Горизонтальными плоскостями позвоночник можно разбить на три отдела. Нижний отдел включает поясничные позвонки и сегменты, составляющие крестец и копчик. Он окружен дымкой резкого кирпично-красного цвета. Эта дымка маслянистая и придает крестцу и копчику цвет засохшей крови. Цвет этот, однако, скорее живой, нежели мертвый. Выше, по мере приближения к поясничным позвонкам, он становится несколько светлее и выглядит уже не таким резким. Постепенно он переходит в оранжевый, и в отделе, состоящем из двенадцати спинных позвонков, уже наблюдается золотистое свечение, лучи которого исходят от как бы нитевидного потока желтого огня. Это свечение слегка захватывает и нервы, ответвляющиеся от спинного мозга между позвонками. Еще чуть выше в желтом свечении начинают появляться зеленые искорки, и в шейном отделе поток уже приобретает ярко-голубой цвет. По иде и пингале — двум боковым каналам, идущим вдоль позвоночного столба параллельно центральному, — этот огненный поток непрестанно движется вверх и вниз. Чем выше поднимаются потоки, тем тоньше и невыразительней их оттенки, но цвета их становятся все чище и красивей. В конце концов они соединяются в бурлящую массу в мосту продолговатого мозга, где огонь тут же проникает в третий желудочек и возбуждает гипофиз.
Санти описывает эту тонкую структуру следующим образом: «Гипофиз состоит из двух долей, связанных друг с другом соединительной тканью. Листок твердой оболочки (диафрагма седла) удерживает их в гипофизарной ямке. Более крупная передняя доля есть производное эпителия ротовой полости; по своему строению она сходна со щитовидной железой. Ее замкнутые пузырьки, скрепленные спинномозговым эпителием (отчасти мерцательным), содержат вязкое желеобразное вещество (слизь), обусловившее прежнее название гипофиза — слизистое тело. На своей задней поверхности передняя доля имеет углубление (по форме напоминающее почку), в котором помещается задняя доля. Внутренний секрет гипофиза, по всей видимости, стимулирует рост соединительных тканей и имеет ключевое значение для половой функции».
Гипофиз является отрицательным полюсом, однако играет важную роль в духовном сознании. С одной стороны, он является посвятителем, так как «возносит» кандидата — шишковидную железу. Обладая женской полярностью, гипофиз выступает в роли постоянной искусительницы. В египетских мифах Исида, обладающая качествами гипофиза, своими чарами побуждает верховного бога солнца Ра (символизирующего шишковидную железу) открыть свое тайное имя, что тот в конце концов и делает. Соответствующий физиологический процесс достоин более подробного рассмотрения.
Гипофиз начинает еле уловимо светиться. От него начинают исходить слегка мерцающие световые кольца, постепенно гаснущие на небольшом расстоянии от железы. По мере оккультного развития, обусловленного должным пониманием соответствующих законов, кольца, окружающие гипофиз становятся ярче. Их распределение неравномерно: они удлиняются к той стороне гипофиза, что обращена к третьему желудочку, и расширяются, образуя элегантные параболы, в направлении шишковидной железы. Постепенно, по мере того, как поток усиливается, они все более приближаются к дремлющему оку Шивы, окрашивая шишковидную железу в золотисто-оранжевый цвет и мягко приводя ее в движение. Под воздействием ласкового тепла и сияния огня гипофиза божественное яйцо начинает дрожать и двигаться; свершается величественное таинство оккультного развертывания.
Санти так описывает шишковидную железу: «Шишковидное тело (corpuspineale) представляет собой конусовидное образование длиной 6 мм и диаметром 4 мм, присоединенное к крыше третьего желудочка уплощенным поводком (habenula). Эту железу также называют эпифизом. Шишковидное тело расположено на дне поперечной борозды головного мозга, непосредственно под валиком мозолистого тела, между верхними холмиками крыши среднего мозга. Оно плотно укрыто мягкой оболочкой головного мозга. Habenula раздваивается, образуя спинную и брюшную пластинки, разделенные шишковидным промежутком. Брюшная пластинка сливается с задней спайкой, в то время как спинная продолжается за спайку, тесно прилегая к эпителию крыши. В месте прикрепления к зрительному бугру спинная пластинка утолщается, образуя striamedullaris thalami (полосу эпифиза). Это утолщение представляет собой жгут волокон столба свода и средней полосы обонятельного тракта. Между мозговыми полосами на заднем конце имеется поперечная спайка, commissurahabenularum, в которой волокна полос частично перекрещиваются, достигая поводочного ядра зрительного бугра. Внутренность шишковидного тела состоит из замкнутых фолликул, окруженных врастаниями соединительной ткани. Фолликулы заполнены эпителиальными клетками, смешанными с известковым веществом — „мозговым песком“ (acervuluscerebri). Известковые отложения также обнаруживаются в поводке эпифиза и вдоль сосудистых сплетений.