Успешное руководство Ледовым походом подняло авторитет А. М. Щастного среди моряков. Но уже 27 мая он был арестован по личному распоряжению народного комиссара по военным и морским делам Л. Д. Троцкого и на основании материалов, подготовленных Военным контролем: «за преступления по должности и контрреволюционные действия» 20–21 июня был судим Революционным трибуналом при ВЦИК. Свою вину Щастный не признал. В выступлении на суде Троцкий заявил: «Щастный настойчиво и неуклонно углублял пропасть между флотом и советской властью. Сея панику, он неизменно выдвигал свою кандидатуру на роль спасителя. Авангард заговора – офицерство минной дивизии – открыто выдвинуло лозунг «диктатура флота». 22 июня А. М. Щастный был расстрелян.
Арест популярного на Балтийском флоте А. М. Щастного и его последующий расстрел произвели ошеломляющее впечатление на все категории моряков. Реакция отдельных матросских формирований не заставила себя ждать. Так, уже 10 апреля 1918 года произошел совершенно неожиданный для большевиков мятеж в войсковых частях Курска, организованный матросами-анархистами. Матросы создали собственный «военный штаб», располагавшийся в гостинице Ханбека и возглавляемый Карцевым, Маевым и Сухоносовым, установили контроль в привокзальных районах города, обстреливая из артиллерийских орудий отдельные объекты, в том числе и здание губернского Совета. После этого матросы заняли две гостиницы, освободили из городской тюрьмы заключенных. В ходе выступления анархистов имели место погромы, грабежи и аресты. Силами бойцов 1-го Курского революционного полка и красногвардейцев-железнодорожников из отряда Р. С. Кукулдавы удалось частично локализовать мятеж, который был ликвидирован лишь 29 апреля, после прибытия из Москвы отряда, под командованием члена Высшего военного совета, председателя Высшей военной инспекции РККА Н. И. Подвойского. Вместе с матросами-анархистами была арестована и часть командного состава полевого штаба войск Курской губернии, обвиненная в сочувствии анархистам. Главный комиссар Балтийского флота И. П. Флеровский в связи с этим событием телеграфировал в Москву: «Наибольший вред и разложение в массы вносят уходящие из флота матросы». Но это была только проба сил! Главные события были еще впереди.
Наиболее радикально настроенные матросы требовали ответа большевистского руководства за совершенное преступление – убийство уважаемого ими начальника – спасителя Балтийского флота. Однако для делегатов проходившего в то время в Кронштадте 3-го съезда Балтийского флота, видевших главную заботу в борьбе с анархией и укреплением дисциплины, союз с Совнаркомом был на тот момент важнее последствий позорного Брестского мира и других большевистских перегибов, включая и убийство А. М. Щастного.
К нескрываемой радости Совнаркома, съезд принял вполне центристские решения. Более того, делегаты признали и нового главного комиссара Балтийского флота И. П. Флеровского. Размежевание еще недавно единой в своих политических убеждениях матросской массы продолжалось.
1 июня 1918 года пленарное заседание представителей кораблей и частей флота, специально собравшееся для обсуждения вопроса об аресте А. М. Щастного, большинством голосов отвергло предложение членов старого Совкомбалта, Кронштадтского Военно-морского комитета и П. Е. Дыбенко о разборе дела А. М. Щастного самим Балтийским флотом и приняло промосковскую резолюцию. Фактически они «сдали» Щастного центральным властям. Более того, заседание выказало озабоченность «работой всех негодяев и провокаторов» среди «товарищей моряков части Минной дивизии», о чем также приняло соответствующие резолюции.
25 мая общее собрание рабочих Обуховского завода и моряков Минной дивизии постановило о совместном выступлении против властей. Затем пленарное заседание делегатов Минной дивизии на эсминце «Капитан Изыльметьев» отклонило требование съезда моряков об аресте двух офицеров-антибольшевиков и приняло резолюцию «О текущем моменте». Она приветствовала идею народной советской власти и осуждала большевистское руководство за то, что оно «резко проявляет полную нетерпимость к другим политическим партийным организациям, реагируя на их деятельность чисто полицейскими приемами, далеко оставляющими за собою приемы самодержавия». Резолюция требовала переизбрания местных Советов и Совета народных комиссаров. 27 мая заседание делегатов 22 эсминцев и 2 канонерских лодок потребовало смещения большевика И. П. Флеровского, назначенного вместо левого эсера Е. С. Блохина главным комиссаром Балтфлота.