Бакинский комитет возглавил движение внутри партии, направленное на разрыв с «гостями партии» из интеллигенции, перенесение центра партии из заграницы в Россию, решительный поворот от абстрактных дискуссий к подлинным нуждам российского пролетариата и опыту рабочего движения России. Сталин выразил эти требования, фактически предложив осуществить перемены, равные по радикализму тем, на которых настаивал Ленин при создании «Искры» и оформлении большевиков в отдельную фракцию, а затем и в «партию нового типа». Хотя эти требования были направлены на то, чтобы вывести партию из глубокого кризиса, разрастание конфликта между ЦК и «бакинцами» могло привести партию к новому расколу и возможному отделению партийных организаций РСДРП, тесно связанных с российским рабочим классом, от руководства партии, состоявшего из интеллигенции и проживавшего за границей.
В ответ на действия БК Ленин сначала ограничился публикацией в газете, содержавшей объяснения своих действий в отношении Богданова, и мягкими увещеваниями «пролетарской фронды». Однако затем Ленин постарался пойти навстречу «бакинцам» и даже привлечь их к высшему руководству партией. С 1910 году Ленин вступил в активную переписку с рядом членов БК, в том числе со Сталиным и Орджоникидзе. В 1910 г. Сталин был назначен «уполномоченным ЦК РСДРП», а в 1911 г. Орджоникидзе был направлен на учебу в ленинскую школу в Лонжюмо.
Упорство, с каким «бакинцы» отстаивали свои взгляды, повлияло на руководство партии во главе с Лениным. В 1911 г. по решению руководства РСДРП была создана Российская организационная комиссия (РОК) по созыву VI Общепартийной конференции. В состав комиссии вошли такие видные деятели БК, как Шаумян и Спандарян, а также Орджоникидзе. В состав РОКа вошли и такие подпольщики, как питерский рабочий-токарь И. С. Белостоцкий, член тифлисской организации большевиков Е. Д. Стасова и другие.
Фактически РОК стала новым общепартийным центром и свое первое совещание открыла в Баку 29 сентября 1911 г. Однако в первый же день работы был арестован Шаумян. В связи с этим РОК перенесла свою работу в Тифлис. РОК обратилась с призывом ко всем партийным организациям, всем партийцам «всемерно содействовать делу возрождения нашей партии, немедленно выбирать делегатов на партийную конференцию, возрождать социал-демократию на местах». Деятельность РОКа встретила сопротивление среди эмигрантских кругов РСДРП, представленных в Заграничной организационной комиссии по созыву конференции (ЗОК). Споря с представителями ЗОКа, Орджоникидзе заявлял: «Если вы, оторванные от России, потеряли всякую способность оказывать поддержку русской работе, то, по крайней мере, не мешайте нам… Я же, как уполномоченный Российской организационной комиссии, заявляю, что ничего общего с этим обломком заграничного учреждения не имею».
Итогом работы РОК стала VI конференция РСДРП, созванная в Праге. Благодаря стараниям РОКа организации РСДРП были представлены таким образом, что среди делегатов конференции оказались почти сплошь большевики. Меньшевистских делегатов было лишь двое – Д. М. Шварцман и Я. Д. Зевин. (Шварцман был избран в ЦК в качестве единственного представителя меньшевиков. Зевин впоследствии стал одним из «26 бакинских комиссаров»). Столько же делегатов на конференцию «направила» и царская охранка. Среди делегатов-большевиков двое, представлявших Центральную промышленную область (Малиновский и Романов), были тайными агентами полиции.
О возросшем влиянии «бакинцев» свидетельствовало то обстоятельство, что первый доклад в Праге от Российской организационной комиссии по созыву конференции сделал Г. К. Орджоникидзе. Если до 1912 года «бакинцы» не были представлены в ЦК партии, то после Пражской конференции из 11 членов вновь избранного Центрального комитета РСДРП в его состав вошли 3 человека, представлявших Бакинский комитет большевиков или долго работавших в нем (Спандарян, Орджоникидзе, Сталин). Правда, Сталин, который не участвовал в работе конференции, не был избран ее делегатами, но его сразу после конференции заочно кооптировали в состав ЦК. В кандидаты в члены ЦК был кооптирован заочно и «бакинец» С.Г. Шаумян, арестованный в сентябре в Баку, а затем отправленный в ссылку.