В этих хлопотах Менделеева по собиранию химических ученых сил и по укреплению химического раздела наук в Петербургском университете ясно слышится понимание исследовательской среды, учебного и ученого центра, вынесенное и подсказанное гейдельбергскими годами, опытом знакомства со старейшим университетом Германии. К такого же рода заботам надо отнести и инициативу Дмитрия Ивановича по созданию Русского физико-химического общества, начавшего свое официальное существование в 1868 г. В него вошли: Меншуткин, проявивший самое деятельное участие в организации, Нечаев и другие виднейшие ученые. Первое собрание было на квартире Д. И. Менделеева. Общество это объединило распыленные до того силы и осуществило такое важнейшее мероприятие, как издание первого в Россия научного журнала, посвященного вопросам точного знания.
Россия XIX века не только в химии выдвинула на мировую сцену ряд имен. Плеяда молодых ученых в какие-нибудь двадцать-тридцать лет подняла русскую науку на уровень европейской. Струве — в астрономии, Пирогов — в медицине, Лобачевский — в математике, Сеченов — в физиологии — все эти имена стали известны и ценны всему миру. И среди них неповторимо выделяется кряжистая фигура сибиряка Менделеева.
С течением времени Дмитрий Иванович все больше сживался с университетом. Этому способствовали и бытовые обстоятельства: вместе с кафедрой Дмитрий Иванович получил просторную профессорскую квартиру при университете. Благодаря этому он имел возможность быть ближе и к лаборатории, необходимой ему в работе.
Собственно говоря, трудно было считать большим пособием в работе тогдашнюю лабораторию Петербургского университета. Оборудование ее, тормозившее занятия студентов и профессоров, было нищенским. До 1863 г. на нее отпускались всего 400 руб. в год и на все кафедры химии полагался один лаборант с таким же окладом. В лаборатории не хватало самых необходимых вещей и приспособлений. Профессор Густавсон, бывший университетским лаборантом, так вспоминает то время: «Газа не было, жгли древесный спирт, да и в том часто чувствовался недостаток, потому что его пил единственный старый сторож при лаборатории. Тяги не действовали, и когда я, еще будучи студентом, затеял готовить пятихлористый фосфор, то так надышался хлором, что поплатился воспалением легких».
Бесконечные хлопоты Дмитрия Ивановича о расширении помещения и средств мало помогали делу. С 1866 г. лаборатория состояла всего лишь из двух комнат, прячем одна из них была темная. В лучшую пору, в самый расцвет творчества, внешние условия нельзя считать особенно благоприятными для работы Дмитрия Ивановича, которая, кто знает, может быть была бы при ином положении еще продуктивнее. Такова была издавна судьба российского крупного ученого: так же воевал из-за устройства лаборатории Ломоносов и так же годами был лишен ее.
Как впервые, преподавая органическую химию, двадцатилетний доцент Менделеев столкнулся с отсутствием учебного пособия, так и теперь, зрелый профессор, по этой же причине задумал написание курса общей химии. «Основы химии» — таково было название задуманного труда, ставшего эпохой не только в творческой судьбе Д. И. Менделеева, но и в истории развития химии.
