Восени 1997 року генпрокурору Швейцарії Карлі дель Понте було надано поліцейські звіти, з яких випливало, що понад 300 швейцарських фірм контролюються російськими організованими злочинними угрупованнями, а швейцарський бізнесмен албанського походження Бехджет Пацоллі, голова «Мабетекс» — будівельної компанії, що виконувала реставраційні роботи в Кремлі, — забезпечував Єльцина та його доньок коштами невідомого походження. Ці документи у вересні 1998 року було передано російському генпрокурору Юрію Скуратову. Проведений 22 січня 1999 року обшук офісу фірми «Мабетекс» у Лугано виявив, що на кредитні картки доньок Єльцина було переведено 600 мільйонів доларів. Імовірно також, що Пацоллі давав хабарі керівникові президентської адміністрації Павлу Бородіну за контракти на проведення робіт у Кремлі. Скуратов тим часом активізував розслідування діяльності Березовського. 2 та 4 лютого озброєні агенти ФСБ вдерлися з обшуками в офіси «Аерофлота» та приватної охоронної фірми «Атол», також пов’язаної з Березовським[95].
Розслідування по Дьяченко та Березовському було прямим викликом режимові. До того ж, воно відбувалося у той час, коли Єльцин уже страждав на тимчасові втрати свідомості та орієнтації і багато важливих рішень, як вважалося, ухвалювала Тетяна Дьяченко.
Оточення Єльцина не забарилося з реакцією на зусилля Скуратова, який — з благословення Примакова — всерйоз почав розслідувати діяльність наближених до президента. ФСБ, яку тоді очолював Володимир Путін, таємно зробила відео Скуратова в сауні під час розваг із двома повіями. Його було показано на державному телеканалі РТР, і Скуратову довелося подати у відставку. Ордер на арешт Березовського було скасовано.
Проте усунення Скуратова не усувало загрози родині Єльцина в майбутньому, у випадку втрати влади. Єльцин дедалі частіше виглядав спантеличеним і відчуженим. Він не брав участі ані в буденній політичній боротьбі, ані в керуванні економікою. Його помічники вирішили, що йому більше підходить роль гаранта Конституції. Але і це він ледь міг подужати, тому він обмежувався загальними зауваженнями.
Відчуваючи слабкість Єльцина, опозиція в Держдумі внесла до порядку денного голосування щодо імпічменту. За день до початку розгляду питання в парламенті, 12 травня, Єльцин звільнив Примакова і призначив міністра внутрішніх справ Сергія Степашина виконувачем обов’язків прем’єр-міністра. Готовність Єльцина звільнити Примакова — найпопулярнішого політика в країні — було сприйнято як сигнал депутатам, що в разі оголошення імпічменту він не вагатиметься із силовим придушенням парламенту. Проти Єльцина було висунуто п’ять обвинувачень: протизаконний розвал СРСР; протизаконний розпуск Верховної Ради; початок війни в Чечні; послаблення російських збройних сил; політика реформ, яка сприяла геноциду російського народу. З цих п’яти обвинувачень лише те, що стосувалося війни в Чечні, мало шанси здобути дві третини голосів, потрібних для оголошення імпічменту. Отож агенти Кремля кружляли Держдумою, підкуповуючи депутатів, аби ті не голосували по цьому пункту. Вони навіть пропонували заплатити тим депутатам, що проголосували за імпічмент за іншими пунктами, якщо вони не підтримають звинувачень щодо початку війни в Чечні. Зрештою голосування по Чечні дало необхідних 283 голоси «за», тобто для потрібних двох третин не вистачило 17 голосів. Інші пункти здобули ще менше підтримки. Після оголошення результатів Зюганов сказав репортерам: «Усе було куплено».
Після того як спроба імпічменту провалилася, Лужков почав організовувати опозицію до Єльцина напередодні виборів 2000 року. Він залучив до свого руху «Вітчизна — вся Росія» Примакова й заявив, що підтримає його, якщо той вирішить балотуватися в президенти. Союзники Єльцина спочатку сподівалися, що перемогти Примакова на виборах вдасться Степашину. Однак невдовзі з’ясувалося, що Степашин не в захопленні від перспективи протистояння Примакову та Лужкову. Розповідали, що він відхилив плани запровадження надзвичайного стану та скасування президентських виборів, побоюючись спричинити громадянську війну. В газеті «Moscow News» повідомлялося, що один із планів, обговорюваних у колі втаємничених, відомий під назвою «Буря в Москві», передбачав здійснення терактів у столиці. Однак 5 серпня озброєні чеченські ісламісти вдерлися в Дагестан, і 9 серпня Степашина відсторонили від посади, прем’єр-міністром був призначений Путін, а з 4 по 16 вересня Росію струсили вибухи в житлових будинках, які геть змінили хід політичних подій.