Одна из последних семейных радостей Дмитрия Ивановича была связана с приездом в Петербург Лели с его единственной внучкой Наташей. После смерти Алексея Владимировича Трирогова его вдова и дочь некоторое время жили в Пензе, не отъезжая далеко от родового гнезда в Аряше, где рядом с зятем была похоронена и Феозва Никитична. Затем было решено перебраться на постоянное жительство в Москву — Ольга Дмитриевна хотела доучить дочь в хорошей гимназии. Весной 1906 года мать и дочь отправились в Белокаменную и Наташа успешно сдала вступительные экзамены. Теперь они были свободны до осени — могли заехать в гости к дедушке, а оставшееся время провести в аряшском имении.
Анна Ивановна с детьми уже переехала в Боблово, поэтому гости явились прямо в отцовскую квартиру в Главной палате мер и весов. Менделеев был настолько обрадован, что, казалось, не знал, как их обласкать. Наташа, крупная девочка-подросток, воспринимала Дмитрия Ивановича исключительно как доброго дедушку, а он, разнеженный и расчувствовавшийся, позволял ей абсолютно всё, даже врываться к нему в кабинет во время работы. Он называл внучку «моя единая» и баловал чем только мог. Михайле и Катерине было приказано беспрекословно выполнять все желания и распоряжения дорогих гостей, да они бы и сами ни в чем им не отказали, видя, как расцвел их старый хозяин. Михайла то и дело мчался в фруктовый магазин на углу 1-й роты, а старая служанка Катя, которая в свое время, после свадьбы Ольги, собиралась переехать жить к молодым, но осталась, потому что никто лучше нее не смог бы ухаживать за Дмитрием Ивановичем, с радостью стряпала всякие вкусные вещи, которые Леля любила в молодости. Потом радость сменилась беспокойными хлопотами, потому что Наташа вдруг заболела корью. Лечить ее дедушка позвал профессора Быстрова, а ежедневно смотреть за больной девочкой пригласили девушку-эстонку из Красного Креста. Эта здоровая и жизнерадостная сиделка, неукоснительно выполнявшая распоряжения доктора, очень понравилась Дмитрию Ивановичу, и он даже сказал, что пригласит ее, если захворает.
Когда внучка пошла на поправку, Менделеев отправился отдыхать в свои любимые Канны. В середине мая Наташа выздоровела, но в Аряш Трироговым выехать не удалось — там случились аграрные волнения. Профессор Быстров посоветовал оздоровить девочку где-нибудь в окрестностях Висбадена, и они поехали в городок Швальбах, где горный воздух и соленые газированные ванны быстро вернули девочке былую веселость. В Швальбах к ним неожиданно приехал повидаться Дмитрий Иванович, не успевший насмотреться на дочь и внучку. Выглядел он хорошо и производил впечатление отдохнувшего, набравшегося сил человека. «Когда мы с отцом стали появляться в общей столовой, за табльдотом, — пишет Ольга Дмитриевна, — то меня поражало то полнейшее равнодушие, с каким Дмитрий Иванович входил туда, никого не видя и не замечая, тогда как взоры любопытных путешественников устремлялись на его необычную наружность, так не подходившую под общий уровень. И эта его своеобразность, полное равнодушие к окружающему, щедрые чаевые и уменье заказать кушанье с легким вином делали его настолько интересным для окружающих, что все старались удовлетворить свое любопытство, а хозяин отеля старался особенно угодить ему».