Отражением истории организма в его индивидуальном развитии Мичурин объяснял, например, явление избирательности оплодотворения. Из того, что яблоня «антоновка обыкновенная» охотнее реагировала на пыльцу цветов дикой яблони, он делал вывод, что она не так давно произошла от семян какой-либо разновидности дикой лесной яблони.
Развивая дальше основные положения дарвинизма, мичуринское учение внесло много нового и в понимание сущности основного биогенетического закона, его роли и значения в процессе развития живой природы. Так, например, в отличие от своих предшественников Мичурин и его единомышленники установили, что повторение признаков предковых форм является законом индивидуального развития не только зародыша, но и зрелого, сложившегося организма, и притом не только у животных, но и у растений.
Мичуринское учение доказало также, что действие основного биогенетического закона проявляется и в развитии всех без исключения органов, а также признаков, свойств, склонностей, приобретаемых организмами в течение их индивидуальной жизни под влиянием изменения условий существования.
До Мичурина соотношение между индивидуальным развитием организмов (онтогенезом) и их историческим, родовым развитием (филогенезом) понималось односторонне, лишь в том смысле, что филогенез влияет на онтогенез. Эту точку зрения в настоящее время особенно настойчиво отстаивает вейсманизм-морганизм. Мичуринское учение считает, что основной биогенетический закон выражает соотношение между онтогенезом и филогенезом как обоюдостороннюю взаимную связь их между собой, как их взаимную обусловленность. С точки зрения мичуринского учения развитие каждого органа организма, каждой особи данного биологического вида благодаря наследованию приобретаемых признаков вносит элементы нового качества в природу, структуру этого вида, изменяет наследственное основание, то-есть влияет на будущий филогенез. Это одно из величайших открытий современного естествознания.
Мичурин объяснял явление разнокачественности клеток и тканей растений, а также те различия в требованиях к условиям существования, которые появляются у растений в различные периоды их жизни отражением филогенеза в онтогенезе. Это положение развил Т. Д. Лысенко в своей теории стадийного развития, сформулировав сущность мичуринского понимания основного биогенетического закона.
Согласно этой теории растение в процессе своего развития, начиная от посеянного в землю семени и кончая урожаем семян нового поколения, проходит ряд качественно различных, но внутренне связанных между собой стадий. Представляя собой качественно новое состояние растения, каждая стадия обусловлена предшествующей стадией и, в свою очередь, подготовляет условия для последующей. При этом развитие растения возможно только при наличии особых, строго определенных для каждой стадии условий жизни. Например, развитие озимой пшеницы на первой стадии — стадии яровизации — возможно только при наличии в комплексе условий существования определенных температурных условий, (пониженной температуры). Растение на данной стадии не предъявляет особых требований к другим условиям жизни, в частности к условиям освещения. На следующей же, световой стадии развитие того же самого растения возможно только при наличии в комплексе условий существования определенных условий освещения (длинного светового дня) и более высокой температуры.
Стадии — это необходимые этапы в развитии растения, в развитии его органов, признаков, свойств. Некоторые органы, признаки, свойства являются следствием прохождения только одной какой-либо стадии развития, другие же развиваются в течение всех стадий (в настоящее время пока еще известны только две стадии — яровизации и световая).
На основе теории стадийного развития разработан и получил широкое применение в сельскохозяйственной практике прием предпосевной яровизации сельскохозяйственных растений. Этот прием позволяет ускорять развитие растения и достигать таким путем значительного повышения урожая. Этот прием дает также возможность продвигать южные культуры растений в северные районы.
Предпосевная яровизация того или иного растения заключается во взаимодействии растительного организма, точнее — пробудившихся зародышей посевного материала, с соответствующими для данного растения условиями внешней среды. Посредством способа предпосевной яровизации посевного материала можно многие холодолюбивые растения выращивать в условиях жаркой весны, некоторые теплолюбивые растения выращивать в районах, где для них не хватает высоких температур, растения «короткого дня» — в условиях длинного дня и так далее, то-есть изменять поведение растений о соответствии с практическими потребностями.