Сразу после августовской сессии ВАСХНИЛ 1948 года были составлены списки, по которым множество морганистов были уволены из вузов и академических институтов. Сторонники морганизма и даже другие биологи, которые ею не занимались, вызывались на собрания партийных организаций вузов, НИИ и сельхозстанций и им предлагалось отказаться от своих убеждений в области генетики (очень похоже на преследование ведьм в средневековой Европе, своеобразный ритуал). Те, кто отказывался отречься, увольнялись со своих позиций, те же кто отрекался, должны были сменить тематику научной работы. Решение об административном запрете преподавать принимали обкомы, крайкомы и республиканские ЦК КПСС.
Морганисты и сочувствующие им были уволены не только из университетов, но и других вузов страны. Ряд ученых были отправлены в ссылки. Из вузов по приказу министра высшего образования было уволено 127 преподавателей, в том числе 66 профессоров. В частности, из Московского Университета были уволены академик И. И. Шмальгаузен, физиолог растений Д. И. Сабинин (покончил с собой), генетики Н. И. Шапиро, С. И. Алиханян, Р. Б. Хесин, из Ленинградского университета — проф. М. Е. Лобашев, П. Г. Светлов, Ю. И. Полянский, физиолог Э. Ш. Айрапетьянц, из Горьковского университета — С. С. Четвериков, из Киевского — С. М. Гершензон.
В числе уволенных только из Ленинградского университета оказались генетик М. Е. Лобашев (в то время декан биологического факультета), бывший заведующий кафедрой генетики (1938-1940) проф. Ю. И. Полянский (в то время и.о. ректора университета) и эмбриолог проф. П. Г. Светлов, заведующий кафедрой генетики (1944-1948). То же самое было по всей стране, например, в Ивановском мединституте было запрещено преподавать биологию проф Н. В. Хелевину.
Число подвергшихся административным гонениям колеблется от в пределах 300 человек. Морганисты, которые были уволены с работы, были вынуждены заняться иными исследованиями, — и принудили их к этому не чекисты непосредственно, а свое же научное начальство. Хотя репрессий со смертельным исходом почти не было. Правда, некоторые, такие как проф. Д. А. Сабинин из МГУ, совершили самоубийство[12].
Интересно, но мало кто из морганистов был переубежден и принял искренне мичуринскую биологию. Они либо открыто сопротивлялись, как Раппопорт, либо втихую саботировали решения сессии, а потом отомстили[13]. Были случаи и самобичевания. В газете "Правда" Жебрак публикует письмо-оправдание: "До тех пор, пока нашей партией признавались оба направления в советской генетике я настойчиво отстаивал свои взгляды, которые по частным вопросам расходились со взглядами академика Лысенко. Но теперь, после того, как мне стало ясно, что основные положения мичуринского направления в советской генетике одобрены ЦК ВКП(б), то я, как член партии, не считаю для себя возможным оставаться на тех позициях, которые признаны ошибочными Центральным Комитетом нашей партии"[14].
После сессии ВАСХНИЛ, в 1948 г. в знак протеста против гонений из Академии наук СССР вышло очень много иностранных членов, например, президент Британской академии наук физиолог Дейл, Меллер и некоторые другие.
В марте 1949 г. решением ЦК КПСС был учрежден Ученый секретариат Президиума Академии, на который были возложены функции идеологического контроля над академическими институтами Председателем секретариата был активный сторонник Т. Д. Лысенко профессор И. Е. Глущенко. С учетом того, что в сталинской Академии решение всех организационных вопросов было возложено на Президиум, Ученый секретариат являлся сильным властным органом. Как правило, его заседания предшествовали заседаниями Президиума, на которых должны были приниматься те или иные решения. Так осуществлялся партийный контроль над беспартийным президиумом. По свидетельству директора Института леса В. Н. Сукачева, Глущенко неоднократно использовал свое административное превосходство для подавления критики, направленной против Лысенко[15].
Вот что пишут акад Струнников и проф. Шамин: "В истории советской биологии самые черные страницы связаны с деятельностью Т. Д. Лысенко и его сторонников, добившихся в 30-60 гг. монопольного положения в биологической науке нашей страны. Насильственное распространение идей Лысенко и его практических рекомендаций нанесло науке и сельскохозяйственной практике нашей страны ущерб, исчисляемый миллиардами рублей. Однако, по существу, этот ущерб значительно больше, так как лженаучные идеи Лысенко были внедрены в преподавание биологии в средней и высшей школе, и несколько поколений советских людей были лишены возможности получить правильные представления об основных законах биологии. Фактически у них целенаправленно формировалось искаженное, антиматериалистическое мировоззрение, результатом чего стала научно-методологическая неподготовленность многих тысяч специалистов, которая с огромным трудом ликвидируется сей-час. Многие трудно исчислимые потери, которые до сих пор несут сельскохозяйственная практика, селекционное и племенное дело, экология, лесное хозяйство нашей страны, обусловлены этими вторичными эффектами деятельности Лысенко… Никто не мог предположить, что этот человек (Лысенко — С. М.) в течение следующих десяти с небольшим лет уничтожит блестяще развивавшуюся советскую генетику".