Но вскоре служебному росту И. П. Менделеева неожиданно пришел конец. Случился донос, что директор дозволяет иногородним учащимся, проживающим в казенном пансионе при гимназии, есть в пост скоромную пищу. Бумага легла на стол самому Михаилу Леонтьевичу Магницкому, бывшему реформатору и сподвижнику М. М. Сперанского, после ссылки сменившему своего благородного патрона на А. В. Аракчеева, а прогрессивные взгляды — на сугубо мракобесные. Именно в это время он ревизовал Казанский университет и все учебные заведения учебного округа. Какого рода была эта ревизия, можно судить по тому, что, например, медицинскому факультету было велено захоронить на кладбище все анатомические препараты, а действие мышц демонстрировать при помощи платков. И профессора в парадных мундирах во главе с попом понесли гробы с наглядными пособиями на кладбище, где они были похоронены по всем православным канонам. Кроме того, профессорам, среди которых было много иностранцев, было предписано «не восхищаться» впредь устройством человеческих органов, а искать в анатомии подтверждение Божьего промысла. Дальше — больше: верноподданный истерик предложил за кощунственное вольнодумство вообще закрыть Казанский университет и даже «торжественно разрушить» университетское здание. И в такое время донос обвинял директора гимназии в распространении безбожия и нарушении священных установлений. Визг поднялся до небес, началось следственное разбирательство. Иван Павлович был отстранен от директорства и отправлен с семьей в Пензу, где, не приступая к исполнению новой службы, два года ждал решения своей судьбы. От полного увольнения его спасло радостное для очень многих событие — в 1827 году злодей российского просвещения был сам уволен в отставку за растрату казенных средств и превышение власти. Ивану Павловичу удалось получить перевод обратно в Тобольск — он обменялся местом службы с тамошним директором гимназии, желавшим перебраться в Пензу. Так Менделеевы вернулись в Сибирь.
Автор доноса, по всей видимости, руководствовался не только «постными» соображениями. Иван Павлович, определенно, уличил кого-то из саратовских чиновников в казнокрадстве. Об этом свидетельствует его письмо от 13 марта 1833 года матери и брату в село Млево Тверской губернии: «…За сим вот Вам, любезнейшие, моя исповедь… в половине октября 1825 года приехал к нам в Саратов наш Попечитель Михаил Леонтьевич Магницкий (потомок автора первого русского печатного руководства «Арифметика»)… Он мне сперва благодетельствовал; по его настоянию яко отличный чиновник был переведен в Саратов, для приведения в порядок тамошней Гимназии. Открытые мною злоупотребления… из благодетеля превратили его в гонителя. И так произошли у нас борьба, переписка, следствие и дело продолжалось почти два года. Я жил в доме гимназии, получил штатное звание Директора, не исправляя, однако, должности, с сим званием сопряженной. После долгих прений, наконец, дело решено Господином министром — перевести меня Директором же в Тобольск, куда с получением приказа и приехал с семейством 4 февраля 1828 г…В том же году получил и чин надворного советника…» Еще два письма Ивана Павловича адресованы туда же, в Млево, но уже племяннику. В первом, от 13 мая 1833 года, он советует: «…не торопись, любезнейший Иван Тимофеевич, предускорить других чинами, а старайся вникнуть в сущность дел. Кто знает дело, тот не погибнет…» Другое написано через год, в 1834-м: «…Дай Бог, чтобы ты наследовал правоту и честность наших предков. На поле службы не должно в виду иметь перспективного: чины, богатство, жадность, а одно усердие, честность, благородное прохождение своего служения, а за ними и прочее приложится тебе… Век живи, век учись. Кто с сими чувствами вступает в службу, тот не посрамит себя ни самолюбием, ни корыстолюбием, а тем более хищением чужого… Извини моей морали, которой я тоже учился на берегах Тихомандрицы…»
Иван Павлович вначале готовился в священники. Его отец Павел Максимович Соколов, священник села Тихомандрицы Вышневолоцкого уезда, отдал его вместе с тремя другими сыновьями, Василием, Тимофеем и Александром, в Тверское духовное училище, по выходе из которого троим вместо родовой фамилии дали новые. Такова была семинарская традиция — подбирать будущим священнослужителям красивые и благозвучные фамилии, приличествующие сану. Была в этом, видимо, и практическая необходимость — чтобы не путаться в одинаковых фамилиях будущих священников. Исполнение этой традиции лежало на преподавателях училища. Они подбирали подходящие фамилии, выдумывали новые, не отказывая себе иногда в подшучивании над учащимися. Так Василий стал Покровским, Александр — Тихомандрицким, Иван — Менделеевым, Тимофей же остался Соколовым.