Специальность карбоксипептидазы — отщепление аминокислотных остатков от того конца полипептидной цепочки белка, на котором находится карбоксильная группа
R обозначает какой-нибудь радикал, например СН3. Под влиянием карбоксипептидазы произошло отщепление концевой аминокислоты (в данном случае глицина); к концам разорванной связи присоединились ионы Н+ и ОН- молекул воды, как это вообще происходит при гидролизе пептидных связей NH-СО.
Молекулярная масса карбоксипептидазы 87000; молекула ее состоит из трех субъединиц и включает 307 аминокислотных остатков. Молекула имеет шаровидную форму, на ее поверхности недалеко от иона цинка обнаружены углубления и канал, по-видимому, содержащие молекулы воды и предназначенные для правильного размещения той части белковой цепочки, на которую действует фермент. Активный центр этого фермента построен довольно сложно и содержит большое число аминокислотных остатков, положение которых в настоящее время известно достаточно точно. Ион цинка связан с двумя остатками гистидина и глутаминовой кислоты (рис. 5).
Рис. 5. Строение активного центра фермента карбоксипептидазы (расстояния между атомами даны в нанометрах)
Цинк удается заместить на ионы других металлов: кобальт(II), марганец(II), никель(II), причем получаются активные карбоксипептидазы. Относительная легкость такой замены и образование активных соединений с другими ионами — характерный признак многих случаев активации; здесь специфичность металла менее выражена, чем, например, в гемовых комплексах.
Все эти ионы способствуют связыванию субстрата (т. е. полипептидных белковых цепей) с активными центрами, кроме того, ион металла оттягивает на себя электроны кислорода карбонильной группы С=O (в пептидной связке СО-NH), в результате чего двойная связь между С и О поляризуется и облегчается ее реакция с водой, приводящая к разрыву С-N связи:
Ион металла оттягивает на себя электроны кислорода карбонильной группы С=O
(волнистая линия — полимерная молекула белка).
Ионы цинка, как мы уже упоминали, входят в состав еще одного фермента, функции которого тесно связаны с дыханием, — карбонангидразы. Этот фермент был выделен из эритроцитов человека и животных и оказался белковым соединением с молекулярной массой около 30000. На одну молекулу фермента приходится один атом цинка. В зависимости от источника получения молекулярная масса несколько колеблется, поэтому считают, что существует несколько видов карбонангидразы (изоферменты).
Карбонангидраза катализирует процессы гидратации диоксида углерода, т. е. образование иона НСО3-, и процессы дегидратации, связанные с выделением диоксида углерода вследствие разложения аниона угольной кислоты. Первый процесс совершается в клетках, отдающих СО2 как продукт своей жизнедеятельности, а второй — в альвеолах легких, где выделение СО2 должно происходить в надлежащем темпе.
Обе реакции можно записать так:
Карбонангидраза катализирует процессы гидратации диоксида углерода и процессы дегидратации
Первая представляет гидратацию СO2, вторая — разложение иона НСО3-.
Роль иона цинка еще не выяснена окончательно. Вероятно, ион цинка катализирует разложение НСО3- в результате образования комплекса, претерпевающего быстрый распад:
Ион цинка катализирует разложение НСО3- в результате образования комплекса, претерпевающего быстрый распад
Прямая реакция соответствует разложению бикарбонатов и протекает в легочных альвеолах, а обратная соответствует связыванию СO2 в клетках.
Ион цинка находится глубоко в центральной части белковой молекулы и связан с белком, насколько можно судить, с помощью трех гистидиновых остатков.
Киназы. Мы убедились, что для работы биологических машин необходимы переносы электронов и кислорода; дело, однако, этим не ограничивается. Ферменты клетки не перемешаны в беспорядке — важнейшие из них фиксированы в определенных зонах различных органелл (митохондрий, рибосом и др.), и перестройка молекул пищевых веществ, как уже упоминалось, идет строго согласованно и в нужной последовательности.