Маневры директории разгадали не только советские делегаты, но и украинские рабочие и крестьяне. По призыву Временного рабоче-крестьянского правительства Украины развернулась вооруженная борьба трудящихся против директории, немецких и антантовских оккупантов. На помощь восставшим украинским трудящимся пришла Красная Армия. В январе 1919 года советские войска освободили Харьков. Под ударами советских войск и партизан германские оккупанты поспешно бежали с Украины и из Белоруссии.
Части Красной Армии, взаимодействуя с украинскими частями и партизанскими отрядами, изгнали с Украины германских оккупантов, разбили отряды украинской контрреволюции, погнали петлюровцев на запад и к Черному морю, освободили Киев. Остатки директории бежали в Галицию. В Киеве начало работу Советское правительство Украины, власть которого распространилась почти на все украинские земли. Приехавший в Киев Менжинский был введен в состав Украинского советского правительства заместителем народного комиссара социалистической и военной инспекции.
На Украине полыхала гражданская война. Объединенные силы белогвардейцев и петлюровцев создали угрозу Киеву и Одессе. 5 июля Политбюро ЦК КП(б)У обсудило вопрос о защите столицы республики и приняло решение поручить Совету рабоче-крестьянской обороны республики создать специальный орган по обороне Киева. Для усиления политической работы в Киеве и объединения всех агитационно-политических организаций был создан Политический комитет обороны из пяти человек во главе с Мануильским. Для организации непосредственной работы на местах и отпора врагу Совет обороны направил в различные районы республики своих представителей с особыми полномочиями. 9 июля 1919 года Менжинский командируется в качестве особоуполномоченного в прифронтовую полосу, в район Конотоп — Воронеж — Сумы, с задачей организовать борьбу с контрреволюцией и оборону от белогвардейцев этого стратегически важного района с узлами железных дорог. Менжинский наделялся чрезвычайными полномочиями с нравом «смещения, ареста, предания суду Ревтрибунала всех, не подчиняющихся его распоряжениям…».
В Черниговской губернии, куда был направлен Менжинский с чрезвычайными полномочиями, было неспокойно. Здесь плелись сети контрреволюционных заговоров, действовали бело-зеленые банды атаманов Ангела и Зеленого, которые намеревались захватить Бахмач, Конотоп, соединиться с киевскими заговорщиками и петлюровцами и отрезать Киев от Москвы, воспрепятствовать отходу частей советских войск из Киева на соединение с основными силами Красной Армии.
Усилия партийных, советских и чекистских органов Черниговской губернии Менжинский направляет на разгром контрреволюции, на вскрытие подпольных белогвардейских организаций и ликвидацию бандитских формирований. В результате этих усилий были раскрыты контрреволюционные заговоры в Черниговской губернии. Заговорщики имели связь с деникинской армией, откуда приезжали для переговоров представители Деникина. Руководителем заговора был белогвардеец Лайкс−Шантоль, убитый при попытке к бегству из-под ареста, а его помощниками — белые офицеры, помещики, кулаки и попы. В Чернигове, Городне и других пунктах были раскрыты и ликвидированы белогвардейские штабы. Многих заговорщиков арестовали. Следствие по делу вскрыло связь черниговских заговорщиков с киевскими.
Чтобы наладить координацию действий с киевскими чекистами, Менжинский в начале августа приезжает в Киев. Здесь он узнает о телеграмме Ленина от 9 августа 1919 года. В этой телеграмме Ленин писал: «Политбюро Цека просит сообщить всем ответственным работникам директиву ЦК: обороняться до последней возможности, отстаивая Одессу и Киев, их связь и связь их с нами до последней капли крови. Это вопрос о судьбе всей революции. Помните, что наша помощь недалека»[25].
19 августа «Известия ВЦИК» опубликовали сообщение о раскрытии контрреволюционных заговоров в Киеве и Черниговской губернии. Во главе одного заговора стоял бразильский консул Пирро. Во главе другого — петлюровские агенты. Они были в тесной связи с шайкой Зеленого и предполагали выступить одновременно в Киеве и прилегающих к нему районах. У заговорщиков был обнаружен приказ на имя атамана повстанческих войск на Черниговщине Ангела. Из этого приказа видно, что заговорщическая организация «совместно с представителями кулачества и других банд должна была захватить Бахмач, Круты, Гребенку и крепко их держать, захватив в то же время Чернигов, продвигаться вперед, чтобы соединиться с Киевом, в котором власть должна быть в руках организаторов [мятежа]…»