Возьмем для примера такой метод научного исследования, как анкетирование. Он включает большое количество методологических предписаний, направленных на повышение надежности получаемой информации, ее точности, обоснованности выводов, увеличение эффективности исследования. Определенная ее часть содержит правила работы с теорией объекта, например, предписания относительно редукции теоретических положений к эмпирически наблюдаемым индикаторам, выделения и конструирования индикаторов и т.д. Другая часть нормирует процедуры формулировки вопросов анкеты, где также имеет место градация правил в зависимости от характера вопросов (открытые, закрытые, программные и т.д.). Есть также специальные правила, регулирующие социально-психологическую специфику общения социолога с респондентами, сюда же включаются правила, определяющие практическое проведение самих исследовательских процедур, их порядок, последовательность, организацию и т.д. При этом вся эта достаточно большая совокупность предписании и правил не субординирована, между ее составляющими отсутствуют какие-либо логические связи. Если и возникает некоторая их организованность, системность, то она определяется практикой осуществления, реализации метода анкетирования, зависит от задач, этапов, потребностей самого процесса исследования.
Важным фактором, систематизирующим, упорядочивающим методологические нормы, правила эмпирического характера, является методологическое знание более высокого уровня обобщения. Речь идет о знании, формирующемся на внешнем уровне научной рефлексии, прежде всего в рамках философии, методологии науки. Именно на этом уровне вырабатываются представления об определенном образце, идеале научного исследования. Эти представления невозможно извлечь только из эмпирического наблюдения существующих в науке методов. Представления об идеале научного исследования по своей сути теоретичны, вырабатываются на основе определенных философских предпосылок, концепций, явно или неявно присутствующих в понятии научного метода. Например, метод научного исследования И. Ньютона опирался на философские идеи, характерные для науки XVII столетия. Ньютон, прежде всего, разделял общее для всех ученых того времени убеждение в необходимости разграничивать предмет веры и предмет науки. С точки зрения Ньютона научное изучение природы служит косвенным доказательством существования бога, поскольку выделение и изучение наукой механических свойств природных процессов, механических причин движения материи не объясняет удивительной соразмерности движения небесных тел, целесообразного строения живых организмов, не объясняет физической сущности всемирного тяготения. Поэтому, по мнению Ньютона, «есть бестелесное существо, живое, разумное, всемогущее, которое в бесконечном пространстве, как бы в своем чувствилище, видит все эти вещи вблизи, прозревая их насквозь, и понимает их вполне благодаря их непосредственной близости к нему».
Однако божественным бытием должна заниматься теология. Сам Ньютон был видным теологом и, по свидетельству его биографов, свои теологические занятия ставил выше научных. Наука же призвана изучать то, что позволяют ее методы, а именно природные явления. Наука должна довольствоваться малым, т.е. изучать то, что поддается экспериментальному анализу и строгому математическому описанию количественных отношений действительности.
Ньютон стоит на позициях математической экспериментальной натуральной философии, метод которой складывается из следующих познавательных шагов. Сначала с помощью экспериментов анализируются зафиксированные в чувственном опыте, непосредственном наблюдении явления. Затем на основании этого анализа из явлений выводятся общие принципы. Наконец, из полученных принципов математически строго выводятся все остальные явления. В итоге получается математически обоснованная, доказанная система знания, в которой из нескольких общих принципов, законов дедуктивно выводятся, объясняются частные явления действительности.
Тем самым в научном исследовании реализуется гипотетико-дедуктивный метод, классически развитую форму, которого создал впервые как раз И. Ньютон. В предисловии к первому изданию «Математических начал натуральной философии» он писал, что вся трудность физики состоит в том, чтобы по явлениям движения распознавать силы природы, а затем по этим силам объяснить все остальные явления. Для этой цели предназначены общие предложения, изложенные в книгах первой и второй. В третьей же книге давался пример вышеупомянутого приложения для объяснения системы мира, ибо здесь из небесных явлений при помощи предложений, доказанных в предыдущих книгах, математически выводятся силы тяготения тел к Солнцу и отдельным планетам. Затем по этим силам также при помощи математических предложений выводятся движения планет, комет, Луны и моря. Ньютон высказывался еще в том духе, что было бы желательно вывести из начал механики и остальные явления природы, ибо многое заставляет предполагать, чго все эти явления обусловливаются некоторыми силами, с которыми частицы тел вследствие причин покуда неизвестных или стремятся друг к другу и сцепляются в правильные фигуры, или же взаимно отталкиваются и удаляются друг от друга.