К осени 1903 года Менделеев утратил зрение настолько, что уже не мог сам не только читать и писать, но даже расписываться в нужном месте на официальных бумагах. Он не жалуется на свою слепоту, но теперь безропотно и с благодарностью принимает помощь сотрудников, направляющих его руку с пером в нужное место. Домашние и сослуживцы боялись самого страшного — «темной воды», как тогда называли неизлечимую глаукому. Но офтальмолог И. В. Костенич определил болезнь как катаракту, то есть помутнение хрусталика, и взялся провести операцию, которая сама по себе была в те времена в России редкостью, хотя практиковалась довольно давно — вспомним прозрение Ивана Павловича Менделеева в 1837 году. Тяжелая операция была проведена в два этапа. Ход окончательной операции едва не был нарушен Дмитрием Ивановичем, который в самый неподходящий момент рефлекторно схватил хирурга за руку; но всё, слава богу, обошлось, хотя профессор Костенич и его ассистенты выскочили из операционной на грани обморока. Негодные хрусталики были выдавлены — их роль в будущем должны были исполнять очки с очень толстыми стеклами. А пока Менделеев надолго оказался в полной темноте.
В такой период жизни любой, даже не столь нервный и одержимый своими занятиями человек мог потерять самообладание и сделаться тягостной обузой для окружающих. Но Дмитрий Иванович, неожиданно для многих, проявил себя совершенно с другой стороны. Он воспринял случившееся без всяких метаний, с великим спокойствием. Незрячий ученый по-прежнему держал на контроле все палатские дела, заслушивал доклады и давал указания, посещал научные собрания и диктовал докладные записки. А когда ему совсем нечем было себя занять, отдавался своему любимому удовольствию — клеил коробки. Их он делал теперь небольшого размера, используя материал папок и обклеивая их специальной, собственного изобретения, водостойкой холстиной. Для украшения изделия мастер пускал по краям веселый бордюрчик. «Посмотрите, как правильно всё измерено, а ведь я ничего не вижу-с. Я вам нарочно для того показал, чтобы вы видели, что могут сделать одни руки человека, если только он захочет».
Еще больше удовольствия ему доставляло чтение вслух. Для него Дмитрий Иванович перебрал сначала всех домашних, а потом почти всех сотрудников Палаты, среди которых особенно отличал известную нам Озаровскую, читавшую громко, внятно и с чувством: «Ольга Эрастовна так газету читает, что даже телеграммы слушать интересно». К тому же эта сотрудница лучше всех, по мнению управляющего, умела «впускать» ему капли в глаза. Литературу он подбирал сам, по своему давным-давно определившемуся вкусу. Ценил Шекспира, Шиллера, Гёте, очень любил Байрона, Пушкина и русских писателей до Пушкина. Современную же русскую прозу, ту, которую во всем мире до сих пор называют великой, Менделеев не любил: «Мученья, мученья-то сколько описано! Я не могу… Яне в состоянии». Во время болезни он чаще всего предпочитал слушать Дюма, Жюля Верна, приключенческие романы из жизни краснокожих или истории про благородного разбойника Рокамболя, причем сопереживал героям по-детски живо и непосредственно. Например, читает ему Ольга Эрастовна из Дюма что-то вроде: «В это мгновение рыцарь поднялся, взмахнул мечом, и шесть ландскнехтов лежали распростертые на полу таверны…»
— Ловко, — одобряет с детским восторгом Дмитрий Иванович. — Вот у нас, — плаксиво продолжает он, — убьют человека, и два тома мучений, а здесь на одной странице шестерых убьют и никого не жалко.
— Окно раскрылось, — читает дальше Озаровская, — и хорошенькая головка высунулась из него. В одно мгновение по веревочной лестнице рыцарь взобрался к самому окну. «О благородный рыцарь, — начала Сюзанна, — скажите, как благодарить мне вас? Поверьте, что моя госпожа не остановится ни перед чем, чтобы достойно вознаградить вас за оказанную услугу. Скажите, чего вы хотите, и ваше желание будет исполнено». — «Прелестная Сюзанна, — воскликнул рыцарь, — моя награда в ваших руках…»
— Поцелует, поцелует! Сейчас поцелует! — на высоких нотах кричит Дмитрий Иванович и бьет ногой в сапоге по кровати.