„Доктор Паскал“ е не само „поема в проза“ за една красива любов, но и роман трактат, в който се изследва родословието на Ругон-Макарови — големия пласански род. Попълването на многобройните разклонения в Дървото е главното занимание в живота на героя. Проследяването на изненадващите проявления на наследствеността у представителите на петте поколения Ругон-Макарови се превръща в негова съдба, която той изживява особено драматично, тъй като нито една от съвременните теории не може да задоволи неговата благородна научна амбиция да опознае докрай тайните на човешката природа: „Просна Дървото на масата и продължи да го гледа с ужасен въпросителен израз, който постепенно стана съкрушен, и по страните на Паскал потекоха сълзи. Господи, защо Дървото не желаеше да му отговори, да му каже на кого от дедите си прилича, за да впише своя случай на определеното за него листо при другите? Ако трябваше да полудее, защо Дървото не му кажеше ясно?“ Отчуждението от рода, което му осигурява обективността на безпристрастен изследовател, започва да терзае до сълзи доктор Паскал от момента, в който той осъзнава, че биологичните закони не могат да предложат изчерпателно обяснение на трагедията на човешкото съществуване.
Паскал преминава през същия мъчителен етап, който заема средищно място в идейно-художествената еволюция на неговия създател, на реалиста Зола. Подобно на писателя натуралист той си дава сметка, че пълната обективност при изследването на загадките в човешката участ е невъзможна. Битието на човека не се обуславя само от наследствените му, нормални или патологични, предразположения, но и от редица други фактори, които теоретикът Зола се опитва да вмести в понятието „среда“. Но за Зола, както и за Паскал, към средата спадат предимно ежедневните условия на живот и труд, делничните трудности и неудачи, битовите неуредици и несправедливостите в трудовото законодателство. В научноизследователския апарат на доктор Паскал не влизат понятия от сферата на социалните науки, с които се обхващат при по-висока степен на обобщение противоречията и борбите в обществено-политическия живот, класовите конфликти, предполагащи сериозни идеологически разногласия между социалните групи и съсловия.
За разлика от принципната, съзнателно избрана отчужденост на доктор Паскал от обществено-политическия живот в родния му град, асоциалната позиция „над схватката“ се оказва само теоретически предпоставена, но практически незащитима в художествената практика на писателя реалист Зола. Както ученият-биолог си дава сметка в края на живота си, че Дървото създава твърде схематична представа за успехите и пораженията на Ругон-Макарови, така и романистът натуралист ни подсказва о последната творба, завършваща семейната хроника на рода, несъстоятелността на литературнохудожествените внушения, теоретически защищавани от самия него, при които не се отчитат сложността и динамиката в развитието на социалнокласовите отношения.
В романа „Доктор Паскал“ героят изоставя привичната си сдържаност, когато обяснява пред своята любима Клотилд „чудовищния цъфтеж на човешкото дърво“, на чието изследване е посветил целия си живот. Дъщерята на Сакар е потресена от „най-грозното разкритие“, от „неподозираната страшна истина за близките й, скъпите й хора, онези, които би трябвало да обича: баща й, издигнал се чрез престъпни парични сделки, брат й, кръвосмесител, безсъвестната и баба, цяла опръскана с кръвта на праведници, почти всички останали, белязани с пороци — пияници, развратници, убийци…“. По подобен начин сме потресени и ние, читателите на поредицата „Ругон-Макарови“, когато в романи като „Плячката“, „Вертеп“ и „Жерминал“ изследователят Зола изоставя безпристрастната документална обективност, за да ни разтърси със сурово реалистичното описание на пороците, разяждащи иначе „благоприличната“ фасада на капиталистическото общество. Ученият от романа „Доктор Паскал“ дава затрогващо откровени уроци по житейска мъдрост на любимата си Клотилд. Подобно на него в романите от поредицата „Ругон-Макарови“ Зола предлага на своите верни читатели посредством запомнящи се покъртителни сцени и незабравими образи символи безброй поводи за размишления върху мъчителното преодоляване на една социалнокласова етика, непросветлена от активна гражданска позиция и щедро отдавано човеколюбие.