Выделенные уровни соответствуют уровням организации субъекта научного познания; субъектом надындивидуального уровня познания не может выступать отдельный ученый, поскольку это сфера движения знания, проблем, методов, образующая в своей совокупности целостный, системно организованный процесс. Историческое движение науки как целостного, преемственного процесса, безусловно, определяет деятельность отдельных ученых, создавая для нее предпосылки, необходимые условия в виде выработанных ранее методов, сформулированных фундаментальных идей, теорий и нерешенных проблем. При этом сложившийся уровень научного познания, принятые наукой парадигмы, теории и методы, сохраняя стабильность науки и тем самым определенную инерцию мысли, могут и препятствовать выдвижению новых идей. Так, Лоренц и Пуанкаре до Эйнштейна обобщили, перенесли принцип относительности на электромагнитные процессы, а также получили основные соотношения между массой, размерами и скоростью движения тела, сохраненные потом Эйнштейном и в теории относительности. Полученные ими результаты основывались на принятых в то время наукой представлениях о неподвижном эфире, заполняющем все пространство и служащем привилегированной системой отсчета. Представления об эфире, в свою очередь, хорошо согласовывались с обоснованным еще Ньютоном пониманием пространства как единой для всего мира трехмерной протяженности и времени как абсолютной равномерно протекающей универсальной длительности. Поэтому для них не существовало никакой необходимости, не было аргументов для пересмотра старых представлений о пространстве и времени, осуществленного позже в теории относительности; состояние тогдашней научной мысли определило их позицию в этом вопросе.
В то же время история науки показывает, в частности, и на приведенном выше примере, что нерешенные проблемы в конце концов решаются и что это происходит как результат совместных усилий всего сообщества ученых, которое и является субъектом надындивидуального уровня познания. Данный уровень познания, выражающий общее, стабильное, определяющее развитие науки на целую историческую перспективу, изучают философия и методология научного познания, достаточно в этой связи назвать концепцию третьего мира Поппера или теорию парадигмы Куна.
Особенности индивидуального уровня научной деятельности изучаются главным образом в рамках психологии научного творчества. Психология научного творчества выделяет следующие основные этапы: первый этап (сознательная работа) - подготовка, т.е. попытка на основе известного знания и апробированных средств, методов, а также собственного познавательного опыта решить проблему, задачу; второй этап (бессознательная работа) - созревание, т.е. инкубация будущей идеи решения, которая вызревает, кристаллизуется в сфере бессознательного, поскольку попытки решить проблему традиционными апробированными средствами заходят в тупик, а сам ученый прекращает эти попытки и может вообще переключиться на решение другой задачи; третий этап (переход бессознательного в сознание) - вдохновение, догадка, т.е. в результате инсайта, или так называемого интуитивного озарения, из форм бессознательного в сознание поступает готовая идея изобретения, открытия; четвертый этап (сознательная работа) - логическое оформление, разработка и проверка выдвинутой идеи. При этом наряду с такими традиционными для психологии категориями, как понятия мотивационно-эмоциональной сферы, умственных действий, догадки и т.д., применяются другие понятия, позволяющие в анализе познавательной деятельности выйти к социальным условиям, социокультурным предпосылкам познания, например, когнитивное соответствие, социальная категоризация и пр.
В методологии приведенная выше схема познавательного цикла на индивидуальном уровне научной деятельности определенным образом модифицируется с учетом взаимодействия субъекта индивидуальной деятельности с научным сообществом, с другими субъектами научного познания. С точки зрения методологии науки можно выделить, по крайней мере, следующие основные этапы: этап осмысления или формулировки проблемы или задачи, предполагающий ознакомление с работами предшественников или современников, посвященными избранной научной теме; этап решения проблемы или задачи, при этом имеется в виду возможность получения не только положительных, но и отрицательных результатов; этап разработки, доказательства и «внедрения» полученных результатов, требующий соответствующего признания со стороны научного сообщества. Данная схема учитывает, что реализация субъект-объектного отношения возможна лишь при условии реализации субъект-субъектного отношения. Именно субъект-субъектное взаимодействие, осуществляющееся и как общение, диалог, т.е. непосредственный обмен знаниями, идеями, способами, методами исследования, установками, совместное обсуждение гипотез, критическое столкновение мыслей и т.д., и как процесс приобщения ученого к достижениям в соответствующей области научного знания, обеспечивает включение в индивидуальный познавательный процесс надындивидуального уровня научной деятельности.