Несмотря на вернувшееся зрение, место директора гимназии Иван Павлович потерял навсегда. Не нашлось для него и учительской должности. С этих пор он помогал семье лишь скромной пенсией, подработкой в качестве корректора да посильным участием в ведении фабричных дел, насколько позволяло здоровье (он стал прихварывать легкими). Взять на себя управление Аремзянским заводом Иван Павлович был просто не в состоянии — дело требовало купеческого таланта, которого он, учитель и сын священника, был полностью лишен. Зато он, сколько мог, занимался детьми, которые его очень любили. Он никогда не ругал и тем более не бил их, а лишь печалился и огорченно подпирал лоб рукой. Этот вид «наказания» настолько отрезвлял шалунов, что они тут же брались за дело, благо обязанности по дому были у каждого.
В 1839 году Иван Павлович и Мария Дмитриевна выдали замуж вторую дочь, Екатерину, разумницу и главную свою помощницу. Катиным супругом стал хороший человек Яков Семенович Капустин, советник Главного управления Западной Сибири. Молодые уехали в Омск, оставив Менделеевым добротный и удобный капустинский дом. Последнее обстоятельство делало стоящий перед семьей выбор еще более мучительным. Поля уже была взрослой девушкой, быстро подрастала Маша. Ничего, кроме домашней работы, девочки не видели. И сыновей, Пашу и Митю, выросших среди аремзянской детворы, пора было готовить в гимназию. Митя, бывший по возрасту на два года младше брата, никак не уступал ему в развитии, проявлял прекрасные способности в счете и чтении. Иван Павлович договорился, что Митю возьмут в первый класс «вольнослушателем» вместе с братом — так он будет меньше предоставлен самому себе. В общем, ситуация требовала возвращения семьи в Тобольск. Но Василий Дмитриевич Корнильев был категорически против передачи завода в руки наемного управляющего. Оказалось, что его родственные чувства вполне могут уживаться с трезвым хозяйским расчетом. Брат пропускал мимо ушей все жалобы Марии Дмитриевны и отвечал, что раз сам он добывает свой хлеб в трудовом поту, то и от нее вправе требовать того же. В любой другой помощи, несмотря на все намеки сестры, богатый родственник решительно отказывал. Единственное, что он сделал сверх того, что передал сестре для прокорма опутанную долгами отцовскую фабрику, состояло в том, что Василий Дмитриевич взял к себе в дом и определил в дорогой Благородный пансион любимого племянника Ивана. (Забегая вперед нужно сказать, что благодеяние это окончилось весьма плачевно. Но об этой беде чуть позже.) В конце концов Мария Дмитриевна решается на отчаянный шаг: оставив за собой ведение всех конторских счетов и принятие главных решений, она нанимает управляющего и перевозит семью в Тобольск.