Руководствуясь своим методом, Ньютон вычислил массу Солнца, установил величину расширения Земли по экватору из-за центробежной силы, обусловливаемой ее вращением вокруг собственной оси. Он показал, что морские приливы связаны с гравитационным притяжением Земли Солнцем и Луной; объяснил наблюдаемые нерегулярности в движениях Луны и планет действием сил тяготения Солнца, Земли, других планет; заложил основы теории возмущения планетных орбит и т.д.
Идеал, содержащийся в научном методе, как и любой другой идеал, должен быть определенным образом связан с действительностью (в нашем случае - с практикой научного познания); но, с другой стороны, идеал, чтобы выполнить свое предназначение, должен концентрировать в себе только лучшие стороны этой действительности, причем переработанные, усиленные. Иначе он не сможет формулировать, указывать перспективу, программу научного исследования. Добавим, что формирование понятия научного метода шло в конкретных условиях исторического развития науки. Например, в науке XVII века кроме ньютонианской использовались еще картезианская и атомистическая традиции. На такой почве сталкивалось множество идеалов и норм науки, бытующих на теоретическом уровне научной рефлексии. Шла идейная борьба с участием разных философских систем в формировании научных идеалов (весьма заметную роль в этом процессе играют, например, традиции рационализма и сенсуализма, эмпиризма). К тому же возникло сложное строение рефлексивного уровня науки, где в процессе формирования идеалов и норм познания принимают участие не только философия, гносеология, но и более специальные уровни обобщения, образующиеся в рамках обшей методологии науки, а также и в методологии отдельных наук.
Правомерно утверждать, что всякий эффективный метод опирается на теорию объекта. Например, социологическое исследование ценностных ориентаций людей в сфере культуры требует разработки анкеты с учетом общетеоретических представлений о сущности духовной культуры общества и личности, ее структуре и основных свойствах. Эти общетеоретические соображения переводятся в совокупность эмпирических индикаторов, в качестве которых выделяются предпочтительные типы поведения респондентов в их свободное время (частота посещения тех или иных учреждений культуры, участие или неучастие в художественной самодеятельности и др.) Иными словами, сам метод анкетирования возможен только потому, что в процессе его осуществления используются эмпирические содержательные индикаторы, выводимые из соответствующих теоретических положений, т.е. из предметного теоретического знания.
Еще более тесная связь содержательного и методологического знания прослеживается в случае использования теоретических методов познания. Гак, решая некоторые задачи гидростатики, Архимед исходил из теоретических предположений о природе жидкости, согласно которым она состоит из однородных частиц, тесно прилегающих друг к другу и испытывающих давление со стороны соседних частиц. Если бы жидкость была предоставлена самой себе, то она имела бы форму шара, центр которого совпадал бы с центром Земли. Сформулировав данные теоретические допущения, Архимед начинает свой мысленный эксперимент. Ученый проводит мысленные операции с этой самой жидкостью в форме шара: мысленно делит шар на фигуры в виде смежных пирамид с вершинами в центре Земли, проводит около центра еще одну шаровую поверхность, а затем последовательно рассматривает ситуации с телами, равнотяжелыми с жидкостью, с телами, более легкими, чем жидкость, и телами, более тяжелыми, чем жидкость. В итоге он получает теоретически доказанные следствия о выталкивающей силе, действующей на погруженное в жидкость тело, иными словами, получает результат, позднее названный по его имени законом Архимеда.
Очевидно, что сам мысленный эксперимент, его проведение было бы попросту невозможно без предварительного формирования начальных теоретических допущений. И сам эксперимент осуществляется как некоторая последовательность мысленных операций как раз с исходным теоретическим материалом; ведь все мысленные преобразования, проведенные по ходу эксперимента Архимедом, касаются того шара воды, который был им сконструирован теоретически.