Людина, яка орендувала підвальне складське приміщення, де було закладено бомбу, пред’явила паспорт на ім’я Мухіда Лайпанова, мешканця селища в Карачаєво-Черкеській республіці на Північному Кавказі. Однак виявилося, що справжній Лайпанов загинув в автокатастрофі у лютому 1999 року. Міліція стверджувала, що людиною, яка користувалася цим паспортом, був Ачемез Гочіяєв, етнічний карачаєвець, директор однієї московської будівельної фірми, чиї склади використовувалися як перевалочний пункт для вантажів гексогена під виглядом мішків із цукром.
Насправді малоймовірно, щоб Гочіяєв був до цього причетний. Він жив у Москві, неподалік від місця, де стався вибух, і мав численних родичів у місті. Терактом проти безневинних цивільних людей він піддав би ризику власних рідних.
Одразу після вибуху на вулиці Гур’янова адміністратор будинку Марк Блюменфельд дав опис людини, яка орендувала підвал. На підставі цього опису у ФСБ склали фоторобот підозрюваного. Деякий час він знаходився в обігу, але потім був швидко замінений зображенням Гочіяєва, який виглядав зовсім інакше. Коли Гочіяєв зрозумів, що його звинувачують у підриві будинку, він негайно зник.
Наприкінці березня 2002 року Юрію Фельштинському, співавтору (разом із Литвиненком) книжки «ФСБ підриває Росію», в якій ішлося про вибухи в житлових будинках, зателефонував невідомий і сказав, що він від Гочіяєва. Наприкінці квітня обидва автори передали цьому кур’єрові перелік запитань, адресованих людині, що називає себе Гочіяєвим. За кілька днів в іншій європейській країні посередник передав їм відеозапис і кілька світлин, що підтверджували особу Гочіяєва, а також написані його рукою свідчення. У них він стверджував, що його підставили й що він утік лише тому, що знав про намір ФСБ вбити його.
Трепашкіну свідчення Гочіяєва здалися переконливими, й він вирішив зосередитися на пошуках «оригінала» фоторобота. Тоді він тісно співпрацював з незалежною громадською комісією.
Увечері 17 квітня 2003 року я працював у своїй московській квартирі, коли мені повідомили телефоном, що Сергія Юшенкова застрелили біля власного під’їзду. Моя книжка «Темрява на світанку», в якій я покладав відповідальність за вибухи в житлових будинках на ФСБ, мала вийти в США в травні. І ось Сергія, який був тієї самої думки й намагався її довести, було вбито. Він був одним із найактивніших членів громадської комісії з розслідування цих вибухів і був сповнений ентузіазму, коли я бачив його у вестибюлі Держдуми всього за кілька місяців до того. Він розповів мені про плани широко показати французький документальний фільм та ознайомити людей з реальною історією, що стояла за цими вибухами. Я підійшов до вікна й подивився на навколишні будинки, вуличні ліхтарі та майже порожні вулиці. Вперше за 27 років, протягом яких я писав про Росію, я відчув, що боюся виходити з квартири.
Юрій Щекочихін — ще один член громадської комісії — помер за три місяці після того внаслідок таємничої хвороби, від якої в нього лупилася шкіра й відмовляли внутрішні органи. Російські офіційні органи не дали дозволу на розтин, але родичам Щекочихіна вдалося переслати зразки тканин до Лондона, де на цій підставі було попередньо діагностовано смерть від отруєння талієм. Талій, як вважалося, був використаний і для отруєння Романа Цепова, колишнього охоронця Путіна, у вересні 2004 року.
Щекочихін був моїм другом з 1980-х років. Незадовго до смерті він подарував мені примірник своєї останньої книжки «Раби ГБ. XX століття. Релігія зради» — про людей, яких за радянських часів примушували працювати інформаторами КДБ. На книжці він зробив напис: «У 2003-му ми все ще живі!».
Зі смертю Юшенкова та Щекочихіна Трепашкін залишився єдиним, хто продовжував активно розслідувати підриви житлових будинків. Як адвокат Тетяни Морозової він мав право переглядати архів ФСБ у цій справі і скористався цим привілеєм для пошуку першого словесного портрета головного підозрюваного. Але йому не вдалося знайти жодних слідів цього фоторобота, й це наводило на думку, що портрет було вилучено з архіву, а згадки про нього знищено. Тож Трепашкін став проглядати архіви газет, сподіваючись, що фотографія була десь опублікована, перш ніж ФСБ вилучила її з обігу. Після виснажливих пошуків він нарешті її знайшов. Його, безумовно, здивувало, що на ньому була зображена знайома йому людина — Володимир Романович, агент ФСБ, який у середині 90-х відповідав за зв’язки з чеченськими злочинними організаціями.