Другую распространенную гипотезу выдвинул исследователь-католик Раймон Джузино. Она заключалась в том, что «возлюбленным учеником» являлась сама Мария Магдалина, однако этот факт пытались скрыть, намеренно изменив женский род местоимений на мужской. Версия Джузино основывается на том, что в I–II веках для церковных лидеров было неприемлемым превосходство женщины-апостола.
Далее мы обсудим, почему Лазарь, Марфа и Мария не упоминаются в тексте после распятия, хотя их роль значительна в Евангелиях от Луки и от Иоанна, и почему даже косвенно о них не говорится в недавно найденном Скрытом евангелии от Марка. Из-за угрозы гонений со стороны Саула (Павла) друзья и родные Марии Магдалины, очевидно, были вынуждены хранить в тайне ее местонахождение; этим также может объясняться, почему впервые о ней говорится лишь после смерти Павла, примерно в 67 году. К этому времени уже можно было упоминать ее имя, никого не опасаясь, в особенности потому, что считалось, что она была либо мертва, либо находилась в изгнании. Лишь последнее из четырех евангелий открыто говорит о Марии из Вифании, как о женщине, помазавшей Иисуса, и отождествляет ее с Марией Магдалиной, сыгравшей ту же роль, помазав Его в пасхальное утро.
Весь день Мария Магдалина скорбела у подножия креста на Голгофе вместе с другими верными последователями Иисуса, с его матерью и возлюбленным учеником (возможно, братом Магдалины, юношей Лазарем), но не было там ни Петра, ни Иакова, ни Андрея, ни других учеников Иисуса. Евангелия еще не были написаны, когда произошла казнь Петра и Павла в Риме, возможно, ставшая следствием гонений на христиан римского императора Нерона в середине 60-х годов. Только после смерти Павла появляются первые записи о жизни Иисуса. Возникает вопрос, написаны ли тексты евангелий в какой-то мере для подтверждения того, что женщины обладали особым статусом в раннем христианском обществе, а Мария Магдалина — среди последователей Иисуса. Однако об этом ничего не говорится ни в Посланиях Павла, ни в Деяниях святых Апостолов.
Комментаторы Нового Завета с удивлением отмечают: Павел никогда не описывает учение Иисуса, его деяния и странствия, и он почти ничего не говорит о его земной жизни. Вместо этого в Посланиях Павла обсуждаются геологические вопросы о значении распятия и Воскресения Иисуса, а также о его возвращении в качестве царя — апокалипсическая точка зрения, по всей видимости, отличающаяся от более ранних представлений об Иисусе, как о Вездесущем Боге, находящемся внутри и вокруг нас. Очевидно, представления о будущем царстве различаются. У нас есть свидетельства о противоречиях между Павлом и лидерами христианской общины Петром и Иаковом, братом Иисуса. Поскольку Павел до своего обращения по дороге в Дамаск был ревностным гонителем христиан, то вполне понятно, почему Петр и семья Иисуса ему не доверяли. Именно поэтому, стремясь защитить Марию Магдалину от самозваного апостола, они могли скрыть от него информацию о ней и о ее местонахождении.
По какой-то причине Павел ни разу не упоминает Марию Магдалину или Марию из Вифании и ее брата в своих Посланиях, хотя он говорит о таких последовательницах Иисуса, как диакониса Фива, Прискилла, Юния; в Послании к римлянам он приветствует Мариам, Трифену, Трифосу и других женщин (Рим. 16:6,12).
Тот факт, что эти женщины вообще упоминаются в тексте, говорит об их важной роли. В церквях, построенных в эпоху раннего христианства, археологи находят множество фресок и мозаик с изображениями женщин в ритуальной одежде, говорящей об их особом статусе главы общины, не признаваемом ортодоксальной церковью. Возможно, женщины были уважаемыми наставницами, а также играли важную роль в литургической жизни ранней христианской общины. И лишь позднее их затмили мужчины. Тертуллиан (220 г.) возмущался тем, что у гностиков женщины могли стать епископами. Другие церковные лидеры также старались преуменьшить главенствующую роль женщин. В Первом послании к Тимофею, которое, как оказалось, не было написано Павлом, автор утверждает: «учить жене не позволяю, ни властвовать над мужем, но быть в безмолвии» (1 Тим. 2:12). Все это противоречит ранней христианской практике, когда активное участие женщин в жизни общины поощрялось.