф I намеревается присоединить к Священной Римской империи и Тоскану. Перспективы Медичи выглядели весьма печально: Фердинандо, сын и наследник Козимо III, пил беспробудно, страдая то от галлюцинаций, то от амнезии, хотя население, в своем большинстве, об этом не подозревало, ибо бодрствовал он только ночами и почти не выходил из дома. Точно так же, чем дальше, тем очевиднее становилось, что Жан Гастон просто не в состоянии управлять великим герцогством. С другой стороны, Иосиф I был убежден, что при австрийском правлении Тоскана вновь превратится в процветающую провинцию, а это, в свою очередь, поспособствует экономическому росту всей империи.
Иосиф I вступил в дипломатические переговоры со стареющим Козимо III. Фердинандо тем временем впал в эпилепсию — дни его были сочтены. Население, однако же, возлагало на него большие надежды, полагая, что его восхождение на престол будет означать возвращение к лучшим временам. В глазах многих Фердинандо был «хорошим Медичи». Иосиф I пригрозил Козимо III, что смерть его сына может породить массовые беспорядки, а это, в свою очередь, чревато свержением Медичи. Если же в Тоскану войдут австрийские войска, всего этого можно избежать.
Козимо III упирался, а Иосиф I стоял на своем. Он уведомил великого герцога, что, изучив родословную крупнейших королевских домов Европы, его юристы пришли к выводу, что Тоскана является частью Священной Римской империи. (Одна из дочерей Фердинандо II в свое время вышла замуж за австрийского кронпринца Фердинанда Карла, а другая — за герцога Пармы, являющейся ныне территорией Австрии.) Эта новость потрясла всю Италию: обоснованы претензии Иосифа I или нет, в любом случае весь полуостров может быть охвачен войной, грозящей опустошить Тоскану.
Папа Иннокентий XII, над чьими владениями также нависла угроза, срочно связался с Козимо III, предложив ему откупиться от императора Иосифа I. Козимо III не оставалось ничего, кроме как отговориться отсутствием денег, в ответ на что папа сразу же дал ему разрешение лишить налоговых льгот церковь на территории Тосканы. В результате Козимо III удалось собрать 150 000 флоринов. За эту сумму Иосиф I был готов отказаться от своих требований.
Однако же австрийская оккупация Пармы и Феррары все равно представляла для Тосканы постоянную опасность. Более того, угроза нависала со всех сторон — не только с австрийской. В своем нынешнем жалком состоянии тосканский флот был бессилен противостоять возможному вторжению французов, а на юге, в опасной близости к границе, были расквартированы испанские войска. В такой обстановке лишь перспектива защиты Тосканы со стороны Австрии, казалось, удерживала другие государства от воинственных шагов. Все это время Козимо III только и знал, что дрожал от страха, и в конце концов это полное отсутствие всяких активных действий чудесным образом окупилось. В 1711 году умер император Иосиф I, и это привело к временному затишью в войне за испанский престол. Поумерились и территориальные претензии Священной Римской империи. Два года спустя умер Фердинандо, но это вопреки угрозам и ожиданиям не привело ни к каким волнениям; жители были настолько запуганы и подавлены, что даже на улицу выйти сил не было.