Метод муляжа (макета) заключается в попытке имитировать некий природный раздражитель (к примеру, муляж самки птицы), активирующий врождённое поведение животного (самца), и в дальнейшем постепенном максимальном упрощении этого раздражителя путём устранения всех лишних (необязательных) его составляющих до тех пор, пока не останется только тот самый конкретный раздражитель, который собственно только и активирует инстинкт животного. В итоге в результате использования метода муляжа удаётся установить, какая именно конкретная особенность макета является ключевой для подобной активации.
Метод изоляции новорожденного, как следует из названия, состоит в том, чтобы изъять у матери только что народившегося детёныша, изолировать от контактов с другими особями того же вида и вырастить его в таком состоянии. Данный метод является наиболее показательным в плане демонстрации именно врождённости многих типов поведения у животных, поскольку научение через подражание в такой ситуации можно твёрдо считать исключённым, а те или иные манеры поведения, свойственные всему виду в целом, в процессе созревания особи всё же, так или иначе, разворачиваются. Ещё в XIX веке одним из первых примеров апробирования данного метода принадлежал Фредерику Кювье, который вырастил новорожденного бобрёнка в изоляции, кормя его молоком. Позже, когда животное перешло на питание растительной пищей, французский зоолог наблюдал, как бобрёнок складывал ивовые прутья в углу клетки, предварительно сдирая с них кору. Когда в клетку была принесена земля, бобрёнок, никогда не видевший бобровых построек (хаток), принялся осуществлять все те действия, что в природе необходимо совершаются всеми бобрами без исключения, — трамбовал землю хвостом и втыкал в неё заготовленные прутья ивы (Слоним, с. 14). Таким образом, инстинктивное поведение является врождённым, и не зависящим от индивидуального опыта животного (как увидим дальше, зависящим, но слабо).
Впоследствии метод изоляции новорожденного в изучении инстинктивного поведения неоднократно применялся самыми разными исследователями с использованием самых разных видов животных, и, несмотря на то, что хоть и была обнаружена определённая вариативность в результатах, всё же она была не слишком значительной, чтобы спорить с общим тезисом о врождённости инстинктивного поведения — в той или иной степени видотипичное поведение всегда проявлялось в нужные моменты (в требуемых стимульных ситуациях). Необходимо заметить, что хоть данный метод и является наиболее показательным и говорящим о врождённости инстинктивных действий, но всё же содержит в своей основе некоторые изъяны, которые в силу изначальной изоляции попросту могут сказываться на развитии (точнее, недоразвитии) некоторых нейронных ансамблей мозга особи, что способствует затруднению вынесения однозначного вердикта по итогам эксперимента в каждом отдельно взятом случае.
Метод изоляции новорожденного также носит название метода Каспара Хаузера — в честь одноимённого юноши, обнаруженного в 20-х годах XIX-го века в Нюрнберге, который, по всей видимости, до 16 лет рос в изоляции от людей, будучи запертым в отдельную камеру, куда ему лишь подкладывали пищу.
Реализация инстинкта происходит при совпадении ряда условий, которые по типу можно разделить на внутренние и внешние (эндогенные и экзогенные). Внутренние условия осуществления инстинкта — это побуждение как таковое (к примеру, чувство голода, которое побуждает к пищедобывательному поведению). Важнейшим источником возникновения побуждения являются гормоны. Изменение гормонального фона обусловливает перемену актуальных потребностей животного и мотивирует его к поведению, целью которого является как раз удовлетворение возникшей потребности. В лабораторных стенах посредством простых манипуляций с уровнем конкретного гормона можно добиться от животных как усиления той или иной потребности, так и её ослабления. Путём регуляции соответствующих гормонов можно заставить самку активнее ухаживать за своим потомством, а можно и заставить её вовсе игнорировать своих чад, как бы они ни верещали и не требовали пищи и тепла. Манипулированием уровнем половых гормонов у самцов можно добиться как усиления, так и ослабления специфического поведения — драки за самку, охрана территории и гнезда, и т. д. Даже в тех случаях, когда самец кастрирован, и всякое его половое поведение исчезает в силу снижения уровня половых гормонов, данное поведение, тем не менее, можно легко активировать снова, стоит только ввести в организм достаточное количество мужских половых гормонов (андрогенов). Или, к примеру, простым введением даже кастрированным крысам гормона прогестерона можно активировать у них гнездостроительный инстинкт вне зависимости от фазы полового цикла, тогда как в нормальных условиях этот инстинкт активируется только непосредственно за несколько дней до появления потомства. Так же и с крольчихами — если небеременной самке ввести гормон эстрадиол, то она тут же примется строить гнездо, хотя в норме это делают только беременные самки.