Сущностная сторона когнитивной структуры науки раскрывается также в соотношении предметного и рефлексивного уровней научного познания. Предметный уровень направлен на изучение объективной реальности, раскрытие ее законов, свойств и отношений. В нем находит свое выражение специфическая в сравнении с другими видами познавательной деятельности реализация субъект-объектного отношения. В то же время познание объектов реальности в научной, как и в любой другой деятельности, предполагает не только взаимодействие субъекта с объектом, но и постановку целей, выработку соответствующих средств и форм исследования, установление определенной корреляции между поставленными целями и необходимыми для их реализации средствами, и соответственно корректировки, управления самим процессом познания. Иными словами, научная деятельность осуществляется как осознанный целенаправленный процесс, требующий совершенствования и оптимизации, повышения уровня своей эффективности, а значит, своего собственного осмысления.
Научная деятельность без тех или иных форм самосознания попросту невозможна. Причем в рамках самосознания науки (в этом наука похожа на любую социокультурную систему) складывается научная рефлексия как критика науки, совершенствующая научное исследование, и одновременно рефлексия в форме консерватизма научного сознания, его парадигмальности, и даже как совокупность научных мифов. Однако научная рефлексия в узком методологическом смысле слова представляет собой в отличие от научных мифов и научного консерватизма высокоспециализированную форму научной деятельности, научного самосознания, которая образует необходимое условие развития науки. Именно в научной рефлексии достигается осмысление предпосылок исследования, выявление неявного знания и превращения его в явное. Это предполагает анализ знания и деятельности, его уточнение, отказ от ошибочных предпосылок, положений, так что рефлексивные акты осуществляются в единстве явного и неявного, рефлектируемого и нерефлектируемого, что приводит к порождению нового знания, к выходу за пределы наличной системы научного познания.
Рефлексия связана с пониманием, которое трактуется как особая форма, специфическая познавательная процедура в науке, наряду с описанием, объяснением и пр. Хотя рефлексия предполагает в качестве своего итога понимание, осмысление объекта рефлексивного отношения, в нашем случае - научного познания, рефлексия не тождественна пониманию. И в то же время рефлексия невозможна без понимания. Рефлексия, как самосознание, самопознание позволяет сохранить целостность научной деятельности, предохраняет ее от распада на отдельные изолированные системы, особенно в переломные эпохи, связанные с революциями в мышлении, переходами от парадигмы к парадигме, от одной картины мира, концептуальной системы к другой.
Связь рефлексии и понимания видится в том, что сама рефлексия в историческом плане, в историческом развитии проходит ряд стадий, например, описательный этап, объяснительный, классификационный и этап понимания. Да и само возникновение науки как особого вида познания становится возможным на той стадии, когда сформировалась специализированная деятельность по критическому осмыслению результатов, процесса, средств исследования и управления, т.е. когда сложилась достаточно развитая рефлексивная система. Поскольку понимание, в свою очередь, предполагает диалог субъектов научной деятельности, постольку рефлексия включает также понимание, осмысление процессов коммуникации как внутринаучной, так и коммуникации между наукой и культурой.
Среди необходимых структурных элементов, условий эффективного осуществления процессов коммуникативного взаимодействия субъектов деятельности выделяются знаковый контекст, ценностные структуры социокультурного бытия, психологические характеристики процесса общения и, разумеется, состояние понимания, которое возникает или не возникает в ходе коммуникации. Но такое понимание и соответственно коммуникация невозможны без рефлексии, осмысления как своей собственной научной деятельности, так и сущностных черт научного познания вообще, а также конкретной ситуации общения. Тем самым рефлексия осуществляется в контексте взаимодействия личностных, индивидуальных смыслов и социальных значений, в ситуации «погруженности» в культуру, происходит как взаимодействие форм индивидуальной и надындивидуальной рефлексии.