Политиката на Козимо III никога не е напълно неутрална. В първите години от своето управление с подобаваща дипломатическа секретност започва тайна кореспонденция с императора на Свещената римска империя Леополд I, който тогава е възрастен и болен. Дългото царстване на Леополд I се изражда в борбите, предшестващи Войната за испанското наследство, но Козимо III повече се интересува от друго. Той настоява великите херцози на Тоскана да бъдат въздигнати до кралски статус, така че вместо обръщението „Ваше височество“ към тях да се използва „Ваше кралско височество“. Леополд I най-после се съгласява, за да сложи край на тази явно безкрайна кореспонденция, и през 1691 година дава разрешение за това „trattamento real“ („отношение като към представител на кралски род“) на великите херцози на Тоскана. Въоръженият с това звание Козимо III може да се съсредоточи върху проблемите с наследството на Медичите. Това означава да се опита да ожени децата си за представители на европейските кралски домове, така че да се родят наследници, което обаче се оказва доста трудна задача, заради родовото наследство, намиращо се на негово разположение.
На пръв поглед най-големият син на Козимо III Фердинандо изглежда обещаващ династичен материал. Въпреки че детството му е разрушено от своенравното и непредсказуемо поведение на майка му Маргьорит-Луиз, той израства млад мъж с голям интелект, който е истински познавач на изкуството и без съмнение се очертава като най-изтънченият сред всички велики Медичи, колекционери на картини. В миналото колекционерите в рода винаги използват меценатството с определена цел — като средство за увеличаване на политическото влияние и властта, или като изкупление за гузната им съвест, или пък за да спечелят нечие приятелство. Неизменно зад поръчката към някой художник се крие мотив, който няма нищо общо с изкуството. Фердинандо пък събира картини само защото му харесват, макар за съжаление изкуството, творците и финансите, които са на негово разположение, да са далеч по-незначителни от онези на неговите предшественици. В резултат на което колекцията му в апартаментите в двореца Пити и вилата на Медичите в Поджо а Чиаяно се състои от прелестни второстепенни шедьоври, а не от самопрославящото майсторство на картините на Ботичели, вдъхновени от Лоренцо Великолепни и неговия двор. Колекционирането на Фердинандо остава триумф на чистия вкус, а не проява на меценатство издигнато в политика.
Фердинандо изиграва значителна роля и в процъфтяването на музиката през този период — събитие, което е пряко културно следствие от по-ранното възраждане на другите изкуства. Най-голямото му постижение в тази сфера е близкото приятелство с родения в Сицилия композитор на опери Алесандро Скарлати. Операта се ражда във Флоренция преди повече от век и половина, разпространява се из цяла Италия и стига до двора на Луи XIV във Франция и във Виена при новия император на Свещената римска империя Йосиф I. Италианската опера обаче остава върхова, особено във Венеция и Неапол. Скарлати е водещият композитор на своето време, разширява операта отвъд ранния й бароков образ и я прехвърля в новата музикална епоха, известна като Предкласика. Той придава форма на операта, кара я да се движи около речитатива и арията по времето, през което действието спира, за да може изпълнителят да даде оперен отдушник на своите емоции, при това често доста продължително. Това пък проправя пътя на виртуозните певци, като обикновено женските роли се пеят от кастрати. По характер и роли това са първите примадони, при това до такава степен, че бързо успяват да си присвоят и повечето главни мъжки роли!
През 1702 година Фердинандо кани Скарлати във Флоренция, където той композира пет опери, които трябва да бъдат поставени във вилата на Медичите в Пратолино (някога Галилей е преподавал там на младия Козимо II). Тези опери са високо ценени за времето си, макар че в наши дни са запазени само откъси. След две години Скарлати се мести в Рим, а после във Венеция, но продължава редовно да си разменя писма с Фердинандо през следващите приблизително десет години, а в наши дни тези писма са основният извор за живота на композитора през този период.