В трудные дни первой блокадной зимы в январе 1942 г. принимается решение об организации управления военно-восстановительных работ № 2, в которое вместе с военными железнодорожниками вошел коллектив строительства № 5 НКПС. И сразу же метростроевцы получают новое боевое задание – построить железную дорогу Жихарево – Кобона – Коса протяженностью 34 км с выходом к восточному берегу Ладожского озера.
Истощенным до предела людям приходилось работать в невероятно трудных условиях. Коллектив строителей справился с поставленной задачей на неделю раньше установленного срока. Теперь продовольствие, топливо и боеприпасы везли по железной дороге, а затем грузили на машины, которые отправлялись в осажденный город по льду Ладожского озера.
Блокада серьезно осложнила топливное положение города. Основные силы метростроителей направляются на строительство угольных шахт Комаровского бассейна в Боровичском районе. За год в тяжелых условиях, при почти полном отсутствии механизации, метростроители сдали в эксплуатацию 12 шахт с годовой производительностью 360 тыс. т топлива.
В январе 1943 г., сразу же после прорыва блокады, метростроевцы совместно с военными железнодорожниками начинают строительство железной дороги на отвоеванной узкой полоске земли вдоль южного берега Ладоги с двумя мостами – через Неву и Назию. Работа велась в бураны и морозы, на заболоченной сплошь заминированной земле, под огнем и бомбежками противника.
Железную дорогу между станциями «Поляны» (Жихарево) и «Шлиссельбург» протяженностью 36 км героические строители построили всего за полмесяца. 7 февраля первый поезд с Большой земли прибыл на Финляндский вокзал. За героический труд многие метростроевцы были награждены орденами и медалями. Генерал-директору пути и строительства второго ранга И. Г. Зубкову за его деятельность на фронте присваивается звание Героя Социалистического Труда, редкая награда в годы войны.
С 1944 г. метростроевцы переключились на восстановление заводов, зданий, коммуникаций. Они строят дороги и станционные сооружения на Гдовском, Новгородском, Волховском, Псковском направлениях, вводят в строй железнодорожные коммуникации вслед за наступающим 3-м Украинским фронтом, сооружают Карпатские тоннели, ведут работы в районе Севастополя, порта Каунас.
Иван Георгиевич Зубков не дожил до конца войны, он погиб в 1944 г., обстоятельства его гибели до конца так и не выяснены. В ночь с 27 на 28 июня на ленинградскую квартиру Зубкову позвонил Л. М. Каганович и потребовал ускорить работы по восстановлению моста через Свирь. Иван Георгиевич Зубков ответил, что он завтра отправит туда двух своих заместителей. Каганович возразил: «Нет, нужно, чтобы вылетели именно вы!». Это выглядело странно. В конце июня 1944 г. в Ленинграде уже полным ходом шли работы по восстановлению поврежденных коммуникаций, и Зубков был крайне нужен именно в Ленинграде. Советские войска закончили форсирование реки Свирь к 23 июня 1944 г., и железнодорожный мост, для осмотра которого якобы был вызван Иван Зубков, тактического значения не имел.
Утром 28 июня на секретном аэродроме вблизи Лодейного Поля ждали самолет, на котором после осмотра с воздуха подлежащего восстановлению моста через реку Свирь должен был прилететь начальник Управления военно-восстановительных работ Ленинградского фронта Иван Георгиевич Зубков. Самолет задерживался, но это не вызывало особого беспокойства, поскольку линия фронта давно уже отодвинулась за Петрозаводск. Около десяти часов утра бортовой радист сумел передать не совсем понятное сообщение: «Нас обстреляли». Версия обстрела немецким истребителем маловероятна, так как к этому времени авиация противника оказалась блокирована на всем протяжении от Выборга до западного берега Онежского озера.
Около двенадцати самолет появился над секретным аэродромом совсем не с той стороны, с которой его ждали. За левым мотором отчетливо виднелась сизая полоса дыма. Не долетев нескольких сотен метров до посадочной полосы, самолет стал разваливаться на части и рухнул на землю, из членов экипажа и пассажиров не выжил никто.
Гроб с телом генерал-директора путей и строительства второго ранга И. Г. Зубкова, установленный на пушечном лафете, провожали к Александро-Невской лавре тысячи ленинградцев.
В 1985 г. на киностудии «Ленфильм» к 30-летию пуска Ленинградского метрополитена поставлен фильм «Встретимся в метро». Прототипом главного героя Андрея Ивановича Зарубина стал Иван Георгиевич Зубков. Лев Лурье в своей серии «Культурный слой» снял документальный фильм «Дорога Жизни Ивана Зубкова» о подвиге Ленинградских метростроевцев.