Допрос Крашенинникова проводил сам Дзержинский, Когда Феликс Эдмундович предъявил арестованному эти записки, тот показал, что в Москву от Колчака будет отправлено 25 миллионов рублей в распоряжение «Национального центра» — так называлась эта заговорщицкая организация. Возглавляет же этот «центр» ННЩ — Николай Николаевич Щепкин, известный кадет, депутат Государственной думы 3-го и 4-го созывов.
В ночь с 28 на 29 августа при личном участии председателя Особого отдела Дзержинского Щепкин был арестован. Квартиру его обыскали и нашли документы, которые, во-первых, изобличали связь Щепкина с Деникиным и, во-вторых, подтверждали существование заговора «Национальный центр», наличие у заговорщиков военно-технической организации, готовившей вооруженное выступление.
В поленнице дров во дворе щепкинского дома чекисты обнаружили жестяную коробку, а в ней целую пачку документов, не оставляющих сомнений в том, чем занимались бывший депутат и его сообщники.
В коробке были зашифрованные сводки шпионских сведений о Красной Армии, предназначенные для штаба Деникина. Среди них оказались: записка с изложением плана действий Красной Армии от Саратова; список номерных дивизий Красной Армии на 15 августа, сведения об артиллерии одной из армий, план действий и состав армейской группы, сообщение о местоположении и предполагаемых перемещениях некоторых штабов; подробное описание Тульского укрепленного района, точное расположение зенитных батарей в нем, сведения о фронтовых базовых складах. Кроме того, в жестянку было вложено письмо, датированное 27 августа: «Начальнику штаба любого отряда прифронтовой полосы. Прошу в срочном порядке протелеграфировать это донесение в штаб верховного разведывательного отделения [деникинской армии] полковнику Халтулари…»
Депеши, переписанные рукой Щепкина, указывали также, что в Москве 21–22 сентября 1919 года готовится вооруженное восстание.
Щепкин на допросах сознался, что именно он руководитель подпольной политической организации, но не назвал имен заговорщиков и категорически отрицал наличие военной организации. В своих показаниях от 12 сентября Щепкин писал: «Из найденных у меня депеш я намерен был исключить все, что касается вопроса о возможности устройства вооруженного восстания».
Но это показание как раз и утверждало, что вооруженный мятеж готовится. ВЧК располагала и другими данными, свидетельствующими о наличии военного заговора.
Во-первых, это была фотопленка с зашифрованными шпионскими сведениями, которая была обнаружена под ногтями курьера, задержанного при попытке перехода южного фронта.
Во-вторых, письмо учительницы 76-й московской школы, в котором она сообщала ВЧК, что у директора этой школы Алферова часто собираются какие-то подозрительные личности. Фамилия Алферова наряду с фамилией Щепкина фигурировала и в записке, пересланной Крашенинниковым из тюрьмы.
В-третьих, показания врача одной из военных школ. В конце августа этот врач попросил Дзержинского принять его и сообщил, что он состоит в белогвардейской организации, но, усомнившись в целях этой организации, пришел в ВЧК, чтобы помочь поймать заговорщиков. Врач не знал состава организации, но указал, что видную роль в ней играет начальник окружной артиллерийской школы, бывший гвардейский полковник Миллер. За Алферовым и Миллером было немедленно установлено наблюдение.
Наконец 28 августа на квартире Щепкина был арестован один из руководителей военной организации, белогвардеец Мартынов, который признался в существовании подпольной офицерской организации «Штаб добровольческой армии Московского района», действующей под руководством «Национального центра».
Все эти данные, полученные Особым отделом, показывали, что в Москве существует военно-заговорщицкая организация, тесно связанная с «Национальным центром», и что эта организация готовит мятеж, который должен начаться 21–22 сентября, при подходе Деникина к Москве.
Подготовку и проведение операции по снятию «Штаба добровольческой армии Московского района» Дзержинский поручил Менжинскому 15 сентября — в первый же день, как Вячеслав Рудольфович приступил к исполнению своих новых обязанностей. На следующий день, вспоминает бывший сотрудник Особого отдела старый чекист Ф. Т. Фомин, «В. Р. Менжинский явился в Особый отдел ВЧК со специальным поручением Феликса Эдмундовича и приступил к расследованию заявлений от военного доктора, учительницы одной из московских школ и других советских патриотов…»