Казалось, и в России настало время расцвета науки. Дмитрий Иванович сразу же с жаром взялся за прерванные на два года занятия в университете. Опять он занял оставленную им кафедру органической химии. Кроме университета Дмитрий Иванович взялся за преподавание химии в кадетском корпусе и чтение лекций в Инженерном училище и Институте путей сообщения. Настроение либеральных слоев русского общества передавалось и ему, он, как и все, стремился работать, работать и работать. Под таким лозунгом начинались в России 60-е годы, так вместе со страной жил Менделеев.
В процессе преподавания он столкнулся с отсутствием мало-мальски стройного учебника органической химии, учитывавшего последние открытия в области этой науки.
Это навело Дмитрия Ивановича на мысль написать собственный учебник «Органической химии». «Книга эта разделена на немногие главы, предназначенные для развития того или другого химического понятия из материалов, в ней приведенных, и вообще должна была служить для предварительного ознакомления с предметом лекций». В этой книге автор сумел: «в частностях не забывать общего, в погоне за фактами не игнорировать идей, их одухотворяющих, не лишать науки о природе их философского значения».
«В основу изложения Дмитрий Иванович прежде всего кладет стройно и последовательно развитое им ученье о пределах, и около этого основного принципа группирует и объединяет весь, и тогда уже бывший весьма обширным, фактический материал органической химии. После жераровского «Phecis» и до бутлеровского «Введения к новому изучению органической химии», — он дал самую замечательную классификацию углеродистых соединений».
«После книги Менделеева во всей мировой литературе появилось, кажется, только два сравнительно кратких учебника органической химии, действительно оригинальных и замечательных по своему содержанию. Это уже упомянутое «Введение» А. М. Бутлерова, где впервые последовательно проведена структурная теория и «Ansichten über organische Chemi» — Вант-Гоффа. Но даже в этих сочинениях нет того гармонического сочетания разнородных элементов, составляющих органическую химию, которое мы находим у Менделеева, несмотря на то, что по оригинальности мыслей, в них проводимых, оба эти сочинения занимают исключительное положение в науке»[8].
«Органическая химия» Менделеева вызвала в среде химиков разногласия, не все были согласны с методом, примененным Дмитрием Ивановичем при ее написании. Кроме развития учения о пределах, он пытался противостоять тому течению в органической химии, которое привело впоследствии к возникновению нового отдела науки, называемого теперь «стереохимией» или «учением о пространственном распределении атомов при образовании ими частиц химических соединений». Все же книга Менделеева была настолько значительным явлением, что удостоилась большой демидовской премии.
В том же 1861 г. попутно с учебником появилась его статья: «О пределах органических соединений». Но всякую исследовательскую работу очень тормозило отсутствие хорошей лаборатории при университете.
У постоянно занятого Дмитрия Ивановича быт складывался неуютным, специфически холостяцким. В студенческие годы институт обеспечивал все нужды, временные пребывания в Крыму и за границей не требовали еще установившейся семьи, как бы продолжая собой студенческое житье. В Петербурге же сразу пришлось столкнуться со всеми неудобствами одиночества. Единственным близким домом для Дмитрия Ивановича была семья Басаргиных.
Сестра Менделеева, Ольга Ивановна, жена декабриста Басаргина, переехала по окончании ссылки мужа в Петербург. Не имея детей, она больше других родственников заботилась о младшем брате. И теперь, видя, что сам Дмитрий Иванович посвятил всю жизнь науке и не обращает ни на что другое внимания, решила его женить. Была у нее на примете немолодая уже девушка, сибирячка, умная, скромная, бывшая институтка. Ольга Ивановна знала давно еще по Сибири и ее. и всю родню. Девушка эта, несмотря на то, что была шестью годами старше Дмитрия Ивановича, показалась Ольге Ивановне подходящей партией для брата. Дмитрий Иванович сделал предложение и оно было принято. Но уже через некоторое время Дмитрий Иванович писал в Москву сестре, уехавшей туда по делам, что он не знает, как ему быть: чем больше он сближается со своей невестой, тем больше чувствует, что у него нет тех чувств, которые должен иметь жених. На это он получил от своей сестры ответ длинный и убедительный. Она писала ему о своей собственной жизни: «Знай, Дмитрий, я была два раза замужем. Первый раз за пожилым человеком, Медведевым, a второй раз по страстной любви за Басаргиным. Тебе первому и единственному скажу откровенно, что счастлива я была в первый раз с Медведевым. Вспомни еще, что великий Гете сказал: «нет больше греха, как обмануть девушку». Ты помолвлен, объявлен женихом, в каком положении будет она, если ты теперь откажешься?»