Взаимодействие наук раскрывается через общий механизм их дифференциации и интеграции. Дифференциация есть процесс разделения единого потока познания на отдельные науки, превращение первых ростков научного знания в самостоятельные, оформившиеся научные дисциплины; в дифференциации находит свое проявление усиливающаяся специализация научной деятельности, дробление исследования на все более узкие области, темы, проблемы, что создает препятствия нормальному развитию научного познания, приводит к затруднениям в сфере научной коммуникации, когда специалисты даже одной и той же науки не понимают друг друга и т.д. Интеграция - процесс объединения разных, зачастую далеко отстоящих друг от друга наук и превращения их в особые синтетические науки, такие, например, как социальная психология, биохимия, астрофизика и т.д.; интеграция в какой-то мере преодолевает негативные последствия дифференциации, выражает потребность науки в единой научной картине мира. Дифференциация и интеграция являются существенными характеристиками научного познания, необходимым образом взаимосвязаны, взаимообусловливают друг друга: дифференциация создает предпосылки для интеграции, а интеграция всегда сопровождается дифференциацией.
Интеграция науки осуществляется по многим каналам. Можно отметить в этом процессе существенную функцию философии, которая, выступая всеобщей методологией, создает необходимое поле теоретических концепций, идей, используемых специальными науками. Важная роль выполняется математикой, которая не только сообщает точность, строгость исследованию, служит языком, а также эффективным эвристическим средством для остальных наук, но и позволяет применять в разных науках измерение, количественный подход, укрепляя тем самым межнаучные связи. Содержательной характеристикой процесса интеграции является образование так называемых общенаучных понятий и интегративных наук, например, система, функция, вероятность, кибернетика, теория систем и т.д. Принципиальным для понимания процесса интеграции является вопрос о взаимодействии социогуманитарных и естественных наук, поскольку качественное своеобразие естественнонаучного и социогуманитарного знания рельефно проявляется во всех компонентах такого отношения. Так, различия естественнонаучного и социогуманитарного знания обнаруживаются в специфике теорий, методов, языка, объектов, эмпирического и теоретического исследования и пр.
Как известно, это дало повод неокантианцам поставить проблему специфики номотетических (естественных) и идиографических (социогуманитарных) наук. Интеграция естественнонаучного и социогуманитарного знания использует принципиально те «механизмы» и «каналы» взаимопроникновения, которые характерны и для любых других наук. Здесь и перенос теорий и методов, и образование интегративных наук и совокупности общенаучных понятий, и использование языка математики. Особая роль в этом процессе отводится техническим наукам. Именно в технических науках осуществляется синтез знания естественных, природных закономерностей и знания социальных целей, потребностей человека. Теоретический фундамент этого процесса образует философское знание. Разумеется, необходимо учитывать своеобразие процесса интеграции социогуманитарного и естественнонаучного знания, Невозможен, например, механический перенос аппарата классической математики, который успешно используется естествознанием начиная с XVII века, в область обществознания. Специфика объектов социогуманитарных наук потребовала создания нового математического аппарата, приспособленного к задачам социального познания. Скажем, специфика социальной статистики обусловлена особой природой массовых явлений в обществе, которые не подчиняются закону нормального распределения случайных величин, поскольку величины, входящие в социальную совокупность, имеют не только случайный, но и систематический характер.
Особенности внешней феноменологической стороны когнитивной структуры науки выражаются также в определенных отношениях между науками, в определенной их координации и субординации. В частности, большое значение имеют занимаемое ими место, степень фундаментальности и соответственно методологическая роль той или иной дисциплины в общей системе научного познания. В этом плане методологическая роль философии или математики в общей системе науки, безусловно, выше, нежели аналогичные возможности, скажем, химии или технических дисциплин. При этом надо различать понятия «фундаментальные и прикладные исследования» и «фундаментальные и прикладные науки». Такие признаки фундаментальности, как обнаружение новых явлений действительности и формулировка соответствующих законов (причем закон или какое-либо теоретическое положение более фундаментальны, если не выводимы из других законов или положений), отсутствие прямой связи с практикой - все эти признаки распространяются как на определенные науки, так и на отдельные направления в научных исследованиях и даже на индивидуальные исследования тех или иных ученых. Существуют разные степени, своего рода градация фундаментальности для различных наук и исследований, так что в рамках любого даже сравнительно узкого направления в науке или индивидуального исследования есть своя фундаментальная составляющая.