Желтую пуговицу с пальто задержанного срезали и перешили на пальто чекиста, поручив ему встречать всех желтопутовичников, направлявшихся через линию фронта. Вскоре на желтую пуговицу был пойман бывший полковник Куроченков, а через некоторое время на станции Дикая на линии Петроград — Вологда была задержана целая группа белогвардейцев во главе с неким Оленгреном.
Следствие показало, что вербовкой и переброской через линию фронта офицеров занималась эсеро-монархическая белогвардейская организация «Союз возрождения родины». Организация эта работала в контакте с английским посольством, перебравшимся в Вологду. В Петрограде вербовкой в белую армию руководил доктор Ковалевский. «Верными людьми», занимавшимися переправкой завербованных через линию фронта, оказались… сотрудники Вологодского отдела Военконтроля, бывшие царские офицеры. Двадцать шпионов и диверсантов, проникших в Вологодский военконтроль, были расстреляны.
Когда об этих и других фактах доложили Ленину, Владимир Ильич предложил подвергнуть всю систему Военконтроля строжайшей ревизии. Была создана специальная комиссия под руководством Дзержинского, которая пришла к выводу о необходимости распустить старый Военконтроль и создать вместо него особые отделы при ВЧК. ВЦИК 6 февраля 1919 года утвердил «Положение об особых отделах при Всероссийской Чрезвычайной Комиссии». В нем говорилось:
«1. Борьба с контрреволюцией и шпионажем в армии и флоте возлагается на Особый отдел Всероссийской Чрезвычайной Комиссии.
2. Особый отдел вместе с тем непосредственно под контролем Революционного Военного Совета Республики выполняет все его задания…»
Особые отделы ВЧК были созданы на всех фронтах и в армиях. В обязанность Особого отдела ВЧК также входила организация и руководство работой разведчиков за границей и в оккупированных иностранными державами и занятых белогвардейцами областях. Постановлением ЦК РКП (б) от 28 августа 1919 года председателем Особого отдела был утвержден Дзержинский. На работу в Особый отдел партия направила ряд старых коммунистов, в том числе и Менжинского. Свою работу в Особом отделе в качестве особоуполномоченного Вячеслав Рудольфович начал 15 сентября 1919 года.
Вновь на работу в ЧК Менжинский пришел в трудное для нашей страны время. Кольцо фронтов сжималось вокруг Советской республики. Международный империализм организовал против нее поход 14 государств. Снаряженные и вооруженные американским и англо-французским капиталом белогвардейские полчища Деникина наступали с юга. Они заняли Орел и угрожали Туле и Москве. Новое наступление на Петроград вела белая армия Юденича и Родзянко, На востоке вновь перешел в наступление Колчак, а на западе — белополяки. Активизировалась внутренняя контрреволюция. Агенты Антанты и белогвардейских генералов плели сети заговоров. Когда Менжинский пришел на работу в Особый отдел, ВЧК разматывала нити заговора так называемого «Национального центра».
Еще при ликвидации мятежа на Красной Горке в мае 1919 года чекисты напали на след шпионской организации на Петроградском боевом участке. Приблизительно в то же время на Лужском направлении полевым караулом был убит человек, пытавшийся перебежать к белым. Убитый оказался бывшим офицером Никитенко. У него было обнаружено письмо к белогвардейскому деятелю Родзянко, подписанное «Вик», в котором сообщались шпионские сведения. От «Вика» нити вели к заговорщицкой организации в Москве. Летом на границе с Финляндией пограничники задержали юденичского агента Борового-Федотова. Когда его задерживали, он выбросил, но пограничники подобрали зашифрованное письмо. В письме имелись сведения о существовании заговорщицкой организации в Москве. Другая нить, ведущая к московским заговорщикам, была получена от Вятской чека. В селе Вахрушево Вятской губернии милиция задержала некоего Карасенкова (на самом деле Крашенинникова) с миллионом рублей в мешке. Доставленный в столицу Карасенков на допросе в ВЧК показал, что деньги он вез в Москву. Крашенинников пытался передать из тюрьмы на волю две записки, попавшие в руки ВЧК. В первой из них 20 августа арестованный сообщил: «Я, спутник Василия Васильевича, арестован и нахожусь здесь». Во второй записке, отправленной из тюрьмы 28 августа, он просил заготовить для него документы, видимо, на случай побега, и сообщить, арестован ли некий ННЩ, которого Крашенинников знает.