Для ученых, изучающих гностические тексты библиотеки Наг-Хаммади, наиболее удивительным являлось то, что Мария, названная Магдалиной, пользовалась особым почетом среди приверженцев нескольких запрещенных сект, являвшихся авторами не вошедших в канон евангелий и трактатов. Указания на почитание Марии Магдалины в ранних христианских общинах впервые обнаружены в конце XIX века с опубликованием таких гностических текстов, как Евангелие от Марии и «Pistis Sophia». Униженная и оклеветанная в западноевропейской традиции, назвавшей ее блудницей, эта выдающаяся женщина в гностических текстах предстает как самая любимая ученица Иисуса, самая близкая и дорогая его последовательница и даже как его советница и супруга. И хотя Мария Магдалина упоминается лишь в немногих гностических текстах, ни один из них не называет ее развратницей или блудницей. Напротив, о ней говорится как о любимой ученице Господа, а в одном из евангелий — как о его интимном партнере. В некоторых запрещенных текстах ученики и апостолы ревнуют Иисуса к Марии Магдалине; они не могут понять, почему он открывает тайные учения ей, а не им.
Такое отношение апостолов к Марии Магдалине отражает мировоззрение людей, живших во II–III веках: мужчина — основа всего, а женщина создана лишь прислуживать ему. В известном отрывке из гностического евангелия от Фомы Иисус говорит, что сделает Марию антропосом. К сожалению, греческое слово «anthropos» в этом тексте было неправильно понято как «мужчина», хотя более точным переводом является «совершенный человек» в значении «завершенный» или «окончательно сформированный» человек. Иисус не обещает превратить Марию в мужчину, он хочет сделать из нее совершенное в духовном плане существо, чей пол не имеет значения. В то время когда мужчины и женщины молились в разных помещениях, а мужчины каждое утро благодарили Бога за то, что он «не создал их женщинами», сама идея о духовном равенстве мужчины и женщины была радикальным отклонением от традиционного иудаизма, будучи в то же время отличительной чертой раннего христианства.
Мы не можем с уверенностью утверждать, будто в гностических текстах нашла отражение традиция об интимной близости между Иисусом и Марией, а также о ее преимуществе перед другими апостолами, но, основываясь на канонических евангелиях, описывавших Иисуса и Марию как возлюбленных, мы можем говорить — такая традиция существовала. Мы лишь должны рассмотреть повторяющиеся свидетельства о Марии Магдалине как о более преданной ученице Иисуса, чем Петр и другие апостолы. Она остается с Иисусом вплоть до его смерти на кресте. Она участвует в его погребении и вновь приходит в сад в пасхальное утро вместе с матерью и тетей (сестрой) Иисуса, дабы, как его близкая родственница, исполнить обряд помазания (Мк. 46:1). Возможно, в гностических текстах, возвеличивающих Марию Магдалину, просто отразилось представление о ее страстной преданности Иисусу, благодаря которой она удостоилась чести стать первой свидетельницей Воскресения. И лишь на этом основании провозглашение Марии лучшей и любимейшей ученицей Иисуса будет оправдано.
В гностическом евангелии от Фомы есть свидетельство об особых отношениях между Иисусом и Магдалиной, к которым ревновали ученики Христа: «Спутница Спасителя — Мария Магдалина». Греческое/коптское слово «koinonos» можно перевести как «супруга», «жена» или «партнерша».
В нескольких местах запрещенного текста Петр возмущен тем, что Иисус посвятил Марию в особое тайное учение. В евангелии от Марии Леви, защищая Марию, упрекает Петра: «Но если Спаситель счел ее достойной, кто же ты, чтобы отвергнуть ее?» Он утверждает: Иисус «знал ее очень хорошо, и потому любил ее больше нас». Изучая данные тексты, мы находим двух главных соперников, Петра и Марию, представляющих два разных подхода к учению христианства. В то время как Петр постигает основные положения о жизни, смерти и Воскресении Иисуса, представляя их как исторические события, которые он должен сохранить, Мария общается с Христом, и он напрямую передает ей откровение: «Потому что в тишине с ней говорил Учитель».
Текст III века евангелия от Филиппа называет Марию «koinonos» — интимным партнером или супругой — Спасителя, и в нем говорится, что апостолы осуждали Марию и ревновали к ней, так как Иисус часто целовал ее. Хотя текст поврежден и мы не можем с точностью определить, в какое место целовал ее Иисус — в щеку, лоб, губы или плечо, — подразумевается, что он целовал ее в губы, ведь апостолов оскорбляла их близость. Они спрашивают Иисуса, почему он любит Марию больше, чем их, и получают ответ, что они духовно слепы, а Мария видит свет. Из этого евангелия и из трактата «Pistis Sophia» очевидно следует, что Мария достигла более высокого духовного уровня, чем остальные ученики, окружавшие Спасителя. Удивительно, но лишь один гностический текст называет Марию Магдалиной — евангелие от Филиппа, в остальных текстах упоминается либо просто имя Мария (Мирьям), либо «благословенная»; женщина же, названная «другой Марией», отождествляется с матерью Иисуса.