В соответствии с этими задачами на первом заседании ВЧК было создано три отдела: информационный, организационный и отдел борьбы с контрреволюцией и саботажем.
В январе 1918 года, когда левые эсеры согласились сотрудничать с Советской властью и войти в состав правительства, Совнарком рассмотрел вопрос о новом составе ВЧК. Дзержинский лично составил список из 12 большевиков-кандидатов в состав ВЧК. Совет Народных Комиссаров членами ВЧК из 12 кандидатов утвердил шесть человек: Ф. Э. Дзержинского, И. К. Ксенофонтова, Я. X. Петерса, В. В. Фомина, С. Е. Щукина и В. Р. Менжинского.
Фракция левых эсеров ВЦИК делегировала в ВЧК пять кандидатов. Совет Народных Комиссаров утвердил четырех: М. Ф. Емельянова, В. Д. Волкова, В. А. Александровича и П. Сидорова.
Уже в петроградский период определились четыре важнейших направления в работе ВЧК: борьба с саботажем, борьба с преступлениями по должности, борьба с контрреволюционными заговорами и подрывной деятельностью свергнутой буржуазии, борьба с бандитизмом.
Менжинскому, как человеку лучше других знающему, как разговаривать со старыми служащими, поручили возглавить созданный в январе подотдел борьбы с преступлениями по должности банковских чиновников. Заботясь об укомплектовании нового подотдела, Дзержинский 27 января 1918 года писал в штаб Красной гвардии Петрограда: «Этому подотделу необходимо иметь 5–10 товарищей-красногвардейцев, сознающих свою миссию революционеров, недоступных ни подкупу, ни развращающему влиянию золота».
Между ноябрем 1917 года и мартбм 1918 года ВЧК вскрыла и ликвидировала целый ряд контрреволюционных организаций: «Союз спасения родины и революции», «Союз учредительного собрания», «Военная лига», «Центральный совет стачечных комитетов учреждений и ведомств» Петрограда, в который наряду с кадетами входили эсеры, меньшевики, бундовцы и прочие. Тогда же ВЧК напала на след вернувшегося в Петроград Савинкова. Почуяв опасность, этот матерый волк бежал на Дон к Каледину.
Притаившиеся в Питере контрреволюционеры, поняв, что Советская власть установилась всерьез, пустили в ход белый террор.
Вечером 1 января на квартире Менжинского раздался телефонный звонок. Звонил один из помощников Свердлова. Новость была ошеломляющей.
— Сегодня стреляли во Владимира Ильича!
— Что?!
Невольно сжал трубку обеими руками. На том конце провода поспешили успокоить:
— Не волнуйтесь, Владимир Ильич жив и невредим. Но Яков Михайлович просил сообщить наркомам о случившемся.
В Смольном Менжинский узнал подробности.
…В этот день Ленин выступал на митинге в Михайловском манеже перед отрядом красногвардейцев. Вместе с Лениным возвращались в одной машине его сестра Мария Ильинична и швейцарский социалист Фриц Платтен, который в свое время организовал возвращение Владимира Ильича на Родину.
Они о чем-то весело переговаривались между собой, когда по автомобилю ударили пули террористов… Платтен мгновенно прикрыл рукой голову Владимира Ильича и резким движением оттолкнул его в сторону. В тот же миг рука окрасилась кровью — только ладонь Платтена отделяла в ту долю секунды голову Ильича от белогвардейской пули.
Опытный шофер Тарас Гороховик не растерялся — дал полный газ и круто свернул в первый же переулок…
Террористов схватили: их было трое. И все — бывшие царские офицеры.
Вызов был сделан. И чекисты не замедлили с переходом в наступление.
Прежде всего ВЧК нанесла несколько сильных ударов по центрам саботажников, контрреволюционным организациям и пунктам вербовки контрреволюционных офицеров и белогвардейские армии Краснова и Корнилова. Одной из первых успешных операций чекистов была ликвидация вербовочной организации, называвшейся «Борьба с большевиками и отправка войск Каледину».
В связи с угрозой германского наступления на Петроград ВЧК очистила столицу от германских военнопленных, неприятельских агентов, бандитов и хулиганов. В обращении к населению Петрограда и радиотелеграмме всем Советам рабочих, солдатских и крестьянских депутатов, опубликованных в «Известиях» 23 февраля 1918 года[15], ВЧК призвала Советы немедленно приступить к розыску и аресту всех уличенных в участии в контрреволюционных заговорах, а неприятельских агентов-шпионов расстреливать на месте преступления. В своих распоряжениях и действиях ВЧК исходила — из ленинского декрета «Социалистическое отечество в опасности».