Деятельность оперативных групп играла большую роль в деле, представленном советским обвинителем Руденко в Нюрнберге на главном процессе, а также на трёх последующих процессах над руководителями СС. Обвинение против четырёх оперативных групп, созданных в мае 1941 года накануне превентивной войны Германии против СССР, было подготовлено — не без советской помощи — американским обвинителем Телфордом Тейлором (Telford Taylor). Он заявил, что эти четыре группы войск безопасности, предназначенные для борьбы с партизанами и комиссарами, убили не менее одного миллиона мирных еврейских жителей в западной России и на Украине только из-за того, что те были евреями. Не существовало никаких достоверных данных, могущих подтвердить это заявление, однако 5 ноября 1945 г. Отто Олендорфа (Otto Ohlendorf), главу южной оперативной группы Д, "уговорили" подписать заявление, согласно которому под его командованием было убито 90 тысяч евреев.
Процесс над Олендорфом состоялся только в 1948 году, гораздо позже главного Нюрнбергского процесса, и к тому времени он настаивал на том, что его раннее заявление было выбито из него с помощью пыток. В своей основной речи незадолго до трибунала 1948 года Олендорф уличил во лжи еврея Филипа Ауэрбаха, генерального прокурора Баварского государственного отдела по компенсациям, который заявил недавно, что будет добиваться компенсации для своих "11 миллионов евреев", прошедших через концлагеря. Олендорф насмешливо утверждал, что "только микроскопическая часть" людей, для которых Ауэрбах требует компенсацию, когда-либо видела концлагерь. В конце концов, Олендорф был казнён в 1951 году, но он успел увидеть, как Ауэрбах был осуждён за хищение имущества и мошенничество.
Олендорф объяснял трибуналу, что его формирования часто вынуждены были предпринимать энергичные усилия по предотвращению еврейских погромов, которые организовывали местные жители в России в немецком тылу. Он отрицал то, что все оперативные группы, когда-либо использовавшиеся на войне на восточном фронте, совершили даже четверть от всего того, что вменяло им обвинение. Он настаивал на том, что незаконная партизанская война в СССР забрала гораздо больше человеческих жизней из числа солдат и офицеров регулярной немецкой армии (русские хвастались, что партизаны убили 500 тысяч человек). Незадолго до своей казни в 1951 году Олендорф составил горькое обращение, в котором обвинил западных союзников в лицемерии — в том, что они требовали с Германии отчёта по общепринятым законам ведения войны, в то время как немцы воевали с беспощадным советским противником, который эти самые законы не соблюдал.
Впоследствии замечательный английский юрист Р. Т. Пейджет (R. T. Paget) составил тщательный отчёт — "Manstein, his Campaigns and his Trial" ("Манштейн, его походы и суд над ним", London, 1951) (Олендорф находился под начальством Манштейна). В нём Пейджет делает вывод, что обвинительная сторона, приняв советские цифры, завысила число погибших от рук оперативных групп более чем в 10 раз, а ситуации, в которых в основном совершались эти действия, были сильно искажены. Несмотря на это, стало общераспространённой легендой то, что физическое уничтожение евреев в Европе началось в 1941 году с деятельности оперативных групп против советского противника.
Поляков и Вульф цитируют также заявление бывшего сотрудника Эйхмана, доктора Вильгельма Хёттля, о том, что в декабре 1944 года Эйхман сказал, будто в период с 1941 г. по 1942 г. оперативные группы убили не менее двух миллионов евреев. Это заявление не было принято всерьёз даже американским трибуналом, судившим Олендорфа и вынесшим ему смертный приговор. Стоит отметить, что советская восточная Галиция должна была быть включена в "пострадавшую" территорию, однако незадолго до 1 июля 1943 г. около 434.329 евреев из восточной Галиции были перевезены немцами на запад ("Gutachten des Instituts fuer Zeitgeschichte", 1958, p. 231). Это даёт кое-какое понятие об "основательности" этой так называемой генеральной бойни советских евреев в 1941–1942 годы. Хёттль был завербован американской разведкой на заключительной стадии войны, и, думается, он говорил всё, о чём его просили следователи — без обычных пыток третьей степени и жёсткого давления. Цифры Хёттля превысили даже сумасбродные оценки, данные советским обвинителем Руденко.
В последнее время ни один серьёзный писатель не заявлял, что политика уничтожения европейских евреев имела место до войны с Россией, начавшейся 22 июня 1941 г. (Ранние книги — такие, как Gerald Abrahams, "Retribution", N.Y., 1941 и J. Ben-Jacob, "The fewish Struggle", N.Y., 1942 — выдвигали подобные претензии.) Леон Поляков в книге "Harvest of Hate: the Nazi Program for the Destruction of the Jews of Europe" ("Урожай ненависти. Нацистская программа по уничтожению евреев в Европе", N.Y., 1954, pp. 108ff.) признаёт, что не было найдено ни одного документа, который бы подтверждал, что до этого дня проводилась политика уничтожения. Он преподносит это следующим образом: "Трое из четырёх людей, игравших руководящую роль в составлении плана о полном уничтожении, мертвы, а документы не сохранились; возможно, таковых никогда и не существовало". Вывод из подобного заявления ясен. Неопределённая ссылка на "троих из четырёх людей" показывает, что якобы имевшийся план на самом деле является туманным предположением со стороны автора.