И ни в какое сравнение с этим открывающимся, живым, реальным заманчивым бытием, не могла идти основа классической гимназии — мертвая и скучная латынь, сушившая молодые головы бесконечными правилами, исключениями, аккузативами, глагольными формами, диктовками, переводами и прописями, внушавшими благонамеренные истины: «Бог научает нас, что тот, кто творит правду, никогда не должен предаваться тщеславию… Deus monet operatorem juatitiae non oportere…» и т. д. Столкнувшись с латынью, Митя возненавидел ее на всю жизнь. «Помогали одолевать латынь прозревший отец, который попросту и переводил и переписывал уроки за любимца, да хитрости сестрицы Марии Ивановны. Она как раз вышла замуж за преподавателя гимназии: однажды к экзаменам попыталась переменить билеты на столе своего мужа, а когда это не удалось, то стала умолять мужа сказать ей, о чем он будет спрашивать братцев: Митеньку и Пашеньку, и, добившись ответа, ночью кинулась к ним с оповещением, что кому надо «долбить».
Ненависть к латыни, которая по-видимому поддерживалась в нем и дома, так как мать, даже умирая, советовала избегать «латинского самообольщения», и нежелание преодолевать ее трудности сделали то, что из хорошего ученика Митя Менделеев стал средним и даже плохим, но, имея дурные отметки в латыни, он шел хорошо в математике и в физике. Подтягиваясь к экзаменам, он без задержек переходил из класса в класс.
Возможно, конечно, что внимание педелей несколько было смягчено для сына бывшего директора и родственника учителя латинского языка. Поведение и прилежание его не были на отличном счету.
А дома Мария Дмитриевна, по собственному признанию, «билась, как рыба об лед», поддерживая благосостояние семьи. Иван Павлович, старея и прихварывая, не мог быть ей настоящим помощником, сын Иван, окончив гимназию, уехал на службу в Омск, дочери почти все вышли замуж, младшая Лиза еще была девочкой, а средняя Апполинария была новым источником слез и горя.
Очень способная и увлекающаяся, она предалась религии, вошла в тайное религиозное общество, умерщвляла плоть, работала на бедных, раздавая им и все свое девичье имущество. Мария Дмитриевна, сама женщина очень религиозная, но без ханжества, считала такое увлечение дочери чрезмерным, с грустью видела, как на глазах у нее гибла девушка и не чувствовала в себе сил помешать ей в этом. Наконец, «умерщвление плоти» закончилось у Апполинарии чахоткой, что при тогдашних медицинских средствах было неизлечимо. В 1847 г. умер, как гласило определение врачей, от «старческой чахотки» Иван Павлович и вслед за ним, через три месяца Апполинария. Мария Дмитриевна осталась одна с двумя мальчиками и дочерью Лизой. Ей дали маленькую вдовью пенсию и, кроме того, она, хотя и живя в городе, не оставляла управления заводом. Вскоре и сын ее Павел, окончив гимназию, уехал служить в Омск, предпочтя службу университету.
В последних классах Митя, у которого с возрастом просыпалось сознательное и ответственное отношение к жизни и к своему будущему, стал учиться лучше и благополучно окончил гимназию. Марии Дмитриевне, всегда лелеявшей мысль о высшем образовании для Митеньки, в Тобольске уже нечего было делать, ничто ее здесь не держало. Дети были пристроены. Завод, без непосредственного наблюдения давал все меньше дохода и наконец, — виной было все то же отсутствие хозяйского глаза, — сгорел. Вслед за этим мать с пятнадцатилетним сыном и младшей дочерью покинули Тобольск.
Давно уже предметом мечтаний матери и сына была Москва. Московский университет, казался им, пределом стремлений. Кроме того в Москве были родные, и Менделеевы надеялись найти там если не второй дом, то по крайней мере радушный прием, совет и помощь. Радушный прием они действительно получили, но совет, на который так надеялась Мария Дмитриевна, оказался совсем неожиданным. Василий Дмитриевич, сам не получивший высшего образования, но преуспевший в жизни, считал, что и племянник может идти его дорогой, высмеял мечты Марии Дмитриевны и предложил устроить племянника на службу. Но та так крепко стояла на своем, что насмешки брата сочла обидой. Покончив со всеми надеждами на помощь брата, она сама принялась за хлопоты. Как ни упорны они были, все же в Москве ничего устроить не удалось, так как университеты были распределены по округам, и окончившие гимназию вне Московского учебного округа не могли быть принятыми в Московский университет. Тобольская же гимназия принадлежала к Казанскому округу.