Новый этап работ над проектом «Ч» начался 25 ноября. Одновременно разрабатывались два варианта самолета: истребитель и штурмовик.
8 декабря Воронин, воспользовавшись отсутствием Поликарпова, создал опытный конструкторский отдел (ОКО-1), во главе которого встал Артем Микоян, который до того времени был представителем армии при ОКБ и ответственным за выпуск И-153.
Микоян был человеком второго ряда, ничем не проявившим себя до того времени. Воронин, выдвигая его, убивал сразу двух зайцев: ослаблял позиции Поликарпова и получал поддержку самого Анастаса Микояна. Этот шаг оказался правильным. Уже в январе 1940 года Воронин стал заместителем министра авиационной промышленности.
В ОКО-1 правдами и неправдами переманили значительную часть сотрудников ОКБ.
Слухи о возможном аресте Поликарпова имели под собой определенную базу. Все знали, что аресту подверглась большая часть советской делегации, посетившей в 1937 году США. Кроме того, Поликарпова еще в 1929 году приговорили к смертной казни. Наконец, Поликарпов открыто исповедовал православие. Словом, компромата на него было достаточно.
Первым заместителем Микояна стал Михаил Гуревич, вторым - Владимир Ромодин. В состав ОКО-1 среди других вошли такие инженеры, как Н.И. Андрианов, А.Г. Врунов, Д.Н. Кургунов, Н.Э. Матюк, Ю.И. Селецкий.
ОКБ Поликарпова понесло тяжелые потери. Поликарпов, вернувшись из Германии, был поставлен перед фактом, а его предложения по доработке проекта были забыты. Проект утвердили в том виде, в каком он находился до отъезда.
В начале 1940 года ОКО-1 развернули в ОКБ. Поликарпов получил «утешительный приз» в виде премии за предварительный проект и звание доктора технических наук honoris causa. 12 ноября 1940 года Поликарпову также присвоили звание Героя Социалистического Труда с вручением ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот».
Проект самолета, обозначенный как И-200, с самого начала разрабатывался с мыслью о массовом производстве. Самолет имел частично модульную конструкцию. Отдельные узлы самолета было легко снять, отремонтировать и вернуть на место. Самолет получился весьма ремонтопригодным, что было особенно важно в полевых условиях. С этой точки зрения И-200 значительно превосходил своих конкурентов. В день формирования ОКО-1, то есть 8 декабря 1939 года, копию предварительного проекта и сопроводительную инструкцию, подписанную В.А. Ромодиным, отправили в ЖАЛ, руководству ВВС, НИИ ВВС и 11-е Главное управление НКАП.
25 декабря собралась макетная комиссия НКАП. Проект представлял Гуревич, поскольку Микоян, что необычно, в это время находился в санатории.
Первый прототип И-200 после переделки. Видны два маслорадиатора.
Активное участие в проекте Микоян начал принимать только после того, как Поликарпов подверг его поведение критике. Предложенные еще Поликарповым металлический вертикальный стабилизатор и новая конструкция крыла были отвергнуты. Геометрию крыла предложили изменить за счет удлинения законцовок и использования нового профиля. Этими мерами предполагалось улучшить летные качества машины. Будущее показало правоту предложений Поликарпова. Но пока комиссия утвердила проект Микояна.
Модель самолета и целый проект также переслали на отзыв в ЦАГИ. После испытаний в аэродинамической трубе 2 февраля 1940 года проект получил высокую оценку. В то же время, контрольные расчеты показали, что заложенные в проект характеристики двигателя АМ-37 завышены.
Тем временем в ОКО-1 лихорадочно готовили техническую документацию. Чтобы уложиться в заданные сроки, всех необходимых специалистов переселили на завод, где они работали по 12-16 часов в сутки. Такими мерами удалось закончить подготовку документации к 10 февраля 1940 года. Один комплект документации насчитывал 2500 чертежей.
Чертежи для серийного производства готовились под руководством уже нового директора завода № 1 П.В. Дементьева. Новый директор был в числе советской делегации, посетившей Германию, где он ознакомился с новыми технологиями производства. Поэтому при выпуске самолета планировалось широко применять литье, горячую штамповку и трассировку.
25 февраля 1940 года собралась коллегия НКАП для ознакомления с состоянием конструкторских работ и положения дел на заводе. По результатам осмотра 2 марта появилось постановление СНК № 103, а 5 марта приказ НКАП № 80, предписывающие главному конструктору Микояну и директору Дементьеву построить три прототипа И-200. Прототипы следовало завершить и передать для испытаний 1-го, 15-го июля и 1 сентября 1940 года. По мнению ЦАГИ максимальную скорость на высоте 7000 м определили в 640 км/ч. На заводе проявили инициативу, и вместо трех начали строительство пяти прототипов, из которых один предназначался для проведения статических испытаний.