Собор 1616 г. решает обложить всех торговых людей пятой деньгой и богачам указывает, какие суммы они должны дать казне, для ведения войны с внешними врагами. Шведы владели Новгородом и водской пятиной и желали присоединения этой области к Швеции; кроме того, шведы требовали, чтобы Русь признала царем московским королевича Филиппа, которому уже присягали новгородцы. Военные дела русских, под предводительством князя Дмитрия Трубецкого, шли неудачно, но шведы более интересовались тем, чтобы не допускать русских к Балтийскому морю, чем захватом Новгородской земли; поэтому они охотно согласились на посредничество Англии и Голландии в переговорах о мире. Переговоры часто прерывались, наконец закончились вечным миром в Столбове ( 1617 г.).
Шведы уступали русским Новгород, Порхов, Старую Руссу, Ладогу и Гдов, а русские шведам — приморский край: Иван-город, Ям, Копорье, Орешек и Корелу, обязываясь при том выплатить Швеции 20000 руб. Тогда же англичане, голландцы и шведы выхлопотали себе важные торговые привилегии. Летом 1617 г. королевич Владислав двинулся к Москве и в 1618 г., опираясь на помощь казацкого гетмана Сагайдачного, вошел в Московскую область. После неудачного приступа к Москве, Владислав и Сагайдачный отступили к Троице; туда же, под предводительством Федора Шереметева, двинулось и русское войско. Но битвы не последовало, так как обе стороны чувствовали себя обессиленными; 1 декабря 1618 г. заключено было Деулинское перемирие на 14 лет и 6 месяцев. Вернувшемуся митрополиту Филарету был предложен патриарший престол. После обычных отрицаний Филарет принял его, получив титул «великого государя».
Наступило время двоевластия. Грамоты писались от имени царя и патриарха, Михаил Федорович во всех вопросах подчинялся влиянию отца. Все внимание царя и патриарха сосредоточивается на внутренних делах. В 1619 г. в Москве еще заседал собор, переживший окончание войны со шведами и поляками. Собор обратил внимание на тяжелое экономическое положение России. Главной мерой для увеличения доходности казны была рассылка так называемых писцовых книг. На соборе указывалось, что посланные переписчики брали с богатых взятки, а убогих притесняли, с одних брали подати по писцовым книгам, с других — по дозорным. Неправда царила всюду. Добывать деньги старались всякими мерами, даже занимали деньги у англичан, давая им за то право беспошлинной торговли; служилых людей, живущих в посадах, обложили общим посадским тяглом; таможенные и кабацкие сборы стали давать на откуп и старались, чтобы пили побольше, увеличивая тем казне доход. Кроме таможенных сборов, облагалась разнообразными поборами (полавочное, мыто и т. п.) всякая торговля, даже повседневные занятия (брали за водопой скотины, мытье белья и т. п.). Из внутренних дел времени двоевластия важнейшие: возобновление губных старост в 1627 году, преследование разбоев, распространение крепостного права, развитие системы приказов. Особенное внимание было обращено на Сибирь и Поволжский край. Сибирь давала меха, и правительство старалось монополизировать этот торговый промысел, так как повсюду, особенно за границей, при отсутствии денег, расплачивалось мехами. В то же время занимаемые русскими земли все расширялись в восточном и южном направлениях; ядром населения были здесь казаки и так называемые пашенные крестьяне; в 1621 г. в Сибирь был посвящен первый архиерей — архиепископ Киприан. На Волге, особенно в южном ее течении, от Жигулевских гор, старались ослабить разбой и доставить возможность развиваться торговле с Прикаспийским краем и Персией.
Между тем истекал срок перемирия с Польшей. Царь старался собрать возможно большие и благоустроенные силы для предстоящей борьбы, так как постоянные недоразумения с Польшей не прекращались. Правительство приказывало еще в 1631 г. всем дворянам и детям боярским быть готовыми. С монастырских имений, со всех вотчин и поместий положены были деньги за «даточных людей», решено было нанять иноземных ратников, купить за границей 10000 мушкетов с фитилями и т. д. Несогласия с Польшею обострялись все больше и больше, особенно вследствие оскорблений, наносимых поляками Михаилу как царю московскому. Русские послы постоянно жаловались, что поляки не называют Михаила царем, неправильно и с пропусками пишут титул московского царя и т. д.