Девятого января 1905 года по городу с утра пошли невнятные, но тревожные слухи. Менделеев, уже давно никуда не ездивший, в 12 часов дня, несмотря на уговоры семьи и сотрудников, сел в наемную карету (Михайла Тропников занял место рядом с кучером) и отправился к Витте, который накануне прислал ему записку с просьбой прибыть к нему домой на Василеостровский проспект в два часа дня. Едва он отъехал, как стало известно о случившемся на Дворцовой площади. Улица возле Главной палаты скоро оказалась заполнена народом, войсками и казаками. Протиснуться дальше ворот было невозможно, к тому же ходьба по мостовой была запрещена. Домашние Менделеева выглядывали за ограду, ждали, что увидят возвращающегося Дмитрия Ивановича. Тот вернулся через пять-шесть часов в крайне расстроенном и раздраженном состоянии. Ни с кем не разговаривая, прошел в свой кабинет, снял со стены портрет министра финансов, поставил его лицом к стене и громко сказал: «Никогда не напоминайте мне о Витте!» Между тем Младенцев расспрашивал о случившемся Тропникова. Тот рассказал: «Доехали мы до Троицкого моста. Дальше нас не пустили. Дмитрий Иванович вышел из кареты и пешком дошел до дома Витте. Обратно также. Сел в карету и по набережной — к Николаевскому мосту, через него и к Горному институту — к Д. П. Коновалову. Обратно через Николаевский мост не пустили. Поехали через Неву по льду к Балтийскому заводу, где благодаря знакомству были пропущены на Рижский проспект и в Палату».
Что за разговор состоялся между Витте и Менделеевым в день, именуемый в советских календарях Кровавым воскресеньем, так и осталось неизвестным. Рассорились они не навсегда. Менделеев еще пойдет на торжественную встречу Сергея Юльевича после подписания Портсмутского мира — Витте будут чествовать за твердость в защите российских интересов. Они будут обсуждать еще много важных вопросов, включая проект Училища наставников, который Витте поддержит. Но портрет бывшего министра финансов (вскоре ставшего премьером) уже не вернется на стену менделеевского кабинета.
Через полторы недели Анна Ивановна, активно сотрудничавшая в благотворительном кружке, на четыре месяца уедет в Верхнеудинск работать в «питательном пункте» для солдат.
Менделеев вначале категорически запретил ей покидать дом, но потом смирился и отпустил «не далее Иркутска». Дети были уже взрослыми и, казалось, могли сами о себе позаботиться. Но время было опасное, и беда таилась в любой подворотне. Студенческий мундир мог стать причиной ареста или нападения уличных погромщиков. Проезжий казак мог отстегать встречного студента нагайкой. Поэтому сына Ивана переодели в штатский костюм. Сам Дмитрий Иванович был оставлен на попечении прислуги Екатерины Комиссаровой и конечно же Михайлы Тропникова, уже женившегося, но отдававшего всё свое время старому хозяину.
Менделеев всё более прихварывал и всё чаще укладывался среди дня на свой диванчик. Иногда он и доклады подчиненных выслушивал лежа. Домашние и сослуживцы замечали, что, передвигаясь по кабинету, он то и дело вытягивал руку, чтобы опереться о стену. Но работал по-прежнему очень много: писал статьи, вел переписку, разбирался с корректурами, неустанно хлопотал об открытии новых поверочных палаток, высказывал экспертное мнение по самым неожиданным вопросам — например, по поводу обеспечения портов и торговых судов на северо-западе страны русским углем вместо иностранного.
В это же время Менделеев загорелся определением ускорения силы тяжести с помощью длинных маятников. Известный механик А. Рупрехт изготовил по его заказу стальные призмы, опорные подставки и проволоку из магниево-алюминиевого сплава. На Сормовском и Кыштымском заводах Дмитрий Иванович заказал чугунные шары и вплотную подступился к Министерству финансов с требованием изготовить также нужный ему для опытов шар из золота. Сам составил программу опытов и подключил к «свежему делу» почти всех сотрудников Палаты. Он по-прежнему мог увлечься работой так, что забывал о своих хворях. Врачей, как и прежде, Менделеев к себе близко не подпускал, делая исключение для одного лишь доктора А. П. Покровского, которого уважал за внушительную комплекцию (Александр Павлович весил 11 пудов) и изумительную, обезоруживающую обходительность. М. Н. Младенцев оставил описание одного из визитов Покровского в кабинет Менделеева: ««А, это вы, — скажет ему Дмитрий Иванович, — садитесь». Покровский опустится в кресло… «Как ваше здоровье, Дмитрий Иванович?» — «Да ничего, ноги что-то ломит». — «Прослушал бы я вас, да не хочется беспокоить». — «Какое же беспокойство? Он подождет», — указывая на меня, скажет Дмитрий Иванович. Доктор выслушает его тут же сидящего за столом. «Ноги смотреть не буду. Вам это затруднительно…» — «Нет, нет, я сейчас, нет. Это мне не трудно». — И снимает Дмитрий Иванович сапоги…»