Менжинский и коллегия ВЧК принимают меры к укреплению транспортных органов ВЧК.
Наступление Красной Армии на Украине и в Белоруссии продолжалось. Были освобождены Киев, Минск, Вильно. Победы Красной Армии способствовали революционному подъему в Польше. В конце июля в Белостоке, освобожденном Красной Армией, был создан Польский революционный комитет во главе с Юлианом Мархлевским. В состав Польского ревкома вошел и Дзержинский. Направляясь из Харькова на Западный фронт, Дзержинский на несколько дней задержался в Москве и подготовил предложения в ЦК об изменении порядка работы ВЧК. ЦК партии согласился с предложениями Дзержинского. Сообщая об этом в письме на имя заместителя председателя ВЧК Ксенофонтова, Дзержинский писал, что президиум ВЧК упраздняется, что ЦК утверждена коллегия ВЧК в составе 12 человек. В состав коллегии вошли Ф. Э. Дзержинский, И. К. Ксенофонтов, Я. X. Петерс, В. А. Аванесов, М. С. Кедров, М. Я. Лацис, В. Р. Менжинский и другие. Далее в письме Дзержинский изложил свои предложения по работе коллегии, подчеркнув, что проекты постановлений, которые должны проводиться через законодательные органы, коллегией должны рассматриваться «в присутствии т.т. Аванесова и Менжинского».
Особую заботу Дзержинский проявлял о том, чтобы все направление работы ВЧК соответствовало партийным директивам, чтобы не нарушалась тесная связь коллегии ВЧК с Центральным Комитетом. Еще в мае 1919 года Дзержинский на заседании Оргбюро ЦК внес предложение о том, чтобы представитель Особого отдела ВЧК еженедельно делал доклады в ЦК. Это предложение тогда было принято и аккуратно Дзержинским проводилось в жизнь. Заботясь о том, чтобы это решение выполнялось и впредь, Дзержинский в своем письме предлагал выделить Менжинского в качестве постоянного представителя ВЧК для связи с ЦК.
«Для связи с ЦК по политическим вопросам предлагаю Вам назначить т. Менжинского как постоянного представителя ВЧК, не лишая, конечно, права членов коллегии ВЧК непосредственно обращаться и сноситься с ЦК по частным вопросам, — конечно, с Вашего ведома. Тов. Менжинскому предлагаю тоже поручить делать в ЦК систематические доклады о важнейших делах, имеющих политическое, экономическое и партийное значение, — это делать необходимо».
Об огромном доверии Дзержинскою к Менжинскому свидетельствует и тот факт, что на телеграммах по особо важным вопросам с Западного фронта Дзержинский пишет: «Менжинскому для Ленина…»
20 июля 1920 года перед отъездом Дзержинского в Белосток в ЦК РКП (б) и правительстве было принято решение о назначении Менжинского председателем Особого отдела ВЧК. Это назначение было оформлено приказом Реввоенсовета республики и ВЧК № 1348. А в начале октября 1920 года Менжинский выехал на Украину для руководства борьбой с националистическим подпольем. В задачу его входили и маскировка готовящегося удара по врангелевским войскам и организация разведывательной работы в тылу Врангеля. Еще раньше сюда на Украину по его предложению был направлен на работу один из старейших и талантливейших чекистов, Ян Петерс.
Здесь, в Особом отделе Южного фронта, Менжинского застало известие о подписании перемирия с Польшей. Война с белополяками закончилась победой Советской страны.
В конце октября советские войска перешли в наступление на юге. Врангель был разбит. Красная Армия освободила от белогвардейцев Крым.
Интервенция и гражданская война в России окончились. Основные силы интервентов и белогвардейцев были разгромлены и изгнаны с советской земли.
За революционные заслуги в борьбе с внутренней и внешней контрреволюцией, за огромную работу по укреплению рядов Красной Армии Революционный военный совет республики после окончания гражданской войны своим приказом № 2835 наградил Особый отдел орденом Красного Знамени.
После окончания гражданской войны встала практическая задача организации охраны государственных границ Советской республики. Еще 28 мая 1918 года Совет Народных Комиссаров издал Декрет об учреждении пограничной охраны, подчиненной Народному комиссариату финансов. На пограничную охрану возлагалась защита «пограничных интересов Российской Социалистической Федеративной Советской Республики, а в пределах пограничной полосы — защита личности и имущества граждан…»