Результат педагогического опыта, курс читанных им лекций был положен Дмитрием Ивановичем в основание затеянного труда. Но, приводя в порядок лекционные записки, систематизируя материал, уточняя свое понимание химических явлений, он придвинулся вплотную к работе, итогом которой было создание периодического закона. В предисловии к одному из изданий «Основ химии» Дмитрии Иванович объясняет, исходя из какой мысли найден был им и упорно защищаем периодический закон: «Посвятив свои силы изучению вещества, я вижу в нем два таких признака: массу, занимающую пространство и проявляющуюся в протяжении, а яснее и реальнее всего в весе, и индивидуальность, выраженную в химических превращениях, а яснее всего формулированную в представлении о химических элементах. Когда думаешь о веществе, помимо всякого представления о материальных атомах, нельзя для меня избежать двух вопросов. сколько и какого дано вещества, чему соответствуют понятия — массы и химических элементов. История же науки, касающейся вещества, т. е. химии, приводит волей или неволей к требованию признания не только вечности массы вещества, но и вечности химических элементов. Поэтому невольно зарождается мысль о том, что между массою и химическими элементами необходимо должна быть связь, а так как масса вещества, хотя и не абсолютная, а лишь относительная, выражается окончательно в виде атомов, то надо искать функционального соответствия между индивидуальными свойствами элементов и их атомными весами. Искать же чего-либо, хотя бы грибов, или какую-либо зависимость, нельзя иначе, как смотря и пробуя. Вот я и стал подбирать, написав на отдельных карточках элементы с их атомными весами и коренными свойствами, сходные элементы и низкие атомные веса, что быстро и привело к тому заключению, что свойства элементов стоят в периодической зависимости от их атомного веса, причем, сомневаясь во многих неясностях, я ни минуту не сомневался в общности сделанного вывода, так как случайности допустить было невозможно». О свойствах же элементов Дмитрий Иванович говорит так: «У элементов есть точное, измеримое и никакому сомнению не подлежащее то свойство, которое выражается в их атомном весе. Величина его показывает относительную массу атома, или, если избежать понятия об атоме, величина его показывает отношение между массами, составляющими химические самостоятельные индивидуумы или элементы. А по смыслу всех точных сведений об явлениях природы масса вещества есть именно такое свойство его, от которого должны находиться в зависимости все остальные свойства, потому что все они определяются подобными же условиями или такими же силами, какие действуют в весе тела, он же прямо пропорционален массе вещества. Поэтому ближе или естественнее всего искать зависимости между свойствами элементов, с одной стороны, и атомными их весами — с другой».
Таким образом «сущность понятий, вызывающих периодический закон, кроется в общем физико-химическом начале соответствия, превращаемости и эквивалентности сил природы. От массы вещества находятся в прямой зависимости тяготение, притяжение на близких расстояниях и много иных явлений. Нельзя же думать, что химические силы не зависят от массы. Зависимость оказывается потому, что свойства простых и сложных тел определяются массами атомов их образующих».
В истории химии незабываемыми останутся дни 6 марта 1869 г. и 3 декабря 1870 г. В первый из них делопроизводитель Русского физико-химического общества профессор Н. А, Меншуткин за отсутствием Дмитрия Ивановича Менделеева сделал доклад: «Опыт системы элементов, основанной на их атомном весе и химическом сродстве». На самом деле пока еще это был только опыт. Система не претендовала на законченность. Была только идея значительная, большая, но пока еще недостаточно разработанная. Это был скорее еще один вклад в классификацию элементов, чем закон.
До Менделеева вопросами классификации задавались многие, удачнее других Дюма. Позднее, в шестидесятых годах XIX века работали над этим Шанкуртуа, Ньюлендс, и Л. Мейер. В работе их встречались затруднения, вызванные, во-первых, тем, что аналогии металлов часто недостаточно резки, а во-вторых, в иных металлах замечалась двойственность характера, так что они являлись как бы переходами из одной группы в другую. Это тормозило классификацию, стремившуюся сгруппировать их по отдельности. Однако кое-какие металлы удалось разнести по группам. Так, понемногу сортировались элементы. Но между группами элементов не было связи, которая обняла бы все аналогии и связала все группы каким-то генеральным принципом в одно целое, где отдельные элементы были бы лишь звеньями цепи. Первый опыт Дмитрия Ивановича страдал многими недостатками прежних исследований и тем не менее там уже было то общее, из чего можно было исходить в дальнейшем: «все свойства элементов и их соединений изменяются в зависимости от изменений их атомных весов».
В процессе дальнейшей работы Дмитрий Иванович выяснил, что свойства изменяются не так как атомные веса, т. е. не возрастают непрерывно от первого элемента к последнему, а после некоторого возрастания вновь убывают. Такое колебание появляется равномерно, периодически среди элементов, расположенных по порядку их атомного веса. На основании этого выведен Дмитрием Ивановичем периодический закон. Сформулировал он его 3 декабря 1870 г. окончательно так: «Свойства простых тел, так же формы и свойства соединений элементов находятся в периодической зависимости от величины атомных весов элементов».