Новините за това състояние на нещата бързо се разпространяват в чужбина. Австрийците започват да правят набези в Северна Италия, предявяват претенции към Парма и Ферара, става ясно и че австрийският император на Свещената римска империя Йосиф I планира да разшири владенията си още повече и да прибави Тоскана. Перспективите за продължаване на управлението на Медичите изглеждат доста мрачни — синът и наследник на Козимо III Фердинанде е алкохолик, като пристъпите му на халюцинации се редуват с амнезия, макар че обществото почти не знае затова, тъй като Фердинандо става от леглото само през нощта и рядко излиза. Същевременно е ясно, че Джан Гастоне просто е неспособен да управлява великото херцогство. Император Йосиф I е убеден, че под австрийско управление Тоскана отново може да бъде превърната в процъфтяваща провинция, като в същото време централноевропейската империя на Австрия ще извлече огромни ползи от подобна съживена икономическа сила.
Йосиф I започва дипломатически преговори с възрастния Козимо III, чийто син вече развива епилепсия и е ясно, че скоро ще умре. Населението възлага големи надежди на Фердинандо, като вярва, че идването му на власт ще върне едни по-добри дни, а за мнозина той е един „добър Медичи“. Йосиф I предупреждава Козимо III, че смъртта на Фердинандо може да предизвика сред обезсърченото население бунтове срещу Медичите, които дори могат да доведат до свалянето им от власт. Катастрофата може да бъде избегната, ако на тосканска територия бъдат разположени австрийски войски.
Козимо III се съпротивлява на предложението, но Йосиф I ясно показва целите си, като му съобщава, че имперските адвокати са проучили родословните дървета на основните кралски домове в Европа, което ги довежда до заключението, че всъщност Тоскана принадлежи на Свещената римска империя. Една от дъщерите на Фердинандо II се омъжва за Фердинанд Карл Австрийски, а друга за херцога на Парма, териториите на която сега са австрийски. Цяла Италия е разтърсена от тази новини — изфабрикувани или не, претенциите на Йосиф I могат да предизвикат война на целия полуостров и Тоскана да бъде опустошена.
Папа Инокентий XII, чиито владения вероятно са следващите, които са заплашени от съдбата на Тоскана, спешно се свързва с Козимо III и му казва да плати на император Йосиф I. Козимо отвръща, че няма пари, при което Инокентий XII веднага му дава право да изтегли църковните налози от тосканските данъци. Така Козимо III успява да събере сума, равна на 150 000 флорина, които използва, за да плати на Йосиф I и го убеждава да оттегли претенциите си.
Но дори и при това положение австрийската окупация на Парма и Ферара означава, че Тоскана е под заплаха, макар че по това време Австрия не е единствената опасност, тъй като великото херцогство е застрашено от всички страни. В своето жалко състояние тосканската флота не е в състояние да защити бреговете си от френско нападение, а испанските войски са разположени заплашително близо отвъд южната граница. Единствено перспективата, че австрийските войски ще влязат в Тоскана, държат другите две сили настрана. Козимо III продължава да се колебае и в крайна сметка тази липса на политика като по чудо му се отплаща. През 1711 година император Йосиф I умира, а след кончината му настъпва затишие във Войната за испанското наследство и имперските териториални амбиции. След две години умира синът и наследник на Козимо III Фердинанде, очакваните бунтове не се осъществяват, защото населението вече е прекалено сплашено и обезсърчено, за да излезе по улиците.
Властта на Козимо е все така нестабилна и през 1720 година тя бележи своята петдесетгодишнина. Английският пътешественик Едуард Райг описва Козимо III през същата година:
„Негово височество е на около осемдесет години, здравословното му състояние е такова, че не позволява да пътува извън страната, но докато можеше, посещаваше по пет или шест църкви на ден. Казаха ми, че в апартаментите му има машина, на която има сложени образи от сребро на всеки светец от календара. Машината се завърта, за да извади отпред съответния за деня светец, пред когото той изпълнява своите религиозни обреди. Храни се и си ляга рано и съответно става рано.“
По това време религиозните мании на Козимо го превръщат в лесна жертва за тесногръдите му съветници, повечето от които са свещеници. Всички голи статуи са премахнати от улиците и галериите на основание, че „предизвикват разврат“, дори Микеланджеловият „Давид“, великият символ на Флоренция, е скрит зад насмолен брезент. Козимо III рядко излиза извън очертанията на двореца Пити, но когато го прави, тълпи от любопитни граждани се събират сред една потискаща тишина, за да зърнат своя омразен владетел. През септември 1723 година получава странен пристъп на тремор, докато седи зад бюрото, тази конвулсивна болка продължава два часа и го напуска изтощен и изпълнен с лоши предчувствия. През октомври Козимо III е на смъртния си одър, ежедневно се моли и проси от Бог опрощение на греховете си, но все пак успява да подпише указ, с който увеличава данъците на съсипаното велико херцогство. На 31 октомври, на осемдесет и една години, Козимо III умира и слага край на най-дългото и най-разрушително управление на Медичите.