Иными словами, когда над старым блоком надстраивается новый, то меняются и функции первого, по-иному распределяясь внутри всей новой системы. Данное положение описывается в терминах эмерджентности или фазового перехода, то есть такого эффекта, когда постепенное накопление изменений в какой-то критической точке приводит к рождению качественно нового свойства (обычно это демонстрируют на примере воды, которая при понижении температуры долгое время не меняется, но при нуле градусов просто превращается в лёд, так же, как и при ста градусах становится паром).
Знаменитый нейробиолог Рамачандран вторит Газзаниге, указывая, что фазовые переходы применимы и к происхождению человека. Он пишет, как однажды произошло "взрывообразное развитие определённых ключевых мозговых структур и функций, неожиданные сочетания которых породили в итоге умственные способности, делающие нас особенными […]. Мы прошли через психический фазовый переход. Все старые составляющие остались на месте, но начали совместную работу совершенно новыми способами, которые были чем-то большим, нежели сумма отдельных составляющих" (Рамачандран, 2014).
В нейробиологии феномен фазового перехода выражен принципом энцефализации (или кортикализации) функций, который гласит, что наиболее древние участки нервной системы в ходе эволюции передают свои функции участкам более новым. Таким образом, "совершается переход функционального управления из спинного мозга через все уровни центральной нервной системы от низших к высшим её этажам или отделам. При этом переходе функций вверх первоначальные центры сводятся на роль лишь передаточных инстанций" (Рубинштейн, 2009, с. 127).
Если у низших млекопитающих кора мозга (эволюционное наиболее позднее образование) ещё не имеет ведущей роли, и они вполне себе могут продолжать осуществлять необходимое поведение даже после её разрушения, то разрушение коры у высших млекопитающих уже приводит к необратимому нарушению поведения (Лурия, 2006, с. 56). К примеру, если у крысы полностью удалить кору мозга, то она перестаёт различать формы предметов, но продолжает реагировать на свет, но если же проделать подобное с обезьяной, то она станет уже совершенно слепой. После удаления двигательной коры кошка уже через несколько часов сможет снова двигаться, собака только через 24 часа сможет снова стоять, но какие-либо движения становятся невозможны (нервная система кошачьих чуть проще, чем у собачьих), а обезьяна же после аналогичной операции даже стоять сможет лишь с посторонней помощью.
Удаление лобных отделов коры у самки макака-резуса ведёт к нарушению как материнского, так и полового поведения (Myers, 1972), но если же эту самую область удалить у кошки или собаки, то никаких нарушений в проявлении материнского и полового поведения не произойдёт (Крушинский, 2009, с. 110). Являясь представителями эволюционно более простых видов кошки и собаки действительно, как и предлагал думать Маклин, имеют в подкорковых структурах мозга инстинктивные формы поведения, но по эволюционной лестнице выше, у обезьян, в подкорке не содержится уже никакого специфического поведения, а всё оно переходит в кору, которая, кстати, формируется прижизненно, в ходе обучения. Поэтому новая кора — не просто надстройка над древними мозговыми структурами, а она прямо отнимает их функции, но отнимает не так, что содержит их в себе от рождения, а вынуждена вбирать их в себя из внешней среды путём научения. Увеличение объёмов новой коры, таким образом, напрямую связано с исчезновением инстинктов вверх по эволюционной лестнице (Микадзе, с. 59).
Если подытожить, то: в подкорке человека не остаётся никаких инстинктов, поскольку все ключевые формы поведения перемещаются в области мозга, формирующиеся прижизненно в ходе обучения. Да, в стволе мозга содержатся некоторые простейшие рефлексы (например, сосательный, который позволяет младенцу реагировать на прикосновение материнского соска — Brackbill, 1971), но по мере мозгового развития эти врождённые рефлексы младенцев непременно угасают, что, кстати, является обязательным для дальнейшего обучения ребёнка (Семенович, с. 53) (к примеру, если хватательный рефлекс младенца не угаснет, то он и не сможет дальше развивать мелкую моторику пальцев и целенаправленное хватание).