Но мало-помалу, присматриваясь к среде товарищей, прислушиваясь к дортуарным, далеким от ушей начальства разговорам, Дмитрий Менделеев начинает замечать, что не все поддается регламенту, утвержденному жандармом. Неистребимы в молодежи движения протеста, неискореним дух вольности, проникающий сквозь толщу стен института. Рядом с Чистяковыми, расточающими перед начальством благодарственные речи, растут и Добролюбовы. Наряду с дипломированными мракобесами есть среди профессоров и люди подлинной науки, для которых институтский режим лишь досадная помеха, затрудняющая ответственное дело подготовки будущих научных кадров России.
В Николаевскую эпоху мрачнейшей реакции государственная машина, несмотря на все свое старание, не могла стереть имен Пушкина и Лермонтова, воспевших яркую личность, противопоставленную черни, мещанству, «надменным потомкам известной подлостью прославленных отцов»; Гоголя, горьким смехом заклеймившего эпоху; Белинского, глашатая западных идей, беспощадного критика действительности. В эту эпоху появились славянофилы и западники, идеология которых носит черты этического и социалистического индивидуализма. Как протест против действительности, выросло и мировоззрение Герцена и анархизм Бакунина. Так отвечала передовая мысль России на самодержавный гнет, на деспотические попытки императора поставить все во фрунт. И по мере того как близится крымская катастрофа — а в годы студенчества Менделеева она уже не за горами — голоса оппозиции режиму все слышней и слышней.
Гул лондонского «Колокола» Герцена, свободная эмигрантская мысль, бурление внешней жизни не могли не просачиваться в Педагогический институт, в среду студенчества. Тесное общение студентов разных факультетов, общие занятия, разговоры — не благонамеренные, на виду у начальства, а свои, конспиративные — тайно попавшая с воли книга — все это формировало мировоззрение и не у всех в законоугодную сторону. Под такими влияниями окончательно вырос и сложился в сурового критика дворянской литературы младший товарищ Дмитрия Менделеева — Добролюбов, никогда не ограничивавшийся собственно литературной критикой и обращавший свое перо на критику действительности. Этих влияний не мог избежать и сам Менделеев.
Если попытаться стать на точку зрения молодого студента, представить себе мысли, волновавшие Менделеева перед лицом выбора жизненного пути, если учесть при этом все, уже известные нам черты его детства, наметившиеся свойства характера, влияния, которым сызмала был он подвержен, впечатления уже усвоенные, воспитанные в нем взгляды, то перед нами возникнет, примерно, следующий круг его ощущений, оценок, стремлений,
Три дороги открывались перед ним. Первая — послушание, угодливость, «латынщина», церковность, служебная карьера, чины, ордена, пост сановника на закате жизни. Это была линия наименьшего сопротивления. Это была дорога практического корыстного материализма, с которой никак не могла бы примириться честная и прямая натура его. Вторая — путь протеста, одинокая судьба тогдашнего революционера, путь подполья, ареста ссылки подвергались суровым карам ибо на территории империи все открыто возвышавшие голос против существующих установлений. Вторая дорога требовала безграничного запаса сил, самоотдачи, веры в свою правоту, а главное — убеждения в целесообразность личных жертв и усилий. Это жребий практического идеализма, революционного самопожертвования. Им была в высокой степени заражена прогрессивная мысль той эпохи. Между тем и в прогрессивном лагере растет сознание ужасающего безвременья, отсутствие опоры. В литературе нарождается тип «лишнего человека». Роман Чернышевского «Пролог» — это постановка проблемы, возможно ли в России радикальная деятельность, или следует беречь силы для лучших, еще не наступивших времен. Менделееву, столкнувшемуся в детстве с интересами полукустарной, убогой промышленности, знакомому с трагической судьбой ссыльных декабристов, свидетелю с малых лет разговоров о народном невежестве, ощущение безвременья близко и быть может уже пережито. В особенности памятны настроения раздавленных и разочарованных декабристов. Путь бунтарства не для него, ни среда, его воспитавшая, ни темперамент, ни общие склонности, выраженные с детства в приверженности к естествознанию, не влекут его сюда.