Согласно п. 1 ст. 321.1 НК РФ налогоплательщики – бюджетные учреждения, финансируемые за счет средств бюджетной системы Российской Федерации или получающие средства в виде оплаты медицинских услуг, оказанных гражданам в рамках территориальной программы обязательного медицинского страхования, а также получающие доходы от иных источников, для целей налогообложения обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевого финансирования и за счет иных источников. Иными источниками, доходами от коммерческой деятельности признаются доходы бюджетных учреждений, получаемые от юридических и физических лиц по операциям реализации товаров, работ, услуг, имущественных прав, и внереализационные доходы.
Как отмечалось ранее, удельный вес среднесписочной численности работников и удельный вес остаточной стоимости амортизируемого имущества определяются исходя из фактических показателей среднесписочной численности работников (расходов на оплату труда) и остаточной стоимости основных средств организаций и их обособленных подразделений за отчетный (налоговый) период.
В соответствии с письмом Минфина России от 26.09.2007 № 03-03-06/4/138 удельный вес остаточной стоимости амортизируемого имущества должен устанавливаться по данным налогового учета исходя из остаточной стоимости основных средств, приобретенных за счет бюджетных средств, а также остаточной стоимости основных средств, приобретенных в связи с осуществлением предпринимательской деятельности и используемых для осуществления такой деятельности.
При этом по основным средствам, приобретенным за счет бюджетных средств, числящимся в составе амортизируемого имущества, но по которым амортизация для целей налогообложения прибыли не начисляется, остаточной стоимостью признается их первоначальная (восстановительная) стоимость (письма Минфина России от 26.09.2007 № 03-03-06/4/138 и от 06.07.2005 № 03-03-02/16, УФНС России по г. Москве от 18.04.2008 № 20-12/037682.1).
Кроме того, в соответствии с письмом УФНС России по г. Москве от 18.04.2008 № 20-12/037682.1 доля прибыли, приходящаяся на обособленное подразделение, в котором отсутствует амортизируемое имущество, рассчитывается с учетом того, что показатель средней арифметической величины удельного веса остаточной стоимости амортизируемого имущества этого обособленного подразделения будет равняться нулю, а в исчислении доли будет участвовать только показатель удельного веса среднесписочной численности работников (расходов на оплату труда) этого обособленного подразделения. Аналогичное мнение изложено в письмах Минфина России от 16.02.2005 № 03-03-01-04/1/67, УФНС России по г. Москве от 08.11.2007 № 14-14/106579.
Если при осуществлении такого расчета не определяется доля прибыли, исчисляемая как средняя арифметическая величина удельного веса среднесписочной численности работников подразделения (расходов на оплату труда) и удельного веса остаточной стоимости амортизируемого имущества подразделения, то оснований для уплаты налога на прибыль в бюджет субъекта Российской Федерации по месту нахождения таких обособленных подразделений не возникает.
Учет при расчете удельного веса остаточной стоимости амортизируемого имущества остаточной стоимости капитальных вложений в виде неотделимых улучшений арендованного имущества. В соответствии с п. 1 ст. 256 НК РФ амортизируемым имуществом признаются в том числе капитальные вложения в предоставленные в аренду объекты основных средств в форме неотделимых улучшений, произведенных арендатором с согласия арендодателя.
Статьей 258 НК РФ установлен особый порядок амортизации капитальных вложений в арендованные объекты основных средств. Согласно п. 1 ст. 258 НК РФ капитальные вложения в арендованные объекты основных средств амортизируются в следующем порядке:
– капитальные вложения, стоимость которых возмещается арендатору арендодателем, амортизируются арендодателем в общеустановленном порядке;
– капитальные вложения, произведенные арендатором с согласия арендодателя, стоимость которых не возмещается арендодателем, амортизируются арендатором в течение срока действия договора аренды исходя из сумм амортизации, рассчитанных с учетом срока полезного использования, определяемого в соответствии с Классификацией основных средств, включаемых в амортизационные группы, утвержденной постановлением Правительства РФ от 01.01.2002 № 1.
Согласно п. 2 ст. 259 НК РФ начисление амортизации по амортизируемому имуществу в виде капитальных вложений в объекты арендованных основных средств, которое подлежит амортизации, начинается: