Для V-IV вв. до н. э. можно наблюдать сосуществование противоречащих друг другу версий – гомеровской, поддерживаемой в основном историками Троады (Деметрием из Скепсиса, Агафоклом из Кизика), и различных вариантов размещения Энея во Фракии, в Аркадии и доводящих его до Италии. И лишь с III в. до н. э. с ростом могущества Рима версия об Энее в Италии становится преобладающей, и ее разработка, весьма основательная уже у историка III в. до н. э. Тимея, становится все подробней и подробней. Именно у Тимея, видимо, впервые появляется пророчица, предсказывающая Энею, что он прибудет в страну, где ему предстоит основать тридцать городов, и что там Эней посетит спасенных из Трои богов, там будет хранить вынесенные из горящей Трои святыни. Воспринятая через Тимея первыми римскими поэтами и историками, эта версия обрастает красочными подробностями и вбирает в себя первоначально существовавшие легенды, входящие в цикл сказаний о скитальцах Антеноре, Диомеде и др. Эта версия становится настолько общепризнанной, что эпирский царь Пирр, по словам Павсания, обосновал справедливость вступления в войну с Римом тем, что он потомок врага троянцев гомеровского Энея.
Греческая легенда о Гесперии как цели странствий Энея была воспринята латинскими авторами и разработана ими с позиций современности. Автор поэмы о Первой Пунической войне современник Второй Пунической войны римский поэт Гней Невий, возможно, впервые вводит рассказ об Энее в землях Карфагена, развивая столь актуальную для его времени тему извечной вражды римлян и карфагенян, поводом которой объявляется разрыв между прародителем Энеем и основательницей Карфагена финикиянкой Дидоной. Младший современник Невия Квинт Энний в своем героическом эпосе начинает повествование о Риме с гибели старца Приама, разрушения Трои и бегства Энея.
Первый из римских историков Фабий Пиктор (III в. до н. э.), писавший на греческом языке, устраняет более чем трехвековую хронологическую лакуну между падением Трои и основанием Рима, вводя длинный ряд потомков Энея, царствовавших в построенной его сыном Асканием Альбе Лонге, месте рождения Ромула и Рема.
Официальное признание родства римлян с троянцами обусловило Энею почетное место в «Началах» – первом написанном по-латыни историческом труде Катона Старшего (II в. до н. э.). Насколько можно судить по позднему комментарию Сервия к «Энеиде», Катон вводит пророчество Анхиза, направляющего Энея в Италию. Разбив укрепленный лагерь на месте, названном Троей, герой закладывает город на холме, который избрала предназначенная для жертвоприношения свинья. Местный царь Латин не только соглашается передать чужеземцам земли, лежащие вокруг этого холма, но и предлагает Энею в жены свою дочь Лавинию, невесту царя рутулов Турна. Оскорбленный жених объявляет войну пришельцам, но, потерпев поражение, бежит к правителю этрусского города Церы (Агилла) Мезенцию и втягивает его в войну с троянцами. Убив Турна в новом сражении, Эней исчезает после окончания битвы, и войну завершает его сын Асканий (Юл), побеждающий Мезенция в единоборстве. В построенном отцом Лавинии он, однако, не остается и тридцать лет спустя основывает новый город, знаменитую Альбу Лонгу.
В I в. до н. э. энциклопедически образованный ученый Теренций Варрон вносит в развитие легенды об Энее новые черты, наделяя, к тому же, героя благочестием, которого столь не хватало в эпоху ожесточенных гражданских войн. Добавляется и та деталь, что во время четырехлетних странствий (срока вдвое большего, чем называли предшественники Варрона) путь герою указывает звезда его матери Венера.