На Украине, где осели к тому времени сотни тысяч поляков, параллельно с работой в рядах ППС-левица Ф. Кон развернул деятельность в органах власти — в системе Наркомнаца, уполномоченным Польского комиссариата по Харьковской области. В его обязанности входило скорейшее решение хозяйственно-организационных и национально-культурных проблем своих соотечественников. Он старался обеспечить опеку над ними, облегчить тяготы жизни беженцев, пленных и солдат, всеми силами помочь в их заботах и хлопотах. Харьковский губернский польский комиссариат вырос в республиканский — Украинский комиссариат по польским делам.
Деятельность Ф. Кона среди поляков на Украине приобретала все более широкие масштабы, особенно в области агитации и пропаганды. Ее содержанием было прежде всего воспитание пролетарского интернационализма, укрепление базы дальнейшей борьбы за воплощение в жизнь целей революционного союза советского и польского народов. Она открывала для польского народа новые исторические перспективы.
Знания Ф. Кона, его талант агитатора снискали ему широкую известность. Уже тогда его воспринимали как полпреда поляков-интернационалистов, как живое олицетворение интернационалистских традиций дружбы и сотрудничества братских народов. Его избрали членом коллегии Наркоминдела УССР. Он стал членом большевистской фракции ВУЦИК (к тому времени он уже был коммунистом, вошел в КП(б)У с зачетом стажа в ППС-левице). Как крупного политического деятеля коммунисты Украины провели его в состав своего Центрального Комитета. Он был избран членом, а затем секретарем Контрольной комиссии, заведовал агитационно-пропагандистским отделом ЦК КП(б}У. За этим последовало избрание в члены Политбюро, Оргбюро. В 1921 году Ф. Кон — первый секретарь ЦК КП(б)У.
Особой страницей в биографии патриота-интернационалиста стала деятельность в составе Польревкома — Временного революционного комитета Польши.
Когда в апреле 1920 года Пилсудский пошел на Киев, а Красная Армия дала ему отпор и вступила в силу военной необходимости на польскую территорию, польские правящие круги говорили о якобы продолжающейся угнетательской политике русских, о том, что только польская армия воюет за независимость Польши. Между тем советское командование предоставило решать судьбы занятой польской территории и ее населения самим полякам. Работавшие в то время в Советской России крупные деятели, известные руководители польского рабочего движения Ю. Мархлевский, Ф. Дзержинский, Ф. Кон и другие 30 июля 1920 года создали Польревком. В тот момент, как писал Кон, «можно было надеяться, что и пролетариат Польши добьется своего освобождения». У Польревкома была большая программа, отвечавшая жизненным интересам польского народа, — создать революционные комитеты на местах, призвать к жизни органы власти польского пролетариата — Советы рабочих депутатов, провести ряд коренных социально-экономических преобразований: национализировать промышленность, конфисковать помещичью собственность, одновременно гарантируя крестьянам неприкосновенность их наделов, и т. д. Он заверял трудящихся, что судьбу страны будет решать избранное народом революционное правительство.
Польревком, а также около 140 местных ревкомов в течение 23 дней реализовали эту программу, при этом, как свидетельствовал Ю. Мархлевский, «всегда подчеркивалась политическая и национальная самостоятельность Польши».
Ф. Кон вел партийно-политическую работу, налаживал издательское дело, писал листовки, воззвания, газетные статьи. Он отвечал за отдел народного образования Польревкома. Готовился к началу учебного года — нужны были учителя, школьные помещения. Он создавал единую трудовую школу, доступную для всех, читал для учителей лекции «Школа раньше и теперь». Организовал курсы для неграмотных.
Польревкому удалось сплотить вокруг себя городской рабочий класс. Однако это были преимущественно крестьянские районы, в которых влияние коммунистов было невелико. Значительная часть населения осталась пассивной. С отходом Красной Армии прекратил свою деятельность и Польревком. Ф. Кон долго испытывал горечь неудачи. Только Ф. Дзержинский смог влить в него оптимизм своей уверенностью, что настанет день, когда революция победит и на их родине.
К проблемам Польши Ф. Кон возвращался в своем творчестве постоянно. Он много раз издавал, дополняя и шлифуя, свои яркие, написанные живо и образно воспоминания. Трехтомник «За пятьдесят лет» по сей день не потерял своей свежести и увлечет любого читателя. Одновременно он плодотворно работал как ученый-историк. В центре его научных поисков были начальный период польского рабочего движения (партия «Пролетариат») и история революционного движения в России, особенно период революции 1905–1907 годов. В общероссийском революционном процессе он всегда находил место для показа совместных боев польского и русского пролетариата.
Много книг было написано им о современной Польше — от систематических исследований до популярных брошюр. С болью писал он о трудных проблемах межвоенного периода капиталистической Польши, о закабалении ее иностранным капиталом, об ущербной политике правящих классов и тяжелом положении трудящихся. Он постояппо возвращался к проблеме налаживания советско-польскик отношений, подчеркивал миролюбивый характер внешней политики Советского государства, указывал, что «интересы Польши и СССР властно требуют установления мирных добрососедских отношений». Он радовался, когда в 1932 году был заключен договор с Польшей о ненападении.
Особое значение Ф. Кон придавал развитию дружеских отношений между советским и польским народами, не щадил сил для пропаганды традиций российско-польского революционного союза. Он справедливо полагал, что огромной мобилизующей силой для польских трудящихся является сознание того, что рабочий класс России уже добился освобождения и дело теперь за польским пролетариатом. Он стал одним из самых последовательных пропагандистов революционно-интернационалистских традиций.
За Ф. Коном закрепилась к тому времени слава убежденного и последовательного интернационалиста. В международном коммунистическом движении авторитет старейшины революционного движения был непререкаем. Деятельное участие в работе конгрессов Коминтерна, обширные контакты и живой интерес к делам коммунистов разных стран логически привели к его избранию в 1922 году на IV конгрессе секретарем Исполкома. Через год он стал членом Интернациональной контрольной комиссии, а с 1927 по 1935 год был заместителем председателя этой комиссии.
Ветеран польского рабочего движения особым уважением пользовался в Коммунистической партии Польши, хотя в те годы несколько отошел от ее проблем. Польские коммунисты приглашали его на свои съезды как гостя. Особенно важен для партии был II съезд, проходивший в 1923 году под Москвой, в Болшеве. На нем анализировались итоги послеоктябрьского пятилетия. Настроение было приподнятым. Ленин был избран почетным председателем съезда. Партия уверенно шла по ленинскому пути. Секретаря Исполкома Коминтерна Ф. Кона делегаты приветствовали пением Интернационала, пригласили в президиум. Он вел заседание, на котором руководители братских партий, а в их числе М. Кашен и Б. Шмераль, обсуждали перспективы революционного движения, делились опытом борьбы.