Его жена, Варвара Михайловна, была жизнерадостной, образованной и мудрой женщиной. Она сумела не просто вырастить своих детей, но сплотить их, дать им всем образование, сформировать в них творческое и нравственное начало. Варвара Михайловна говорила так: «Я не могу вам дать приданое или капитал. Но я могу вам дать единственный капитал, который у вас будет, — это образование». Дальнейшая судьба всех детей Булгаковых показала, что они активно использовали это бесценное наследство и проявили себя на очень разных поприщах, их прекрасное образование сочеталось с талантом, трудолюбием, а порой и самоотверженностью.
В своих воспоминаниях Надежда Афанасьевна пишет, что мать была, конечно, незаурядной женщиной. Она рассказывала детям сказки, которые всегда сама сочиняла, и к тому же вела семью твердой и умелой рукой. Была требовательна, но не стесняла свободы детей, доверяла им. И дети со своей стороны были с нею очень откровенны. У Булгаковых не было того, что встречается порой в других семьях, — недоверия. В доме часто бывали товарищи братьев, поклонники дочерей. Так, к примеру, когда дочь Надежду спрашивали: «Надя, вам надо писать до востребования?» — она отвечала: «Зачем? Пишите, если вы хотите мне писать, на нашу квартиру». — «Как? А мама?» — «А что мама? Мама наших писем не читает»…
Варвара Михайловна действительно не читала писем, адресованных детям, но они сами ей читали и рассказывали, если им хотелось с ней чем-нибудь поделиться. В разговорах с матерью затрагивались и житейские, и весьма широкие вопросы мировоззрения, науки, искусства. Миша, например, любил поражать мать, как и других своих собеседников, парадоксальностью, оригинальностью суждений, едкой иронией; говоря с ней, он любил ниспровергать общепризнанные авторитеты.
Именно мама приобщила юного Булгакова к сочинительству и театральному творчеству, привила ему вкус к театру. Варвара Михайловна выступала режиссером домашних детских спектаклей. В двенадцать лет Миша с увлечением играл в любительском спектакле «Царевна Горошина» сразу две роли — атамана разбойников и Лешего.
По вечерам, уложив детей спать, мать играла на рояле Шопена. Отец играл на скрипке. Он неплохо пел, чаще всего «Нелюдимо наше море». И дети, и родители очень любили оперу, особенно «Фауста». Почти каждую весну в Киев приезжал всеми любимый Федор Шаляпин и обязательно пел в «Фаусте» — для семьи Булгаковых это был праздник. Они все вместе ходили на летние концерты в Купеческом саду над Днепром.
Позже, уже после смерти матери, Михаил Булгаков напишет: «…временами, когда в горьких снах я вижу абажур, клавиши, Фауста и ее… мне хочется сказать — поедемте со мною в Художественный Театр. Покажу Вам пьесу. И это все, что могу предъявить. Мир, мама?» А в конце 1920-х годов он говорил П. С. Попову: «…Образ лампы с абажуром зеленого цвета. Это для меня очень важный образ. Возник он из детских впечатлений — образа моего отца, пишущего за столом».
Афанасий Иванович действительно часто работал до глубокой ночи. Жизнь старшего поколения Булгаковых отнюдь не была сплошным праздником: дети, все почти погодки, подрастали один за другим, жалованье доцента академии было невелико, и Афанасий Иванович параллельно с преподаванием в академии искал дополнительный заработок. Сначала он преподавал историю в институте благородных девиц, потом, с 1893 года и уже до конца дней, служил в киевской цензуре. От других возможностей поддержать бюджет семьи он тоже не отказывался. Но осенью 1906 года Афанасий Иванович смертельно заболел — у него обнаружился нефросклероз, болезнь, которая впоследствии унесет и жизнь его старшего сына.
До этого времени в семье все было хорошо: успешно начатая карьера отца, понимающая мать, хорошие перспективы у детей. А теперь оказалось, что семеро ребят — мальчики и девочки, из которых самый старший, Михаил, пошел лишь в шестой класс, а младшие — Николай, Иван, Леля — еще совсем не учились, оставались с матерью, у которой не было ни имений, ни сбережений, не было даже дома, а только наемная квартира, за которую надо было платить. А у отца не было даже звания ординарного профессора и тридцатилетней выслуги лет, дававших право на достойную пенсию.
Коллеги Афанасия Ивановича способствовали тому, чтобы он был удостоен степени доктора богословия, и одновременно возбудили ходатайство перед Священным синодом о присвоении ему звания ординарного профессора. Оно было удовлетворено 8 февраля 1907 года. Понимая, что скоро умрет, Афанасий Иванович сделал все, чтобы с его уходом из жизни семья была обеспечена средствами к существованию. Он умер 14 марта 1907 года, и его семье была назначена пенсия в 3000 рублей в год, в общем, немалая по тем временам сумма.