Трудное положение Папы после разграбления Рима частично объясняет его недостаточное вмешательство в английские дела. Король Генрих VIII стремился к расторжению своего первого брака с Екатериной Арагонской. Климент среагировал только на заключенный в январе 1533 года брак короля с Анной Болейн и самовольное расторжение его союза с Екатериной архиепископом Кентерберийским в мае этого года. Когда в июле 1533 года он запретил Генриху принимать причастие, это привело к открытому разрыву отношений с Римом и возникновению Англиканской церкви.
Климент VII умер 25 сентября 1534 года в результате отравления мухомором. Он был похоронен в римской базилике Санта-Мария сопра Минерва. Но покой не снизошел на него даже после смерти. Жители Рима обвиняли его в разрушении города и ненавидели из-за налогового бремени. Забрасывали его надгробие навозом, а кто-то переделал вырезанное на нем имя Климент (по-латыни «Милостивый») на Инклимент («Безжалостный»).
1535–1605. Лев XI
Смерть Климента VII означала конец правления Медичи в Риме и упадок ренессансной модели папства. Следующий Папа, Алессандро Фарнезе, Павел III, созвал в 1545–1563 годах Тридентский собор, открывший новый этап в истории католицизма, называемый контрреформацией. Впрочем, и здесь Медичи сыграли свою роль: успешному завершению Собора способствовал Джованни Анджело Медичи, занимавший в 1559–1565 годах папский престол под именем Пий IV. Однако он не принадлежал к «тем» Медичи. Одни исследователи утверждают, что он происходил из боковой, миланской ветви рода, другие — что совпадение фамилии было случайным. Представитель же флорентийских Медичи во второй раз занял престол святого Петра в начале XVII века. Это был Алессандро Оттавиано Медичи.
Будущий папа Лев XI родился 2 июня 1535 года. Его мать Франческа Сальвиати была дочерью Лукреции Медичи, сестры папы Льва X. Однако Алессандро был полной противоположностью своему дяде. Различие их личностей хорошо иллюстрирует перемены, произошедшие в Церкви за время, разделяющее их понтификаты. Лев X — типичный Папа эпохи Возрождения, любитель земных утех, который свою власть в клерикальном государстве рассматривал по сути как правление в очередном светском княжестве. Лев XI хотя и выбрал себе понтификальное имя в честь дяди, представлял Церковь уже в новом, реформированном виде. С детства он отличался глубокой набожностью. Всегда мечтал о священничестве вопреки сопротивлению матери, объясняемому тем, что он был единственным наследником своей ветви рода по мужской линии. Его домашним образованием руководил доминиканец Винченцо Эрколани. Потом он провел какое-то время при дворе кузена, великого герцога Тосканы Козимо I Великого. В 1560 году, находясь вместе с герцогом в Риме, он познакомился с Филиппо Нери — впоследствии святым, основателем ордена филиппинцев, — с которым подружился. Оба они посвящали много времени религиозным беседам. Говорят, что Филиппо предсказал Медичи избрание его Папой и короткое время понтификата.